source - R Error de instalación de Bioconductor: la línea que comienza ''<DOCTYPE html PUBLI...'' está mal formada
repository r (1)
Tengo problemas para instalar paquetes de bioconductor en R. Esto es en MacOSX, una nueva instalación de R 2.15 y el uso de bioconductor 1.4.4. La transcripción sigue:
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
BiocInstaller version 1.4.4, ?biocLite for help
> biocLite("Biobase")
BioC_mirror: http://bioconductor.org
Using R version 2.15, BiocInstaller version 1.4.4.
Warning: unable to access index for repository http://brainarray.mbni.med.umich.edu/bioc/bin/macosx/leopard/contrib/2.15
Installing package(s) ''Biobase''
Error: Line starting ''<!DOCTYPE html PUBLI ...'' is malformed!
> traceback()
6: read.dcf(file = tmpf)
5: available.packages(contriburl = contriburl, method = method)
4: .install.macbinary(pkgs = pkgs, lib = lib, contriburl = contriburl,
method = method, available = available, destdir = destdir,
dependencies = dependencies, ...)
3: install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...)
2: biocLiteInstall(pkgs, ask = ask, siteRepos = siteRepos, suppressUpdates = suppressUpdates,
...)
1: biocLite("Biobase")
Las preguntas relacionadas que he encontrado a través de google sugieren un error de conexión a internet (proxy, etc.), pero ese no parece ser el caso aquí. Puedo instalar paquetes de CRAN muy bien: (es decir, install.packages ("foreach"))
Las sugerencias serían bienvenidas.
Creo que este es un error que se corregirá cuando nuestras compilaciones finalicen esta mañana a las 10 de la madrugada, hora de Seattle: el repositorio CRANextras ya no está disponible para Mac, y verá la parte superior de una página de redireccionamiento. Busque la versión de BiocInstaller> 1.4.5 después de la source("http://bioconductor.org/biocLite.R") . Hay un hilo de correo electrónico en la lista de correo de Bioconductor.