superponer - ¿Cómo cambiar los nombres de las etiquetas de tick del eje x, el orden y el color del diagrama de caja usando R ggplot?

superponer graficas en r ggplot

Question

Tengo una carpeta que contiene archivos csv, cada uno con dos columnas de datos, por ejemplo:

0,red
15.657,red
0,red
0,red
4.429,red
687.172,green
136.758,green
15.189,red
0.152,red
23.539,red
0.348,red
0.17,blue
0.171,red
0,red
61.543,green
0.624,blue
0.259,red
338.714,green
787.223,green
1.511,red
0.422,red
9.08,orange
7.358,orange
25.848,orange
29.28,orange

Estoy usando el siguiente código R para generar los diagramas de caja:

files <- list.files(path="D:/Ubuntu/BoxPlots/test/", pattern=NULL, full.names=F, recursive=FALSE)
files.len<-length(files)
col_headings<-c("RPKM", "Lineage")

for (i in files){
  i2<-paste(i,"png", sep=".")
  boxplots<-read.csv(i, header=FALSE)
  names(boxplots)<-col_headings
  png(i2)
  bplot<-ggplot(boxplots, aes(Lineage, RPKM)) + geom_boxplot(aes(fill=factor(Lineage))) + geom_point(aes(colour=factor(Lineage)))
  print(bplot)
  graphics.off()
}

Ahora quiero cambiar el color de los diagramas de caja para que coincidan con sus etiquetas de color del eje x correspondientes. También quiero cambiar los nombres de las etiquetas del eje x, y también su orden. ¿Hay alguna manera de hacer esto usando ggplot o qplot?

Answer 1

A partir de la respuesta de @ shadow, aquí se explica cómo puede cambiar manualmente las etiquetas del eje x. También introduje un par de otros cambios que ayudan a mejorar el aspecto del gráfico y la leyenda:

colorder <- c( "green", "orange", "red", "blue")
bplot<-ggplot(temp, aes(Lineage, RPKM)) + 
    geom_boxplot(aes(fill=factor(Lineage))) + 
    geom_point(aes(colour=factor(Lineage))) + 
    scale_color_manual(breaks=colorder, # color scale (for points)
                     limits=colorder, 
                     values=colorder,
                     labels=c("hESC1","hESC2","hESC3","hESC4"),
                     name="Group") +
    scale_fill_manual(breaks=colorder,  # fill scale (for boxes)
                     limits=colorder, 
                     values=colorder,
                     labels=c("hESC1","hESC2","hESC3","hESC4")
                     name="Group") +
    scale_x_discrete(limits=colorder,labels=c("hESC1","hESC2","hESC3","hESC4")) +
    theme_bw()

La adición de la opción de labels a la capa scale_x_discrete de la gráfica le permite cambiar las etiquetas de los ejes. Agregar labels a scale_fill_manual y scale_color_manual permite cambiar las etiquetas de leyenda. Agregar name a ambos le permite cambiar el encabezado de la leyenda. Finalmente, agregué theme_bw() a la trama para hacer que el fondo sea blanco y agregar un borde alrededor de la trama. ¡Espero que ayude!

Answer 2

Sí, usted puede hacer esto. Use scale_color_manual , scale_fill_manual y scale_x_discrete siguiente manera:

# specify colors and order 
colorder <- c( "green", "orange", "red", "blue") 
bplot<-ggplot(boxplots, aes(Lineage, RPKM)) + 
  geom_boxplot(aes(fill=factor(Lineage))) + 
  geom_point(aes(colour=factor(Lineage))) + 
  scale_color_manual(breaks=colorder, # color scale (for points)
                     limits=colorder, 
                     values=colorder) +
  scale_fill_manual(breaks=colorder,  # fill scale (for boxes)
                    limits=colorder, 
                    values=colorder) +
  scale_x_discrete(limits=colorder)   # order of x-axis