libreria - Trazando pca biplot con ggplot2

principal component analysis factoextra

Question

Me pregunto si es posible trazar los resultados de pca biplot con ggplot2. Supongamos que si quiero mostrar los siguientes resultados de biplot con ggplot2

fit <- princomp(USArrests, cor=TRUE)
summary(fit)
biplot(fit)

Cualquier ayuda será muy apreciada. Gracias

Answer 1

Esta es la forma más sencilla a través de ggbiplot :

library(ggbiplot)
fit <- princomp(USArrests, cor=TRUE)
biplot(fit)

ggbiplot(fit, labels = rownames(USArrests))

Answer 2

Esto obtendrá los estados graficados, aunque no las variables

fit.df <- as.data.frame(fit$scores)
fit.df$state <- rownames(fit.df)
library(ggplot2)
ggplot(data=fit.df,aes(x=Comp.1,y=Comp.2))+
geom_text(aes(label=state,size=1,hjust=0,vjust=0))

Answer 3

Si utiliza el excelente paquete FactoMineR para pca, puede encontrarlo útil para hacer trazados con ggplot2

# Plotting the output of FactoMineR''s PCA using ggplot2
#
# load libraries
library(FactoMineR)
library(ggplot2)
library(scales)
library(grid)
library(plyr)
library(gridExtra)
#
# start with a clean slate
rm(list=ls(all=TRUE))
#
# load example data from the FactoMineR package
data(decathlon)
#
# compute PCA
res.pca <- PCA(decathlon, quanti.sup = 11:12, quali.sup=13, graph = FALSE)
#
# extract some parts for plotting
PC1 <- res.pca$ind$coord[,1]
PC2 <- res.pca$ind$coord[,2]
labs <- rownames(res.pca$ind$coord)
PCs <- data.frame(cbind(PC1,PC2))
rownames(PCs) <- labs
#
# Just showing the individual samples...
ggplot(PCs, aes(PC1,PC2, label=rownames(PCs))) +
geom_text()
#
# Now get supplementary categorical variables
cPC1 <- res.pca$quali.sup$coor[,1]
cPC2 <- res.pca$quali.sup$coor[,2]
clabs <- rownames(res.pca$quali.sup$coor)
cPCs <- data.frame(cbind(cPC1,cPC2))
rownames(cPCs) <- clabs
colnames(cPCs) <- colnames(PCs)
#
# Put samples and categorical variables (ie. grouping
# of samples) all together
p <- ggplot() + opts(aspect.ratio=1) + theme_bw(base_size = 20)
# no data so there''s nothing to plot...
# add on data
p <- p + geom_text(data=PCs, aes(x=PC1,y=PC2,label=rownames(PCs)), size=4)
p <- p + geom_text(data=cPCs, aes(x=cPC1,y=cPC2,label=rownames(cPCs)),size=10)
p # show plot with both layers
#
# clear the plot
dev.off()
#
# Now extract variables
#
vPC1 <- res.pca$var$coord[,1]
vPC2 <- res.pca$var$coord[,2]
vlabs <- rownames(res.pca$var$coord)
vPCs <- data.frame(cbind(vPC1,vPC2))
rownames(vPCs) <- vlabs
colnames(vPCs) <- colnames(PCs)
#
# and plot them
#
pv <- ggplot() + opts(aspect.ratio=1) + theme_bw(base_size = 20)
# no data so there''s nothing to plot
# put a faint circle there, as is customary
angle <- seq(-pi, pi, length = 50)
df <- data.frame(x = sin(angle), y = cos(angle))
pv <- pv + geom_path(aes(x, y), data = df, colour="grey70")
#
# add on arrows and variable labels
pv <- pv + geom_text(data=vPCs, aes(x=vPC1,y=vPC2,label=rownames(vPCs)), size=4) + xlab("PC1") + ylab("PC2")
pv <- pv + geom_segment(data=vPCs, aes(x = 0, y = 0, xend = vPC1*0.9, yend = vPC2*0.9), arrow = arrow(length = unit(1/2, ''picas'')), color = "grey30")
pv # show plot
#
# clear the plot
dev.off()
#
# Now put them side by side
#
library(gridExtra)
grid.arrange(p,pv,nrow=1)
#
# Now they can be saved or exported...
#
# tidy up by deleting the plots
#
dev.off()

Y así es como se ven las tramas finales, tal vez el tamaño del texto en el diagrama de la izquierda podría ser un poco menor:

Answer 4

Tal vez esto ayude-- está adaptado del código que escribí hace un tiempo. Ahora dibuja flechas también.

PCbiplot <- function(PC, x="PC1", y="PC2") {
# PC being a prcomp object
data <- data.frame(obsnames=row.names(PC$x), PC$x)
plot <- ggplot(data, aes_string(x=x, y=y)) + geom_text(alpha=.4, size=3, aes(label=obsnames))
plot <- plot + geom_hline(aes(0), size=.2) + geom_vline(aes(0), size=.2)
datapc <- data.frame(varnames=rownames(PC$rotation), PC$rotation)
mult <- min(
(max(data[,y]) - min(data[,y])/(max(datapc[,y])-min(datapc[,y]))),
(max(data[,x]) - min(data[,x])/(max(datapc[,x])-min(datapc[,x])))
)
datapc <- transform(datapc,
v1 = .7 * mult * (get(x)),
v2 = .7 * mult * (get(y))
)
plot <- plot + coord_equal() + geom_text(data=datapc, aes(x=v1, y=v2, label=varnames), size = 5, vjust=1, color="red")
plot <- plot + geom_segment(data=datapc, aes(x=0, y=0, xend=v1, yend=v2), arrow=arrow(length=unit(0.2,"cm")), alpha=0.75, color="red")
plot
}
fit <- prcomp(USArrests, scale=T)
PCbiplot(fit)

Es posible que desee cambiar el tamaño del texto, así como la transparencia y los colores, al gusto; sería fácil convertirlos en parámetros de la función. Nota: se me ocurrió que esto funciona con prcomp pero su ejemplo es con princomp. Puede, de nuevo, necesitar adaptar el código en consecuencia. Nota 2: el código para geom_segment() se toma prestado de la publicación de la lista de correo vinculada desde el comentario a OP.

Answer 5

También puede usar factoextra que también tiene un backend ggplot2:

library("devtools")
install_github("kassambara/factoextra")
fit <- princomp(USArrests, cor=TRUE)
fviz_pca_biplot(fit)

O ggord :

install_github(''fawda123/ggord'')
library(ggord)
ggord(fit)+theme_grey()

O ggfortify :

devtools::install_github("sinhrks/ggfortify")
library(ggfortify)
ggplot2::autoplot(fit, label = TRUE, loadings.label = TRUE)