data - sum by group in r

¿Por qué resumir o mutar no funciona con group_by cuando carga `plyr` después de` dplyr`?

Question

Nota: El título de esta pregunta se ha editado para que sea la pregunta canónica para problemas cuando plyr funciones plyr enmascaran a sus contrapartes dplyr . El resto de la pregunta permanece sin cambios.

Supongamos que tengo los siguientes datos:

dfx <- data.frame(
  group = c(rep(''A'', 8), rep(''B'', 15), rep(''C'', 6)),
  sex = sample(c("M", "F"), size = 29, replace = TRUE),
  age = runif(n = 29, min = 18, max = 54)
)

Con el buen viejo plyr puedo crear una pequeña tabla que resume mis datos con el siguiente código:

require(plyr)
ddply(dfx, .(group, sex), summarize,
      mean = round(mean(age), 2),
      sd = round(sd(age), 2))

La salida se ve así:

  group sex  mean    sd
1     A   F 49.68  5.68
2     A   M 32.21  6.27
3     B   F 31.87  9.80
4     B   M 37.54  9.73
5     C   F 40.61 15.21
6     C   M 36.33 11.33

Estoy intentando mover mi código a dplyr y al operador %>% . Mi código toma DF, luego lo agrupa por grupo y sexo y luego lo resume. Es decir:

dfx %>% group_by(group, sex) %>% 
  summarise(mean = round(mean(age), 2), sd = round(sd(age), 2))

Pero mi salida es:

  mean   sd
1 35.56 9.92

¿Qué estoy haciendo mal?

Answer 1

El problema aquí es que primero está cargando dplyr y luego plyr, así que el resumen de la función de plyr es el enmascaramiento del summarise la función de dplyr. Cuando eso sucede recibes esta advertencia:

require(plyr)
    Loading required package: plyr
------------------------------------------------------------------------------------------
You have loaded plyr after dplyr - this is likely to cause problems.
If you need functions from both plyr and dplyr, please load plyr first, then dplyr:
library(plyr); library(dplyr)
------------------------------------------------------------------------------------------

Attaching package: ‘plyr’

The following objects are masked from ‘package:dplyr’:

    arrange, desc, failwith, id, mutate, summarise, summarize

Entonces, para que su código funcione, separe plyr detach detach(package:plyr) o reinicie R y cargue plyr primero y luego dplyr (o cargue solo dplyr):

library(dplyr)
dfx %>% group_by(group, sex) %>% 
  summarise(mean = round(mean(age), 2), sd = round(sd(age), 2))
Source: local data frame [6 x 4]
Groups: group

  group sex  mean    sd
1     A   F 41.51  8.24
2     A   M 32.23 11.85
3     B   F 38.79 11.93
4     B   M 31.00  7.92
5     C   F 24.97  7.46
6     C   M 36.17  9.11

O puede llamar explícitamente al resumen de dplyr en su código, por lo que se llamará a la función correcta sin importar cómo cargue los paquetes:

dfx %>% group_by(group, sex) %>% 
  dplyr::summarise(mean = round(mean(age), 2), sd = round(sd(age), 2))

Answer 2

Su código está llamando a plyr::summarise lugar de a dplyr::summarise debido al orden en el que ha cargado "plyr" y "dplyr".

Manifestación:

library(dplyr) ## I''m guessing this is the order you loaded
library(plyr)
dfx %>% group_by(group, sex) %>% 
  summarise(mean = round(mean(age), 2), sd = round(sd(age), 2))
#    mean   sd
# 1 36.88 9.76
dfx %>% group_by(group, sex) %>% 
  dplyr::summarise(mean = round(mean(age), 2), sd = round(sd(age), 2))
# Source: local data frame [6 x 4]
# Groups: group
# 
#   group sex  mean    sd
# 1     A   F 32.17  6.30
# 2     A   M 30.98  7.37
# 3     B   F 38.20  7.67
# 4     B   M 33.12 12.24
# 5     C   F 43.91 10.31
# 6     C   M 47.53  8.25