Instale el paquete udunits2 para R3.3

Question

Acabo de perder todo el día tratando de descubrir cómo instalar el paquete udunits2 para poder instalar el paquete de unidades para poder instalar los paquetes ggforce y ggraph.

Estoy tratando de instalarlo en Ubuntu 16.04 y R> = 3.3 ya que ggforce fue construido bajo R 3.3.

Seguí estas instrucciones aquí: https://github.com/edzer/units/issues/1

Aunque tengo libudunits-2.0 y udunits instalados en mi máquina (como sudo apt-get install udunits2 no encuentra un paquete udunits2), y la RUTA a las ubicaciones libudunits-2 y udunits en mi $ PATH, en R cuando intento instalando udunits2, units o ggforce obtengo un error que dice:

--* installing *source* package ‘udunits2’ ...
** package ‘udunits2’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for gcc... gcc
checking whether the C compiler works... yes
checking for C compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables... 
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
checking for XML_ParserCreate in -lexpat... yes
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep
checking for egrep... /bin/grep -E
checking for ANSI C header files... yes
checking for sys/types.h... yes
checking for sys/stat.h... yes
checking for stdlib.h... yes
checking for string.h... yes
checking for memory.h... yes
checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking udunits2.h usability... no
checking udunits2.h presence... no
checking for udunits2.h... no
checking for ut_read_xml in -ludunits2... no
-----Error: libudunits2.a not found-----
     If the udunits2 library is installed in a non-standard location,
     use --configure-args=''--with-udunits2-lib=/usr/local/lib'' for   
     example,
     or --configure-args=''--with-udunits2-include=/usr/include/udunits2''
     replacing paths with appropriate values for your installation.
     You can alternatively use the UDUNITS2_INCLUDE and UDUNITS2_LIB
     environment variables.
     If udunits2 is not installed, please install it.
     It is required for this package.
     ERROR: configuration failed for package ‘udunits2’
* removing ‘/home/fjay/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/udunits2’
* restoring previous ‘/home/fjay/R/x86_64-pc-linux-gnu-library 
/3.3/udunits2’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/Rtmp0syxnJ/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("udunits2", lib = "/home/fjay/R/x86_64-pc-linux-
 gnu-library/3.3") :
 installation of package ‘udunits2’ had non-zero exit status
>

Entonces, umm, está buscando los archivos udunits2.h y libudunits2.a ... Entonces, descargué udunits2 de CRAN, lo descomprimí y lo puse en mi biblioteca R. Entonces, si pongo la biblioteca (udunits2, lib.loc = "mi directorio de biblioteca") aparece un error que dice que no está instalado. Entonces, cuando instalo.package (''udunits2'', repo = NULL, libconfig.args = ''--with-udunits2-lib = / home / fjay / R / x86_64-pc-linux-gnu-library / 3.3'') o install.packages (''unidades'', ....) o install.packages (''ggforce'', ...) todavía está buscando estos archivos ... y, después de la inspección del paquete udunits2, estos archivos no están en ningún de las carpetas udunits2.

Si alguien sabe cómo instalar estos paquetes udunits2, ¡ayúdame!

Answer 1

Esto no será de ninguna ayuda para el tipo que hizo la pregunta, pero solo estaba teniendo el mismo problema en un clúster informático sin acceso a la raíz y lo siguiente funcionó:

homedir <- Sys.getenv("HOME")
udunits_dir <- file.path(Sys.getenv("HOME"), "udunits")
system(paste0("mkdir ", udunits_dir))
system(paste0("wget --directory-prefix=", udunits_dir, " ftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/udunits/udunits-2.2.25.tar.gz"))
owd <- getwd()
setwd(udunits_dir)
system("tar xzvf udunits-2.2.25.tar.gz")
setwd(file.path(udunits_dir, "udunits-2.2.25"))
system(paste0("./configure --prefix=", udunits_dir, "/local"))
system("make")
system("make install")
setwd(owd)
Sys.setenv(LD_LIBRARY_PATH=paste0(Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH"), ":", udunits_dir, "/local/lib"))
install.packages("udunits2", 
                 type = "source",
                 configure.args = c(paste0("--with-udunits2-include=", udunits_dir, "/local/include"), 
                                    paste0("--with-udunits2-lib=", udunits_dir, "/local/lib")),
                 repos = "http://cran.rstudio.com")
dyn.load(paste0(udunits_dir, "/local/lib/libudunits2.so.0"))
install.packages("units", repos = "http://cran.rstudio.com")

Answer 2

He instalado el paquete udunits2 en R en la plataforma Linux (redhat) sin conexión a Internet.

Yo también tuve este problema.

En primer lugar, instalé udunits2 (no el paquete R udunits2) en el ejemplo de Linux en ( /usr/include/udunits2 ).

En segundo lugar, ejecutar este comando funcionó: install.packages("udunits2_0.13.tar.gz",configure.args=''--with-udunits2-include=/usr/include/udunits2'')

Espero que esta experiencia te pueda ayudar.

Answer 3

Yo tuve el mismo problema. Después de la primera respuesta desde here , debe instalar la versión udunits de udunits :

sudo apt-get install libudunits2-dev

Luego, la instalación de udunits2 y ggforce se realiza sin ningún error.

EDITAR:

Siguiendo los comentarios a continuación, para CentOS7 debería ser:

sudo yum install udunits2-devel

Y para MacOS:

brew install udunits