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¿Qué paquetes hacen buen uso de los objetos S4? (6)

En la última reunión de LondonR, Brandon Whicher dio una charla fascinante sobre el uso de las clases de S4 en su paquete dcemriS4, para usar en el análisis de imágenes de resonancia magnética (MRI) en investigaciones médicas.

Su charla está disponible aquí: http://www.londonr.org/Medical%20Image%20Analysis%20using%20S4%20classes%20&%20methods.pdf

Y el paquete está en CRAN: http://star-www.st-andrews.ac.uk/cran/web/packages/dcemriS4/index.html

¿Qué paquetes R hacen buen uso de las clases de S4? Estoy buscando paquetes que utilicen el S4 de manera adecuada (es decir, cuando la complejidad de las demandas del problema subyacente), estén bien escritas y bien documentadas (para que pueda leer el código y entender lo que está sucediendo).

Me interesa porque pronto enseñaré S4 y me gustaría señalar a los estudiantes buenos ejemplos en la práctica para que puedan leer el código y ayudarles a aprender.

Esto no responde exactamente a tu pregunta, pero ...

R en una cáscara de nuez desarrolla una clase S4 para un timeseries object y luego lo compara con la representación S3. Es una muy buena ilustración (sin ser demasiado compleja o demasiado simple) de las diferencias entre S3 y S4.
La programación de R para Bioinformática analiza brevemente el objeto de conjunto ExpressionSet .

En lo que respecta al uso de los paquetes de bioconductores, puede encontrar que para apreciar completamente el código, o incluso solo para comenzar, debe tener un conocimiento razonable de biología. Supongo que lo mismo se aplica a los paquetes de estadísticas complejas; necesita tener una vaga idea de lo que está pasando para comprender las razones detrás de la estructura del código.

Me gustaría ir a kernlab , que además incluye un montón de código C.

Viene con una vignette práctica, que detalla algunos de los conceptos de S4. (Sin embargo, no parece utilizar roxygen para la documentación, pero esta no es la pregunta aquí).

Pensando en esto un poco más, ¿quizás Matrix y / o lme4 ? Matrix hace muchos trucos con una representación eficiente de matrices dispersas, por lo que este puede ser un ejemplo que vale la pena (aunque posiblemente sea pesado).

De lo contrario, dado que todo el BioConductor se realiza en S4, parte de él será mejor que el promedio :) Estoy seguro de que Martin Morgan contará con buenos ejemplos.

Tratando de conseguir el sistema S4 me encontré con una sequence paquete educativo. La implementación del sistema de clases se ilustra en el conjunto de diapositivas que se adjuntan en una repo roo del mismo autor. Aunque el ejemplo utilizado es de bioestadística, es bueno seguirlo.

Es un gran recurso de aprendizaje, ya que el autor comparó cuidadosamente los diferentes sistemas de objetos y al mismo tiempo mantuvo la complejidad del paquete adecuada para el aprendizaje.

sp y paquetes dependientes usan S4 y bien documentados. Alfa y omega para cosas espaciales en R.