una - unir dos matrices en python

cómo leer una matriz NxNxN binaria fortran salida en Python

Question

Escribí una matriz en Fortran de la siguiente manera:

real(kind=kind(0.0d0)), dimension(256,256,256) :: dense

[...CALCULATION...]

inquire(iolength=reclen)dense
open(unit=8,file=fname,&
form=''unformatted'',access=''direct'',recl=reclen)
write(unit=8,rec=1)dense(:,:,:) 
close(unit=8)

Quiero volver a leer esto en Python. Todo lo que he visto es para matrices 2D NxN y no matrices 3D. En Matlab puedo leerlo como:

fid =    fopen(nfilename,''rb'');
mesh_raw = fread(fid,ndim*ndim*ndim,''double'');
fclose(fid);
mesh_reshape = reshape(mesh_raw,[ndim ndim ndim]);

Solo necesito el equivalente en Python, presumiblemente hay una herramienta de carga / remodelación similar disponible. Si hay una forma más amigable y compacta de escribirlo para que Python lo entienda, estoy abierto a sugerencias. Presumiblemente se verá algo así : Simplemente no estoy familiarizado con la sintaxis equivalente para mi caso. Una buena referencia sería suficiente. Gracias.

Answer 1

No puedo ver nada más que una lectura directa trabajando aquí. Python no hace un gran trabajo con las matrices en 2-D, mucho menos 3-d, pero este código debería funcionar.

fin=open(''filename.dat'',''rb'')
output=[]
for x in range(0,ndim):
    xarr=[]
    for y in range(0,ndim):
        yarr=[]
        for z in range(0,ndim):
            yarr.append(struct.unpack(''i'', fin.read(4)))
        xarr.append(yarr)
   output.append(xarr)

Answer 2

Utilizando el enlace de IRO-bot modifiqué / hice esto para mi script (nada más que numpy magic):

def readslice(inputfilename,ndim):
    shape = (ndim,ndim,ndim)
    fd = open(fname, ''rb'')
    data = np.fromfile(file=fd, dtype=np.double).reshape(shape)
    fd.close()
    return data

Hice una media, max, min y suma en el cubo y coincide con mi código fortran. Gracias por tu ayuda.