A continuación se presentan algunas limitaciones de la auditoría:
Rely on Experts - Un auditor debe contar con expertos como ingenieros, tasadores y abogados para la estimación y valoración de activos fijos y la estimación de pasivos contingentes.
Efficiency of Management- Un auditor no comenta sobre la eficiencia de la gestión que trabaja en la organización del cliente; no se pueden hacer comentarios sobre el desempeño futuro de una organización a través de estados financieros auditados.
Checking of All Transactions- No es posible que un auditor verifique todas las transacciones comerciales, especialmente en organizaciones grandes donde el número de transacciones es muy alto. Un auditor debe confiar en el muestreo y la verificación de pruebas.
Additional Financial burden - Una organización tiene que soportar una carga financiera adicional a cuenta de los honorarios y otros gastos similares para realizar una auditoría.
Not Easy to Detect Some Frauds - No es fácil para un auditor detectar fraudes profundamente arraigados como falsificación, incorrecciones y no registro de transacciones.