read_csv - python pandas read csv example

pandas read_csv y columnas de filtro con usecols

Question

Tengo un archivo csv que no entra correctamente con pandas.read_csv cuando filtro las columnas con usecols y uso varios índices.

import pandas as pd
csv = r"""dummy,date,loc,x
bar,20090101,a,1
bar,20090102,a,3
bar,20090103,a,5
bar,20090101,b,1
bar,20090102,b,3
bar,20090103,b,5"""
f = open(''foo.csv'', ''w'')
f.write(csv)
f.close()
df1 = pd.read_csv(''foo.csv'',
header=0,
names=["dummy", "date", "loc", "x"],
index_col=["date", "loc"],
usecols=["dummy", "date", "loc", "x"],
parse_dates=["date"])
print df1
# Ignore the dummy columns
df2 = pd.read_csv(''foo.csv'',
index_col=["date", "loc"],
usecols=["date", "loc", "x"], # <----------- Changed
parse_dates=["date"],
header=0,
names=["dummy", "date", "loc", "x"])
print df2

Espero que df1 y df2 sean los mismos excepto por la columna ficticia faltante, pero las columnas vienen mal etiquetadas. También la fecha se analiza como una fecha.

In [118]: %run test.py
dummy x
date loc
2009-01-01 a bar 1
2009-01-02 a bar 3
2009-01-03 a bar 5
2009-01-01 b bar 1
2009-01-02 b bar 3
2009-01-03 b bar 5
date
date loc
a 1 20090101
3 20090102
5 20090103
b 1 20090101
3 20090102
5 20090103

Utilizar números de columna en lugar de nombres me da el mismo problema. Puedo resolver el problema dejando caer la columna ficticia después del paso read_csv, pero estoy tratando de entender qué está pasando mal. Estoy usando pandas 0.10.1.

editar: se corrigió el mal uso del encabezado.

Answer 1

Este código logra lo que quieres, también es extraño y sin dudas:

Observé que funciona cuando:

a) especifica el index_col rel. a la cantidad de columnas que realmente usa, por lo que son tres columnas en este ejemplo, no cuatro (se quita la dummy y se comienza a contar a partir de ese momento)

b) lo mismo para parse_dates

c) no es así para usecols ;) por razones obvias

d) aquí he adaptado los names para reflejar este comportamiento

import pandas as pd
from StringIO import StringIO
csv = """dummy,date,loc,x
bar,20090101,a,1
bar,20090102,a,3
bar,20090103,a,5
bar,20090101,b,1
bar,20090102,b,3
bar,20090103,b,5
"""
df = pd.read_csv(StringIO(csv),
index_col=[0,1],
usecols=[1,2,3],
parse_dates=[0],
header=0,
names=["date", "loc", "", "x"])
print df

que imprime

 x
date loc
2009-01-01 a 1
2009-01-02 a 3
2009-01-03 a 5
2009-01-01 b 1
2009-01-02 b 3
2009-01-03 b 5

Answer 2

La respuesta de @chip omite por completo el argumento de dos argumentos clave.

• los nombres solo son necesarios cuando no hay encabezado y desea especificar otros argumentos usando nombres de columna en lugar de índices enteros.
• Se supone que usecols proporciona un filtro antes de leer todo el DataFrame en la memoria; si se utiliza correctamente, nunca debe haber necesidad de eliminar columnas después de leer.

Esta solución corrige esas rarezas:

import pandas as pd
from StringIO import StringIO
csv = r"""dummy,date,loc,x
bar,20090101,a,1
bar,20090102,a,3
bar,20090103,a,5
bar,20090101,b,1
bar,20090102,b,3
bar,20090103,b,5"""
df = pd.read_csv(StringIO(csv),
header=0,
index_col=["date", "loc"],
usecols=["date", "loc", "x"],
parse_dates=["date"])

Lo que nos da:

 x
date loc
2009-01-01 a 1
2009-01-02 a 3
2009-01-03 a 5
2009-01-01 b 1
2009-01-02 b 3
2009-01-03 b 5

Answer 3

Primero importe csv y use csv.DictReader es fácil de procesar ...

Answer 4

Si su archivo csv contiene datos adicionales, las columnas pueden deleted del DataFrame después de la importación.

import pandas as pd
from StringIO import StringIO
csv = r"""dummy,date,loc,x
bar,20090101,a,1
bar,20090102,a,3
bar,20090103,a,5
bar,20090101,b,1
bar,20090102,b,3
bar,20090103,b,5"""
df = pd.read_csv(StringIO(csv),
index_col=["date", "loc"],
usecols=["dummy", "date", "loc", "x"],
parse_dates=["date"],
header=0,
names=["dummy", "date", "loc", "x"])
del df[''dummy'']

Lo que nos da:

 x
date loc
2009-01-01 a 1
2009-01-02 a 3
2009-01-03 a 5
2009-01-01 b 1
2009-01-02 b 3
2009-01-03 b 5