macos - tutorial - superponer graficas en r ggplot

problema al guardar el archivo pdf en R con ggplot2

Question

Me encuentro con un problema extraño. Puedo crear y guardar archivos PDF usando R / ggplot2 y verlos mientras se ejecuta la Consola R. Tan pronto como salga de la consola R, la Vista previa en Mac OS X ya no mostrará el PDF. Pude guardar archivos .png sin problemas, pero por razones que escapan a mi control, debo guardarlos en archivos PDF. El código que estoy usando para guardar es el siguiente:

  pdfFile <-c("/Users/adam/mock/dir/structure.pdf")
  pdf(pdfFile)
  ggplot(y=count,data=allCombined, aes(x=sequenceName, fill=factor(subClass))) + geom_bar()
  ggsave(pdfFile)  

¿Alguien ha encontrado un problema similar? Si es así, ¿qué debo hacer para solucionarlo? Muchas gracias por tu tiempo.

Answer 1

El problema es que no cierra el dispositivo pdf() con dev.off()

dat <- data.frame(A = 1:10, B = runif(10))
require(ggplot2)

pdf("ggplot1.pdf")
ggplot(dat, aes(x = A, y = B)) + geom_point()
dev.off()

Eso funciona, como lo hace:

ggplot(dat, aes(x = A, y = B)) + geom_point()
ggsave("ggplot1.pdf")

Pero no mezcles los dos.

Answer 2

Está en las preguntas más frecuentes de R, necesita una print() alrededor de su llamada a ggplot() y también debe cerrar el dispositivo de trazado con dev.off() , es decir, intente

pdfFile <-c("/Users/adam/mock/dir/structure.pdf")
pdf(pdfFile)
ggplot(y=count,data=allCombined,aes(x=sequenceName,fill=factor(subClass)))
      + geom_bar()
dev.off()

Editar: estaba a la mitad de la derecha en el dev.off() , al parecer, no se necesitaba la print() . La respuesta de Gavin tiene más.

Answer 3

También puede cambiar el nombre de archivo de su diagrama en pdf dentro de ggsave si desea llamarlo de otra forma que no sea "ggplot1" o cualquier otro nombre de objeto conciso que elija; solo dale el nombre del archivo primero y luego cuéntale a qué diagrama te estás refiriendo, por ejemplo:

a <- ggplot(dat, aes(x = A, y = B)) + geom_point()
ggsave("Structure.pdf",plot=a)

Answer 4

La siguiente trama

pdf("test.pdf")  
p <- qplot(hp, mpg, data=mtcars, color=am,   
         xlab="Horsepower", ylab="Miles per Gallon", geom="point")   
p  
dev.off()

funciona en la consola pero no en una función o cuando lo fuente desde un archivo.

myfunc <- function() {  
  p <- qplot(hp, mpg, data=mtcars, color=am,   
           xlab="Horsepower", ylab="Miles per Gallon", geom="point")  
  p 
}  
pdf("test.pdf")  
myfunc()  
dev.off()  

Producirá un archivo pdf corrupto y la forma de solucionarlo usaremos

print(p) 

dentro de una función.

En una consola. "p" se imprime automáticamente pero no en una función o cuando se obtiene el archivo.