programacion - script linux ejemplos

Recorriendo el contenido de un archivo en Bash (11)

@Peter: Esto podría funcionar para ti-

echo "Start!";for p in $(cat ./pep); do echo $p done

Esto devolvería la salida

Start! RKEKNVQ IPKKLLQK QYFHQLEKMNVK IPKKLLQK GDLSTALEVAIDCYEK QYFHQLEKMNVKIPENIYR RKEKNVQ VLAKHGKLQDAIN ILGFMK LEDVALQILL

¿Cómo itero a través de cada línea de un archivo de texto con Bash ?

Con este script:

echo "Start!" for p in (peptides.txt) do echo "${p}" done

Obtengo esta salida en la pantalla:

Start! ./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('' ./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)''

(Más tarde, quiero hacer algo más complicado con $p que simplemente salir a la pantalla).

La variable de entorno SHELL es (de env):

SHELL=/bin/bash

/bin/bash --version salida:

Salida cat /proc/version :

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

El archivo peptides.txt contiene:

RKEKNVQ IPKKLLQK QYFHQLEKMNVK IPKKLLQK GDLSTALEVAIDCYEK QYFHQLEKMNVKIPENIYR RKEKNVQ VLAKHGKLQDAIN ILGFMK LEDVALQILL

Aquí está mi ejemplo de la vida real: cómo hacer un bucle en las líneas de otra salida del programa, verificar subcadenas, eliminar comillas dobles de la variable, usar esa variable fuera del bucle. Supongo que muchos están haciendo estas preguntas tarde o temprano.

##Parse FPS from first video stream, drop quotes from fps variable ## streams.stream.0.codec_type="video" ## streams.stream.0.r_frame_rate="24000/1001" ## streams.stream.0.avg_frame_rate="24000/1001" FPS=unknown while read -r line; do if [[ $FPS == "unknown" ]] && [[ $line == *".codec_type=/"video/""* ]]; then echo ParseFPS $line FPS=parse fi if [[ $FPS == "parse" ]] && [[ $line == *".r_frame_rate="* ]]; then echo ParseFPS $line FPS=${line##*=} FPS="${FPS%/"}" FPS="${FPS#/"}" fi done <<< "$(ffprobe -v quiet -print_format flat -show_format -show_streams -i "$input")" if [ "$FPS" == "unknown" ] || [ "$FPS" == "parse" ]; then echo ParseFPS Unknown frame rate fi echo Found $FPS

Declare la variable fuera del bucle, establezca el valor y utilícelo fuera del bucle se requiere la sintaxis de <<< "(...)" . La aplicación debe ejecutarse dentro de un contexto de la consola actual. Las citas alrededor del comando mantienen nuevas líneas de flujo de salida.

La coincidencia de bucle para las subcadenas luego lee el par nombre = valor , divide la parte del lado derecho del último carácter = , deja caer la primera cita, elimina la última cita, tenemos un valor limpio para ser usado en otros lugares.

Esto no es mejor que otras respuestas, pero es una forma más de hacer el trabajo en un archivo sin espacios (ver comentarios). Encuentro que a menudo necesito archivos de una línea para explorar listas en archivos de texto sin el paso adicional de usar archivos de script separados.

for word in $(cat peptides.txt); do echo $word; done

Este formato me permite ponerlo todo en una línea de comando. Cambie la parte de "echo $ word" a lo que desee y puede emitir varios comandos separados por punto y coma. El siguiente ejemplo utiliza el contenido del archivo como argumentos en otros dos scripts que puede haber escrito.

for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done

O si pretende usar esto como un editor de secuencias (learn sed) puede volcar la salida en otro archivo de la siguiente manera.

for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done > outfile.txt

He usado estos como están escritos anteriormente porque he usado archivos de texto donde los he creado con una palabra por línea. (Ver comentarios) Si tiene espacios en los que no quiere dividir sus palabras / líneas, se pone un poco más feo, pero el mismo comando sigue funcionando de la siguiente manera:

OLDIFS=$IFS; IFS=$''/n''; for line in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $line; cmd_b.py $line; done > outfile.txt; IFS=$OLDIFS

Esto simplemente le dice al shell que se divida solo en nuevas líneas, no en espacios, y luego devuelve el entorno a lo que era anteriormente. En este punto, es posible que desee considerar poner todo en un script de shell en lugar de apretarlo todo en una sola línea, sin embargo.

¡La mejor de las suertes!

Si no desea que su lectura sea interrumpida por el carácter de nueva línea, use -

#!/bin/bash while IFS='''' read -r line || [[ -n "$line" ]]; do echo "$line" done < "$1"

Luego ejecute el script con el nombre del archivo como parámetro.

Supongamos que tiene este archivo:

$ cat /tmp/test.txt Line 1 Line 2 has leading space Line 3 followed by blank line Line 5 (follows a blank line) and has trailing space Line 6 has no ending CR

Hay cuatro elementos que alterarán el significado de la salida del archivo leído por muchas soluciones Bash:

La línea en blanco 4;
Espacios iniciales o finales en dos líneas;
Mantener el significado de líneas individuales (es decir, cada línea es un registro);
La línea 6 no terminó con un CR.

Si desea el archivo de texto línea por línea, incluidas las líneas en blanco y las líneas de terminación sin CR, debe usar un bucle while y debe tener una prueba alternativa para la línea final.

Estos son los métodos que pueden cambiar el archivo (en comparación con lo cat devuelve cat ):

1) Perder la última línea y espacios iniciales y finales:

$ while read -r p; do printf "%s/n" "''$p''"; done </tmp/test.txt ''Line 1'' ''Line 2 has leading space'' ''Line 3 followed by blank line'' '''' ''Line 5 (follows a blank line) and has trailing space''

(Si lo haces while IFS= read -rp; do printf "%s/n" "''$p''"; done </tmp/test.txt en while IFS= read -rp; do printf "%s/n" "''$p''"; done </tmp/test.txt lugar, conservas los espacios al while IFS= read -rp; do printf "%s/n" "''$p''"; done </tmp/test.txt y al final pero aún pierdes la última línea si no se termina con CR)

2) El uso de la sustitución de procesos con cat leerá todo el archivo de una vez y perderá el significado de las líneas individuales:

$ for p in "$(cat /tmp/test.txt)"; do printf "%s/n" "''$p''"; done ''Line 1 Line 2 has leading space Line 3 followed by blank line Line 5 (follows a blank line) and has trailing space Line 6 has no ending CR''

(Si elimina el " from $(cat /tmp/test.txt) , lea el archivo palabra por palabra en lugar de un solo trago. Probablemente no sea lo que se pretende ...)

La forma más robusta y sencilla de leer un archivo línea por línea y conservar todo el espacio es:

$ while IFS= read -r line || [[ -n $line ]]; do printf "''%s''/n" "$line"; done </tmp/test.txt ''Line 1'' '' Line 2 has leading space'' ''Line 3 followed by blank line'' '''' ''Line 5 (follows a blank line) and has trailing space '' ''Line 6 has no ending CR''

Si desea eliminar los espacios iniciales y comerciales, elimine la parte IFS= :

$ while read -r line || [[ -n $line ]]; do printf "''%s''/n" "$line"; done </tmp/test.txt ''Line 1'' ''Line 2 has leading space'' ''Line 3 followed by blank line'' '''' ''Line 5 (follows a blank line) and has trailing space'' ''Line 6 has no ending CR''

(Un archivo de texto sin un /n terminación, aunque bastante común, se considera roto bajo POSIX. Si puede contar con el /n final no necesita || [[ -n $line ]] en el bucle while).

Más en las preguntas frecuentes de BASH

Una forma de hacerlo es:

while read p; do echo "$p" done <peptides.txt

Como se señaló en los comentarios, esto tiene los efectos secundarios de recortar los espacios en blanco iniciales, interpretar las secuencias de barra diagonal inversa y omitir la línea final si falta una alimentación de línea de terminación. Si estas son preocupaciones, puedes hacer:

while IFS="" read -r p || [ -n "$p" ] do printf ''%s/n'' "$p" done < peptides.txt

Excepcionalmente, si el cuerpo del bucle puede leer una entrada estándar , puede abrir el archivo utilizando un descriptor de archivo diferente:

while read -u 10 p; do ... done 10<peptides.txt

Aquí, 10 es solo un número arbitrario (diferente de 0, 1, 2).

Unas cuantas cosas más no cubiertas por otras respuestas:

Leyendo de un archivo delimitado

# '':'' is the delimiter here, and there are three fields on each line in the file # IFS set below is restricted to the context of `read`, it doesn''t affect any other code while IFS=: read -r field1 field2 field3; do # process the fields # if the line has less than three fields, the missing fields will be set to an empty string # if the line has more than three fields, `field3` will get all the values, including the third field plus the delimiter(s) done < input.txt

Lectura de la salida de otro comando, utilizando la sustitución de procesos.

while read -r line; do # process the line done < <(command ...)

Este enfoque es mejor que el command ... | while read -r line; do ... command ... | while read -r line; do ... command ... | while read -r line; do ... porque el bucle while aquí se ejecuta en el shell actual en lugar de una subshell como en el caso de este último. Consulte la publicación relacionada. Una variable modificada dentro de un bucle while no se recuerda .

Lectura de una entrada delimitada por nulos, por ejemplo, `find ... -print0`

while read -r -d '''' line; do # logic # use a second ''read ... <<< "$line"'' if we need to tokenize the line done < <(find /path/to/dir -print0)

Lectura relacionada: BashFAQ / 020 - ¿Cómo puedo encontrar y manejar con seguridad nombres de archivos que contengan líneas nuevas, espacios o ambos?

Lectura de más de un archivo a la vez

while read -u 3 -r line1 && read -u 4 -r line2; do # process the lines # note that the loop will end when we reach EOF on either of the files, because of the `&&` done 3< input1.txt 4< input2.txt

Basado en @chepner''s respuesta @chepner''s here :

-u es una extensión de bash. Para la compatibilidad con POSIX, cada llamada se vería algo así como read -r X <&3 .

Leyendo un archivo completo en una matriz (Bash versiones anteriores a 4)

while read -r line; do my_array+=("$line") done < my_file

Si el archivo termina con una línea incompleta (falta una nueva línea al final), entonces:

while read -r line || [[ $line ]]; do my_array+=("$line") done < my_file

Leyendo un archivo completo en una matriz (versiones Bash 4x y posteriores)

readarray -t my_array < my_file

mapfile -t my_array < my_file

Y entonces

for line in "${my_array[@]}"; do # process the lines done