prima - diagrama de venn virtual

Diagrama de Venn sombreado proporcional y de colores con semitransparencia

Question

Tengo el siguiente tipo de datos de recuento.

A   450
B   1800
A and B both    230

Quiero desarrollar un colorido (posiblemente semi transparencia en las intersecciones) como el siguiente diagrama de Venn.

Nota: Esta figura es un ejemplo dibujado a mano en PowerPoint, y no está a escala.

Answer 1

Aquí hay una publicación que analiza el diagrama de Venn de la lista de grupos y factores concurrentes .

Para una fácil solución use el paquete de venneuler :

require(venneuler)
v <- venneuler(c(A=450, B=1800, "A&B"=230))
plot(v)

Para obtener soluciones más avanzadas y personalizadas, consulte el paquete VennDiagram .

Answer 2

Aunque esto no responde tu pregunta por completo. Pensé que esto sería útil para otras personas que buscan trazar Venn Diagram. Se puede usar la función venn () del paquete gplots: http://www.inside-r.org/packages/cran/gplots/docs/venn

## modified slightly from the example given in the documentation
## Example using a list of item names belonging to the
## specified group.
##
require(gplots) 
## construct some fake gene names..
oneName <- function() paste(sample(LETTERS,5,replace=TRUE),collapse="")
geneNames <- replicate(1000, oneName())

## 
GroupA <- sample(geneNames, 400, replace=FALSE)
GroupB <- sample(geneNames, 750, replace=FALSE)
GroupC <- sample(geneNames, 250, replace=FALSE)
GroupD <- sample(geneNames, 300, replace=FALSE)

venn(list(GrpA=GroupA,GrpB=GroupB,GrpC=GroupC,GrpD=GroupD))

Luego solo agrego colores y transparencia usando illustrator.

Answer 3

Basado en la segunda respuesta de la segunda sugerencia de Geek On Acid (gracias una vez más), también podría resolver el problema de la línea. ¡Estoy publicando si esto es relevante para otros googlers!

  require(VennDiagram)
    venn.diagram(list(B = 1:1800, A = 1571:2020),fill = c("red", "green"),
  alpha = c(0.5, 0.5), cex = 2,cat.fontface = 4,lty =2, fontfamily =3, 
   filename = "trial2.emf");

Answer 4

Hay un trazador proporcional intuitivo y flexible que puede descargar y ejecutar. Encuéntrelo en: http://omics.pnl.gov/software/VennDiagramPlotter.php

y

jvenn : un visor interactivo del diagrama de Venn - GenoToul Bioinfo: http://bioinfo.genotoul.fr/jvenn/

Answer 5

Recientemente publiqué un nuevo paquete R, eulerr , que hace lo que desea. Es bastante similar al venneuler pero sin sus inconsistencias.

library(eulerr)
fit <- euler(c(A = 450, B = 1800, "A&B" = 230))
plot(fit)

O puede probar la brillante aplicación para el mismo paquete r en eulerr.co

Answer 6

Sé que OP pregunta sobre una solución en R, pero me gustaría señalar una solución basada en web llamada BioVenn . Toma hasta 3 listas de elementos y dibuja un diagrama de Venn para que cada superficie sea proporcional a la cantidad de elementos, como este:

En este diagrama he cambiado manualmente (a través de PhotoShop) la ubicación de los números ya que no me gustaron las ubicaciones elegidas por BioVenn. Pero puedes elegir no tener números.

En teoría, las listas utilizadas con BioVenn deben consistir en identificaciones de genes, pero, en la práctica, no importa; las listas simplemente deben contener cadenas.