python - barplot - pandas plot

¿Cómo decirle a distutils que usen gcc?

Question

Quiero envolver un proyecto de prueba que contenga código C ++ y OpenMP con Cython, y compilarlo con distutils a través de un archivo setup.py . El contenido de mi archivo se ve así:

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Build import cythonize
from Cython.Distutils import build_ext


modules = [Extension("Interface",
                     ["Interface.pyx", "Parallel.cpp"],
                     language = "c++",
                     extra_compile_args=["-fopenmp"],
                     extra_link_args=["-fopenmp"])]

for e in modules:
    e.cython_directives = {"embedsignature" : True}

setup(name="Interface",
     cmdclass={"build_ext": build_ext},
     ext_modules=modules)

El indicador -fopenmp se usa con gcc para compilar y vincular contra OpenMP. Sin embargo, si acabo de invocar

cls ~/workspace/CythonOpenMP/src $ python3 setup.py build

esta bandera no se reconoce, porque el compilador es clang:

running build
running build_ext
skipping ''Interface.cpp'' Cython extension (up-to-date)
building ''Interface'' extension
cc -Wno-unused-result -fno-common -dynamic -DNDEBUG -g -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -I/usr/local/include -I/usr/local/opt/sqlite/include -I/usr/local/Cellar/python3/3.3.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.3/include/python3.3m -c Interface.cpp -o build/temp.macosx-10.8-x86_64-3.3/Interface.o -fopenmp
clang: warning: argument unused during compilation: ''-fopenmp''
cc -Wno-unused-result -fno-common -dynamic -DNDEBUG -g -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -I/usr/local/include -I/usr/local/opt/sqlite/include -I/usr/local/Cellar/python3/3.3.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.3/include/python3.3m -c Parallel.cpp -o build/temp.macosx-10.8-x86_64-3.3/Parallel.o -fopenmp
clang: warning: argument unused during compilation: ''-fopenmp''
Parallel.cpp:24:10: warning: unknown pragma ignored [-Wunknown-pragmas]
        #pragma omp parallel for
                ^
1 warning generated.
c++ -bundle -undefined dynamic_lookup -L/usr/local/lib -L/usr/local/opt/sqlite/lib build/temp.macosx-10.8-x86_64-3.3/Interface.o build/temp.macosx-10.8-x86_64-3.3/Parallel.o -o build/lib.macosx-10.8-x86_64-3.3/Interface.so -fopenmp
ld: library not found for -lgomp
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
error: command ''c++'' failed with exit status 1

He intentado sin éxito especificar gcc:

cls ~/workspace/CythonOpenMP/src $ python3 setup.py build --compiler=g++-4.7
running build
running build_ext
error: don''t know how to compile C/C++ code on platform ''posix'' with ''g++-4.7'' compiler

¿Cómo puedo decirle a distutils que usen gcc?

Answer 1

En caso de que otros enfrenten el mismo problema en Windows (donde la variable de entorno CC no tendría ningún efecto):

• Crea el archivo "C: / Python27 / Lib / distutils / distutils.cfg" y escribe esto dentro:

Código:

[build]
compiler = mingw32

• Elimine todas las instancias de la opción gcc "-mno-cygwin" del archivo "C: / Python27 / Lib / distutils / cygwinccompiler.py":

Esta :

    self.set_executables(compiler=''gcc -mno-cygwin -O -Wall'',
                         compiler_so=''gcc -mno-cygwin -mdll -O -Wall'',
                         compiler_cxx=''g++ -mno-cygwin -O -Wall'',
                         linker_exe=''gcc -mno-cygwin'',
                         linker_so=''%s -mno-cygwin %s %s''
                                    % (self.linker_dll, shared_option,
                                       entry_point))

Se convierte en esto:

self.set_executables(compiler=''gcc -O -Wall'',
                     compiler_so=''gcc -mdll -O -Wall'',
                     compiler_cxx=''g++ -O -Wall'',
                     linker_exe=''gcc'',
                     linker_so=''%s %s %s''
                                % (self.linker_dll, shared_option,
                                   entry_point))

El segundo punto puede ser necesario si está utilizando una versión reciente de gcc, donde se ha eliminado la opción en desuso -mno-cygwin .

Espero que esto ayude, incluso si no está directamente relacionado con las necesidades reales del OP (pero aún está relacionado con el título de la pregunta ...)

Answer 2

Intente configurar la variable de entorno "CC" desde dentro de setup.py con os.environ.

Answer 3

Pruebe esto: http://mail.python.org/pipermail/distutils-sig/2002-August/002944.html

En resumen, parece que deberías probar: python setup.py build --compiler = g ++ primero.

Answer 4

Puedes intentar instalar anaconda env:

conda create -n py35a python=3.5 numpy scipy matplotlib pandas gcc anaconda

construir con:

zsh -c ". activate py35a && gcc --version && python setup.py build_ext --inplace"

Answer 5

Simplemente eché un vistazo a la fuente distutils , y la opción --compiler espera "unix", "msvc", "cygwin", "mingw32", "bcpp" o "emx". Comprueba el nombre del compilador que desea al verificar la variable de entorno CC . Intenta llamar a compilar de esta manera:

CC=gcc python setup.py build

No es necesario configurar CXX , no lo comprueba.