write - R install.packages devuelve "error al crear el directorio de bloqueo"

r studio>}

Question

Me aparece este error al descargar el paquete Rcpp:

> install.packages("Rcpp", dependencies=TRUE)
Installing package(s) into ‘/home/me/src/Rlibs’ (as ‘lib’ is unspecified)
trying URL ''http://cran.us.r-project.org/src/contrib/Rcpp_0.10.2.tar.gz''
Content type ''application/x-gzip'' length 2380089 bytes (2.3 Mb)
...
Warning in dir.create(lockdir, recursive = TRUE) :
  cannot create dir ''/home'', reason ''Permission denied''
ERROR: failed to create lock directory ‘/home/me/src/Rlibs/00LOCK-Rcpp’
...

Como mi máquina está en un clúster de computadora, lo probé en diferentes nodos, y tuve cuidado de eliminar los archivos temporales descargados en / tmp. Lo extraño es que tengo derechos para escribir en / home / me / src / Rlibs /. Entonces mis preguntas son:

1. ¿Por qué R quiere tener derechos de escritura en / home mientras solo necesita derechos de escritura en / home / me /?
2. ¿Cómo puedo arreglar el error?

> sessionInfo()
R version 2.15.2 (2012-10-26)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
 [7] LC_PAPER=C                 LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
 [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_2.15.2

Answer 1

Esto sucede cuando la instalación de su último paquete se ha interrumpido de forma anormal. para solucionar esto, debes eliminar el archivo bloqueado. Por ejemplo, ejecute este comando en la consola R:

unlink("/home/me/src/Rlibs/00LOCK-Rcpp", recursive = TRUE)

¡Espero que esto ayude!

Answer 2

La mejor manera de evitar esto es usar el argumento ''--no-lock'' en la línea de comando, por ejemplo,

R CMD INSTALL --no-lock <pkg>

En los sistemas de archivos NFS, a veces no es obvio qué cosas debe cerrar. Desde dentro de R, puede hacer esto desde dentro de su comando usando:

install.packages("Rcpp", dependencies=TRUE, INSTALL_opts = c(''--no-lock''))