kmeans - plot k means python

DeprecationAdvertencia en sklearn MiniBatchKMeans

Question

vectors = model.syn0

n_clusters_kmeans = 20 # more for visualization 100 better for clustering

min_kmeans = MiniBatchKMeans(init=''k-means++'', n_clusters=n_clusters_kmeans, n_init=10)
min_kmeans.fit(vectors)

X_reduced = TruncatedSVD(n_components=50,  random_state=0).fit_transform(vectors)
X_embedded = TSNE(n_components=2, perplexity=40, verbose=2).fit_transform(X_reduced)

fig = plt.figure(figsize=(10, 10))
ax = plt.axes(frameon=False)
plt.setp(ax, xticks=(), yticks=())
plt.subplots_adjust(left=0.0, bottom=0.0, right=1.0, top=0.9,     wspace=0.0, hspace=0.0)
plt.scatter(X_embedded[:, 0], X_embedded[:, 1], c=None, marker="x")
plt.show()

Quiero trazar vectores. Estoy usando sklearn.cluster MiniBatchKMeans. El código anterior me da el siguiente error de obsolescencia:

/usr/local/lib/python3.5/site-packages/sklearn/cluster/k_means_.py:1328: DeprecationWarning: esta función está en desuso. Por favor llame a randint (0, 99 + 1) en lugar de 0, n_samples - 1, self.batch_size)

Cualquier sugerencia es apreciada Gracias

Answer 1

Supresión temporal de advertencias

La mejor opción para suprimir esta advertencia se ha descrito en la documentación de Python para el módulo de advertencias .

En este caso, puede ajustar el método de ajuste del agrupamiento utilizando una instrucción como esta:

import warnings
....
min_kmeans = MiniBatchKMeans(...)
with warnings.catch_warnings():
    warnings.simplefilter("ignore")
    min_kmeans.fit(vectors)
# Rest part of the code

Answer 2

Este es un problema conocido y ya se ha fusionado una solución para esto. Por favor, consulte gh: scikit-learn # 6863 .

Estadísticamente, la próxima versión debería lanzarse alrededor de octubre de 2016. Hasta entonces, son las opciones:

-> Suprimir como se menciona en la respuesta de frist a esta pregunta

import warnings
....
min_kmeans = MiniBatchKMeans(...)
with warnings.catch_warnings():
    warnings.simplefilter("ignore", category=DeprecationWarning)
    min_kmeans.fit(vectors)
# Rest part of the code

-> Instalar scikit-learn de master:

pip install git+git://github.com/scikit-learn/scikit-learn.git