mac - R 3.4.1 Error de ruta de biblioteca personal de "vela individual": no se puede crear ''NA''

rstudio server (6)

Acabo de actualizar a R (3.4.1 "Single Candle") en mi máquina Linux Mint 18.1 Cinnamon e intenté instalar un paquete. R devolvió lo siguiente:

> install.packages(''ggplot2'') Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’ (as ‘lib’ is unspecified) Warning in install.packages("ggplot2") : ''lib = "/usr/local/lib/R/site-library"'' is not writable Would you like to use a personal library instead? (y/n) y Would you like to create a personal library NA to install packages into? (y/n) y Error in install.packages("ggplot2") : unable to create ‘NA’

Me encontré con el resultado ''lib no se puede escribir'' antes, pero generalmente ofrece una solución como esta:

Would you like to create a personal library ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4 to install packages into? (y/n) y

¿Alguna idea de por qué la biblioteca personal sugiere NA? ¿Hay alguna manera de anular manualmente esto?

Después del 8 de julio de 2017, esto resolverá todos los problemas

sudo apt-get update

Me pasó lo mismo al ejecutar el procedimiento de instalación para algunos paquetes de Bioconductor.

Entonces me di cuenta también que podía escribir esto (o similar) en la línea de comando bash:

export R_LIBS_USER=$HOME/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4 && R

export R_LIBS_USER=$HOME/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4 && rstudio

y luego ejecuta upgrade.packages() (o install.packages() , o biocLite() ) dentro de R.

De esta forma, el cambio es temporal y no es necesario actualizar ningún archivo de configuración.

Este comando de shell es inútil si posteriormente un comando en .Renviron or .Rprofile` establece R_USER_LIBS en una ubicación diferente durante el inicio de R (-compruebe su configuración).

Seguir con $ HOME / R / x86_64-pc-linux-gnu-library / 3.X puede ser deseable si ya tiene muchos paquetes en esta ubicación, quiere que se actualicen / instalen allí. Tengo muchos paquetes de Bioconductor allí, y no quiero que vuelvan a descargar, algunos de estos paquetes descargan grandes conjuntos de datos "Omics" cuando se usan. Quizás la partición donde reside / usr / local / lib / R tiene muy poco espacio en disco o está en una unidad lenta.

Mirando los detalles en el comentario de @Dirk ( https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=866768 ) este es un comportamiento planificado para que los paquetes se instalen una vez para todos los usuarios del sistema .

La solución es hacer que /usr/local/lib/R/ writable para todos los usuarios, en lugar de restablecer el antiguo comportamiento de tener una biblioteca de paquetes personales para cada usuario individual.

Abre una terminal y:

Navegue a /usr/local/lib/ con cd /usr/local/lib/
Cambie el propietario: grupo para que todos los usuarios puedan escribir en la carpeta. Tengo un grupo en mi computadora del que todos los usuarios son miembros, así que lo usé, pero consulte https://askubuntu.com/questions/66718/how-to-manage-users-and-groups para obtener ayuda con configurar un grupo si es necesario
Para cambiar la propiedad, use sudo chown owner:group -RR/ . owner es cualquier usuario, realmente no importa. group es el clave; asegúrese de que cualquier persona que desee usar R en su sistema sea miembro de este grupo. -R es recursivo (es decir, hazlo a todos los archivos y carpetas en R/ ).
Si necesita cambiar los permisos de grupo, use chmod -R 775 R/ . Esto le da al propietario y al grupo permisos de lectura, escritura y ejecución, y otorga a todos los demás permisos de lectura y ejecución.

Ahora reinicia R y deberías poder instalar paquetes en tu ubicación compartida.

No sé qué está causando este problema (también lo estoy experimentando en Ubuntu 16.04), pero aquí hay una solución rápida:

.libPaths(c("/home/your_username/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/", .libPaths()))

Por supuesto, puede reemplazar "/home/your_username/..." por cualquier otro directorio (que almacenará su biblioteca personal).

Esta solución hace que install.packages() y library() funcionen. Esperando una solución completa!

EDITAR: Debería notar que esta solución no es persistente. Es decir, no durará después de reiniciar R. Puede solucionar esto agregando la misma línea de código descrita anteriormente al archivo /home/your_username/.Rprofile .

Puede ser que este es un error de R 3.4.1, y mi solución es cambiar la línea de

R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-''/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library''}

en el /etc/R/Renviron en

R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-''~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4.1:/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library''}

Mi solución fue la siguiente:

En el archivo /usr/lib/R/etc/Renviron hay una configuración de R.

En las líneas 43-45 hay:

# edd Jun 2017 Comment-out R_LIBS_USER #R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-''~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4''} ##R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-''~/Library/R/3.4/library''}

No he R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-''~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4''} , he reiniciado RStudio y ahora funciona.

EDITAR: Al mirar los comentarios, parece un comportamiento planificado. Here hay otra solución.