python - Cython: "error fatal: numpy/arrayobject.h: no hay tal archivo o directorio"
windows-7 (4)
Estoy tratando de acelerar la respuesta here usando Cython. Intento compilar el código (después de hacer el hack cygwinccompiler.py explicado here ), pero obtengo un fatal error: numpy/arrayobject.h: No such file or directory...compilation terminated error de fatal error: numpy/arrayobject.h: No such file or directory...compilation terminated . ¿Alguien puede decirme si es un problema con mi código, o alguna sutileza esotérica con Cython?
A continuación está mi código. Gracias por adelantado:
import numpy as np
import scipy as sp
cimport numpy as np
cimport cython
cdef inline np.ndarray[np.int, ndim=1] fbincount(np.ndarray[np.int_t, ndim=1] x):
cdef int m = np.amax(x)+1
cdef int n = x.size
cdef unsigned int i
cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] c = np.zeros(m, dtype=np.int)
for i in xrange(n):
c[<unsigned int>x[i]] += 1
return c
cdef packed struct Point:
np.float64_t f0, f1
@cython.boundscheck(False)
def sparsemaker(np.ndarray[np.float_t, ndim=2] X not None,
np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Y not None,
np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Z not None):
cdef np.ndarray[np.float64_t, ndim=1] counts, factor
cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] row, col, repeats
cdef np.ndarray[Point] indices
cdef int x_, y_
_, row = np.unique(X, return_inverse=True); x_ = _.size
_, col = np.unique(Y, return_inverse=True); y_ = _.size
indices = np.rec.fromarrays([row,col])
_, repeats = np.unique(indices, return_inverse=True)
counts = 1. / fbincount(repeats)
Z.flat *= counts.take(repeats)
return sp.sparse.csr_matrix((Z.flat,(row,col)), shape=(x_, y_)).toarray()
Respuesta simple
Una manera más simple es agregar la ruta a su archivo distutils.cfg . Su ruta de acceso de Windows 7 es por defecto C:/Python27/Lib/distutils/ . Simplemente afirma los siguientes contenidos y debería funcionar:
[build_ext]
include_dirs= C:/Python27/Lib/site-packages/numpy/core/include
Archivo de configuración completo
Para darle un ejemplo de cómo podría ser el archivo de configuración, mi archivo completo dice:
[build]
compiler = mingw32
[build_ext]
include_dirs= C:/Python27/Lib/site-packages/numpy/core/include
compiler = mingw32
El error significa que no se encuentra un archivo de encabezado numpy durante la compilación.
Intente export CFLAGS=-I/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/ y luego compilar. Este es un problema con algunos paquetes diferentes. Hay un error archivado en ArchLinux por el mismo problema: https://bugs.archlinux.org/task/22326
En su setup.py , la Extension debe tener el argumento include_dirs=[numpy.get_include()] .
Además, te está faltando np.import_array() en tu código.
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Ejemplo setup.py:
from distutils.core import setup, Extension
from Cython.Build import cythonize
import numpy
setup(
ext_modules=[
Extension("my_module", ["my_module.c"],
include_dirs=[numpy.get_include()]),
],
)
# Or, if you use cythonize() to make the ext_modules list,
# include_dirs can be passed to setup()
setup(
ext_modules=cythonize("my_module.pyx"),
include_dirs=[numpy.get_include()]
)
Para un proyecto de un solo archivo como el suyo, otra alternativa es usar pyximport . No necesita crear un setup.py ... ni siquiera necesita abrir una línea de comando si usa IPython ... todo es muy conveniente. En su caso, intente ejecutar estos comandos en IPython o en un script de Python normal:
import numpy
import pyximport
pyximport.install(setup_args={"script_args":["--compiler=mingw32"],
"include_dirs":numpy.get_include()},
reload_support=True)
import my_pyx_module
print my_pyx_module.some_function(...)
...
Es posible que deba editar el compilador, por supuesto. Esto hace que el trabajo de importación y recarga sea el mismo para los archivos .pyx , ya que funcionan para los archivos .py .