Diagramas de Venn con R?

venn-diagram

Question

Hay otros paquetes para hacer diagramas de Venn en R además del paquete limma.

Alguien tiene consejos?

Aquí hay algunas notas sobre cómo hacer diagramas de Venn con los paquetes de limma.

Answer 1

Aquí hay una referencia a otra versión para datos de 3 variables: http://elliotnoma.wordpress.com/2011/02/09/venn-diagram/

El código también está disponible en el paquete colorfulVennPlot: colorfulVennPlot

Answer 2

Esto llega muy tarde, pero podría ser útil para otros que buscan una respuesta: VennDiagram , en CRAN here .

Permite múltiples conjuntos (cuatro conjuntos para venn, 3 conjuntos para diagramas de Euler), colores y fuentes personalizables, sintaxis simple y, lo mejor de todo, el tamaño de los círculos es proporcional al tamaño de los conjuntos de datos (al menos al comparar 2 datos) conjuntos). Instalar:

install.packages("VennDiagram")
library(VennDiagram)

Para aquellos que usan paquetes de bioconductores y trabajan con coordenadas genómicas, recientemente vennDiagram se implemented en el paquete ChIPpeakAnno (versión 2.5.12) y permite intersecciones bonitas de coordenadas genómicas de, por ejemplo, picos Chip-seq. Para los primeros usuarios, es posible que deba instalar el paquete de desarrollo .

peaks1 = RangedData(IRanges(start = c(967654, 2010897, 2496704),
    end = c(967754, 2010997, 2496804), names = c("Site1", "Site2", "Site3")),
    space = c("1", "2", "3"), strand=as.integer(1),feature=c("a","b","f"))

peaks2 = RangedData(IRanges(start = c(967659, 2010898,2496700,3075866,3123260),
    end = c(967869, 2011108, 2496920, 3076166, 3123470),
    names = c("t1", "t2", "t3", "t4", "t5")),
    space = c("1", "2", "3", "1", "2"), strand = c(1, 1, -1,-1,1), feature=c("a","b","c","d","a"))

makeVennDiagram(RangedDataList(peaks1,peaks2, peaks1, peaks2), NameOfPeaks=c("TF1", "TF2","TF3", "TF4"),
     totalTest=100,useFeature=TRUE, main="Venn Diagram",
    col = "transparent",fill = c("cornflowerblue", "green", "yellow", "darkorchid1"),
    alpha = 0.50,label.col = c("orange", "white", "darkorchid4", "white", "white", "white", "white", "white", "darkblue", "white", "white", "white", "white", "darkgreen", "white"), cat.col = c("darkblue", "darkgreen", "orange", "darkorchid4"))

Answer 3

Hay un paquete Vennerable en R-forge .

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(c("graph", "RBGL", "gtools", "xtable"))
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org")

Answer 4

La función venn en el paquete gplots también es útil si necesita crear un Diagrama de Venn de 4/5 series.

Answer 5

Lista de paquetes de Diagrama de Venn:

• bvenn

• colorfulVennPlot

• eVenn
• VennDiagram
• Venneuler
• Vennerable: R-Forge , GitHub
• eulerr

Answer 6

Yo recomendaría el paquete VennDiagram: http://cran.r-project.org/web/packages/VennDiagram/VennDiagram.pdf

En pake 19 encontrará 10 pakes de muy buenos ejemplos (tanto avanzados como simplificados). Hasta el momento no he encontrado nada que no pueda hacer que lo necesite.

Answer 7

Yo uso dos funciones personalizadas para el truco. Mi implementación de Venndia traza el diagrama de venn y devuelve listas de superposiciones entre A y B (y C). Vea el código a continuación.

Con estos, puedes

vd <- venndia(A=LETTERS[1:15], B=LETTERS[5:20], getdata=TRUE)

que trazará y devolverá los datos. usted puede desactivar la devolución de los datos haciendo

venndia(A=LETTERS[1:15], B=LETTERS[5:20])

ya que getdata es FALSO por defecto. / Daniel

circle <- function(x, y, r, ...) {
    ang <- seq(0, 2*pi, length = 100)
    xx <- x + r * cos(ang)
    yy <- y + r * sin(ang)
    polygon(xx, yy, ...)
}

venndia <- function(A, B, C, getdata=FALSE, ...){
    cMissing <- missing(C)
    if(cMissing){ C <- c() }

    unionAB <- union(A, B)
    unionAC <- union(A, C)
    unionBC <- union(B, C)
    uniqueA <- setdiff(A, unionBC)
    uniqueB <- setdiff(B, unionAC)
    uniqueC <- setdiff(C, unionAB)
    intersAB <- setdiff(intersect(A, B), C)
    intersAC <- setdiff(intersect(A, C), B)
    intersBC <- setdiff(intersect(B, C), A)
    intersABC <- intersect(intersect(A, B), intersect(B, C))

    nA <- length(uniqueA)   
    nB <- length(uniqueB)
    nC <- length(uniqueC)

    nAB <- length(intersAB)
    nAC <- length(intersAC)
    nBC <- length(intersBC)

    nABC <- length(intersABC)   

    par(mar=c(2, 2, 0, 0))
    plot(-10, -10, ylim=c(0, 9), xlim=c(0, 9), axes=FALSE, ...)
    circle(x=3, y=6, r=3, col=rgb(1,0,0,.5), border=NA)
    circle(x=6, y=6, r=3, col=rgb(0,.5,.1,.5), border=NA)
    circle(x=4.5, y=3, r=3, col=rgb(0,0,1,.5), border=NA)

    text( x=c(1.2, 7.7, 4.5), y=c(7.8, 7.8, 0.8), c("A", "B", "C"), cex=3, col="gray90" )

    text(
        x=c(2, 7, 4.5, 4.5, 3, 6, 4.5), 
        y=c(7, 7, 2  , 7  , 4, 4, 5), 
        c(nA, nB, nC, nAB, nAC, nBC, nABC), 
        cex=2
    )

    if(getdata){
        list(A=uniqueA, B=uniqueB, C=uniqueC, 
            AB=intersAB , AC=intersAC , BC=intersBC , 
            ABC=intersABC
        )
    }
}

Answer 8

Duncan Murdoch tiene un paquete venn , que no está en CRAN. ( punta de sombrero para Gabor Grothendieck )

También puede leer sobre esto en el "Journal of Statistical Software" .