superponer - varias graficas en r

Lee un gráfico dirigido en R

Question

Tengo problemas para leer / crear un gráfico dirigido. Seguí los pasos que he encontrado aquí .

Este es mi archivo de texto graph.txt :

1 2
1 3
2 5
3 4
3 5
4 5
5 6
5 10
6 7
7 8
7 9
7 12
8 9
9 10
9 11
9 12
10 11
11 7
11 12

Ahora leo este graph.txt :

library("igraph")
xlist<-read.graph("graph.txt", format="edgelist")

Y luego lo trazo:

plot(xlist)

Pero no es el gráfico que leí en xlist:

Como puede ver, no hay flanco entre 1-> 2, 1-> 3, 5-> 10, etc. ¿Cómo puedo leer el gráfico dirigido correctamente?

Una vez hecho esto, ¿cómo puedo mostrar todos los caminos más cortos entre dos nodos?

Answer 1

El motivo del error es que los archivos de la lista de bordes (es decir, el formato "edgelist" ) "edgelist" los vértices desde cero. Esto es igual en todas las versiones de igraph, incluso si los paquetes recientes de R igraph cuentan los vértices de uno.

La razón de esto es que queremos que R igraph sea consistente con el igraph de Python y C igraph, en lo que respecta a los formatos de archivo. Es decir, un archivo (en este caso, un archivo de lista de bordes) escrito por el igrafo de Python se interpreta de la misma manera por R igraph y Python igraph. La numeración basada en cero es una propiedad del formato de archivo.

Si ya tiene un archivo de lista de bordes que comienza a numerar los vértices con uno, ese no es el formato de archivo edgelist de edgelist , y necesita convertirlo, simplemente restando uno de cada id de vértice.

Una solución alternativa es leer en el archivo con scan() o read.table() ( scan() es mucho más rápido, lo que podría ser importante si tiene archivos grandes), y luego llamar a graph() directamente. En este caso, no es necesario restar uno, porque en R igraph los ID de los vértices están numerados de uno.

Answer 2

Esto parece funcionar bien para mí:

 xlist<-read.table("graph.txt")
 xlist <- graph.data.frame(xlist)
 plot(xlist)

Nota R cambia nodos y los indexa desde cero hacia arriba (no en la actualización de igraph más reciente como comentarios de @Sacha Epskamp a continuación). Utilizando:

plot(xlist, vertex.label= V(xlist)$name)

Verás los nombres que quieras. es decir, bordes entre 1 y 2.

Una forma de trazar las rutas más cortas es usar get.all.shortest.paths y luego usar esto para subconjuntar su gráfica y sobrerregularla. Vea mi respuesta a esta pregunta para un ejemplo similar donde trazo un árbol de expansión.