paquetes - r for linux download

cómo instalar los paquetes R "RNetCDF" y "ncdf" en Ubuntu?

Question

Me gustaría utilizar los paquetes R RCDCDF y ncdf en Ubuntu.

Cuando intento install.packages(''RNetCDF'') o install.packages(''ncdf'') , obtengo errores similares:

...
ncdf.c:3:20: fatal error: netcdf.h: No such file or directory
compilation terminated.
make: *** [ncdf.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘ncdf’
...
Warning message:
In install.packages("ncdf") :
  installation of package ‘ncdf’ had non-zero exit status

Los paquetes libnetcdf6 y netcdf-bin del repositorio de Ubuntu están instalados. ¿Tengo que hacer algo más?

Answer 1

Necesita instalar el -dev de esos paquetes para obtener los encabezados que se requieren para compilar el paquete. En este caso, necesita libnetcdf-dev , udunits-bin y libudunits2-dev

Answer 2

En mi caso, se necesitaba el paquete libudunits2-dev.

sudo apt-get install libudunits2-dev

Desde que instalé NetCDF desde el origen, tuve que especificar manualmente las ubicaciones de lib e incluir carpetas

install.packages("/home/user/Downloads/RNetCDF_1.6.1-2.tar.gz", 
repos = NULL,
type="source",
dependencies=FALSE,
configure.args="--with-netcdf-include=/usr/local/netcdf-4.2.1-build/include --with-netcdf-lib=/usr/local/netcdf-4.2.1-build/lib")

Answer 3

Solo para aclarar, dado que su problema inicial está en R, y la solución se aplica fuera de R. Inicialmente estaba tratando de hacer

install.packages ("libnetcdf-dev"), que no funcionó.

en cambio, desde afuera de R: sudo apt-get install libnetcdf-dev

Eso lo solucionó para mí.