procesos - proceso huerfano

Elimina procesos zombies usando paquetes paralelos

Question

Después de haber jugado durante algún tiempo con el paquete paralelo de R en mi máquina basada en Debian, todavía no puedo encontrar una manera de eliminar todos los procesos infantiles zombis después de un cálculo.

Estoy buscando una solución general e independiente del sistema operativo.

Debajo de un simple script que ilustra el problema para 2 núcleos:

library(parallel)
testfun <- function(){TRUE}
cltype <- ifelse(.Platform$OS.type != "windows", "FORK", "PSOCK")
cl <- makeCluster(2, type = cltype)
p <- clusterCall(cl, testfun)
stopCluster(cl)

Desafortunadamente, esta secuencia de comandos deja dos procesos zombie en la tabla de procesos que solo se eliminan si R se apaga.

Answer 1

Esto solo parece ser un problema con los clusters "FORK". Si crea un clúster "PSOCK" en su lugar, los procesos morirán cuando llame a stopCluster(cl) .

¿Hay algo que le impida utilizar un clúster "PSOCK" en su máquina basada en Debian?

Answer 2

Probablemente la respuesta a su problema se encuentre en el archivo de ayuda del makeCluster() .

En la parte inferior del archivo, está escrito: es una buena práctica cerrar a los trabajadores llamando a stopCluster: sin embargo, los trabajadores terminarán ellos mismos una vez que el zócalo en el que están escuchando los comandos no esté disponible, lo que debería ocurrir si el maestro R La sesión se completa (o su proceso muere).

La solución es (está funcionando para mí) definir un puerto para su clúster mientras lo está creando.

cl <- makeCluster(2, type = cltype,port=yourPortNumber)

otra solución (puede no ser útil) es establecer un tiempo de espera para sus sockets. La variable timeout está en segundos.

cl <- makeCluster(2, type = cltype,port=yourPortNumber,timeout=50)

En cualquier caso, el objetivo debe ser hacer que la conexión del zócalo no esté disponible, ya que cerrar los puertos o cerrar el proceso R principal haría esto.

Edit: Lo que quise decir fue cerrar los puertos que el proceso está escuchando. Debería ser el sistema operativo independiente. puede intentar usar -> showConnections(all = TRUE); . Esto le dará todas las conexiones. Entonces puedes probar closeAllConnections();

Lo siento si esto no funciona también.