how - instalar libreria graphviz en python

Pasando una cadena a agege en agraph.py. Problema con networkx y pygraphviz

Question

Dado este gráfico inicial:

import networkx as nx
G=nx.MultiGraph()
fromnodes=[0,0,1,1,1,1,1,2,3,4,5,5,5,7,8,9,10]
tonodes=[1,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16]
dupedgeind=0
for x,y in zip(fromnodes,tonodes):
if G.has_edge(x,y):
dupedgeind=dupedgeind+1
G.add_edge(x,y,key=dupedgeind)
else:
dupedgeind=0
G.add_edge(x,y,key=dupedgeind)

¿Alguien puede recrear este error?

pos=nx.nx_agraph.pygraphviz_layout(G,prog=''sfdp'')
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "C:/Python27/lib/site-packages/networkx/drawing/nx_agraph.py", line 262, in pygraphviz_layout
A=to_agraph(G)
File "C:/Python27/lib/site-packages/networkx/drawing/nx_agraph.py", line 155, in to_agraph
A.add_edge(u,v,key=str(key),**str_edgedata)
File "C:/Python27/lib/site-packages/pygraphviz/agraph.py", line 484, in add_edge
eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, key, _Action.find)
KeyError: ''agedge: no key''

El problema tiene algo que ver con la llamada a la función de edad de graphviz, parece que no le gusta el formato del parámetro key ; cuando cambio (linea 480 de agraph.py ):

...
eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, key , _Action.create)
...

a

...
eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, "a_string" , _Action.create)
...

ya no falla (pero pierde las etiquetas de las teclas).

¿Hay una manera obvia de solucionar esto (para que se conserven los valores de los parámetros key ) ? - Nada de lo que intento parece funcionar.

¿Cuáles son los siguientes pasos de depuración más sensatos?

Desde here , parece que la función c agege (que no puedo ver porque está en un binario .pyd) tiene el siguiente formato:

*agedge(Agraph_t *g, Agnode_t *t, Agnode_t *h, char *name, int createflag)

donde el char *name es la clave.

No puedo entender por qué no acepta un tipo de str como en el error inicial.

Note las versiones:

networkx - 1.11, pygraphviz - 1.3.1 (instalado desde http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pygraphviz ) Python 2.7 (32 bits - no se llama a través de python (x, y)) en Windows 7 ( 64 bits), GraphViz - 2.38

También he visto este problema surgir en estas preguntas:

• Gráfica jerárquica con bordes paralelos.

• Cómo dibujar bordes paralelos en Networkx / Graphviz

ACTUALIZACIÓN 1

He intentado ajustar la entrada key a la función de envejecimiento a una serie de variantes de arreglos de caracteres (por ejemplo, (ct.c_char_p * len(key))(key) (ct es el módulo de ctypes) basado en this ). Esto cambia el error a:

Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "C:/Python27/lib/site-packages/networkx/drawing/nx_agraph.py", line 262, in pygraphviz_layout
A=to_agraph(G)
File "C:/Python27/lib/site-packages/networkx/drawing/nx_agraph.py", line 155, in to_agraph
A.add_edge(u,v,str(key),**str_edgedata)
File "C:/Python27/lib/site-packages/pygraphviz/agraph.py", line 482, in add_edge
eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, (ct.c_char_p * len(key))(key), _Action.create)
TypeError: in method ''agedge'', argument 4 of type ''char *''

ACTUALIZACIÓN 2

Puedo hacer que se ejecute (pero no devolver un multigraph) si hago esto:

En agraph.py reemplazando la línea.

eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, key , _Action.create)

con

 try:
# new
if key==0:
eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, str(0), _Action.create)
else:
eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, str(1), _Action.create)

No sé por qué simplemente no funciona el envío a una cadena str(key) .

ACTUALIZACIÓN 3 - EDITAR con la función

Encontró la función aquí: https://github.com/ellson/graphviz/blob/master/lib/cgraph/edge.c

Agedge_t *agedge(Agraph_t * g, Agnode_t * t, Agnode_t * h, char *name,
int cflag)
{
Agedge_t *e;
IDTYPE id;
int have_id;
have_id = agmapnametoid(g, AGEDGE, name, &id, FALSE);
if (have_id || ((name == NILstr) && (NOT(cflag) || agisstrict(g)))) {
/* probe for pre-existing edge */
Agtag_t key;
key = Tag;
if (have_id) {
key.id = id;
key.objtype = AGEDGE;
} else {
key.id = key.objtype = 0;
}
/* might already exist locally */
e = agfindedge_by_key(g, t, h, key);
if ((e == NILedge) && agisundirected(g))
e = agfindedge_by_key(g, h, t, key);
if (e)
return e;
if (cflag) {
e = agfindedge_by_key(agroot(g), t, h, key);
if ((e == NILedge) && agisundirected(g))
e = agfindedge_by_key(agroot(g), h, t, key);
if (e) {
subedge(g,e);
return e;
}
}
}

ACTUALIZACIÓN 4:

La fuente del error está dentro de this archivo pygraphviz, graphviz_wrap.c, línea 3921:

SWIGINTERN PyObject *_wrap_agedge(PyObject *SWIGUNUSEDPARM(self), PyObject *args) {
PyObject *resultobj = 0;
Agraph_t *arg1 = (Agraph_t *) 0 ;
Agnode_t *arg2 = (Agnode_t *) 0 ;
Agnode_t *arg3 = (Agnode_t *) 0 ;
char *arg4 = (char *) 0 ;
int arg5 ;
void *argp1 = 0 ;
int res1 = 0 ;
void *argp2 = 0 ;
int res2 = 0 ;
void *argp3 = 0 ;
int res3 = 0 ;
int res4 ;
char *buf4 = 0 ;
int alloc4 = 0 ;
int val5 ;
int ecode5 = 0 ;
PyObject * obj0 = 0 ;
PyObject * obj1 = 0 ;
PyObject * obj2 = 0 ;
PyObject * obj3 = 0 ;
PyObject * obj4 = 0 ;
Agedge_t *result = 0 ;
if (!PyArg_ParseTuple(args, char*)"OOOOO:agedge",&obj0,&obj1,&obj2,&obj3,&obj4)) SWIG_fail;
res1 = SWIG_ConvertPtr(obj0, &argp1,SWIGTYPE_p_Agraph_t, 0 | 0 );
if (!SWIG_IsOK(res1)) {
SWIG_exception_fail(SWIG_ArgError(res1), "in method ''""agedge" "'', argument " "1"" of type ''" "Agraph_t *""''");
}
arg1 = (Agraph_t *)(argp1);
res2 = SWIG_ConvertPtr(obj1, &argp2,SWIGTYPE_p_Agnode_t, 0 | 0 );
if (!SWIG_IsOK(res2)) {
SWIG_exception_fail(SWIG_ArgError(res2), "in method ''" "agedge" "'', argument " "2"" of type ''" "Agnode_t *""''");
}
arg2 = (Agnode_t *)(argp2);
res3 = SWIG_ConvertPtr(obj2, &argp3,SWIGTYPE_p_Agnode_t, 0 | 0 );
if (!SWIG_IsOK(res3)) {
SWIG_exception_fail(SWIG_ArgError(res3), "in method ''" "agedge" "'', argument " "3"" of type ''" "Agnode_t *""''");
}
arg3 = (Agnode_t *)(argp3);
res4 = SWIG_AsCharPtrAndSize(obj3, &buf4, NULL, &alloc4);
if (!SWIG_IsOK(res4)) {
SWIG_exception_fail(SWIG_ArgError(res4), "in method ''" "agedge" "'', argument " "4"" of type ''" "char *""''");
}
arg4 = (char *)(buf4);
ecode5 = SWIG_AsVal_int(obj4, &val5);
if (!SWIG_IsOK(ecode5)) {
SWIG_exception_fail(SWIG_ArgError(ecode5), "in method ''" "agedge" "'', argument " "5"" of type ''" "int""''");
}
arg5 = (int)(val5);
{
result = (Agedge_t *)agedge(arg1,arg2,arg3,arg4,arg5);
if (!result) {
PyErr_SetString(PyExc_KeyError,"agedge: no key");
return NULL;
}
}
resultobj = SWIG_NewPointerObj(SWIG_as_voidptr(result), SWIGTYPE_p_Agedge_t, 0 | 0 );
if (alloc4 == SWIG_NEWOBJ) free((char*)buf4);
return resultobj;
fail:
if (alloc4 == SWIG_NEWOBJ) free((char*)buf4);
return NULL;
}

O, está dentro de esta , graphviz.i, línea 68.

De cualquier manera, parece que la cadena de error "agege: no key" se devuelve si agedge falla por algún motivo ... Tal vez tenga algo que ver con SWIG.

Answer 1

Intente cambiar el nombre de la variable de "clave" a algo como "temp_key". Quiero decir que es posible que usted (o cualquier módulo previamente importado) haya declarado una variable de "clave" sin tipo de cadena antes de ...

Al parecer si se está ejecutando:

eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, key , _Action.create)

falla pero se ejecuta:

eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, "key" , _Action.create)

no le damos ningún problema, solo podría ser relativo al tipo de variable "clave" ... probó esto:

eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, str(key) , _Action.create)

o eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, unicode(key) , _Action.create)

Integre str () / unicode () en su código original para dar:

import networkx as nx
G=nx.MultiGraph()
fromnodes=[0,0,1,1,1,1,1,2,3,4,5,5,5,7,8,9,10]
tonodes=[1,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16]
dupedgeind=0
for x,y in zip(fromnodes,tonodes):
if G.has_edge(x,y):
dupedgeind=dupedgeind+1
G.add_edge(x,y,key=str(dupedgeind))
#G.add_edge(x,y,key=unicode(dupedgeind))
else:
dupedgeind=0
G.add_edge(x,y,key=str(dupedgeind))
#G.add_edge(x,y,key=unicode(dupedgeind))

Ambos (versión str y Unicode) funcionan bien en Linux.

Atentamente

Answer 2

Mi entorno es python2.7 de 32 bits en Windows 7 de 64 bits y estoy realizando un proyecto que utiliza pygraphviz / graphviz para dibujar un FSM. Durante el uso también me encontré con el mismo error

KeyError: ''agege: no key''

Este proyecto tiene un problema cerrado que indica que el error solo aparece cuando tiene transiciones en las que el estado de origen es el mismo que el estado de destino. O en términos más simples cuando un estado apunta a sí mismo.

Puedo confirmar que recibo un error cuando hay estados que apuntan a sí mismos, mientras que si creo un gráfico que no tiene tales transiciones, funciona y produce un archivo de imagen (.png) correctamente en mi caso.

https://github.com/tyarkoni/transitions/issues/133

PD: No creo que esto justifique una respuesta completa porque no es una solución completa. Pero lamentablemente no tengo suficientes puntos de reputación para comentar.