python - matriz - Teoría de gráficos en Networkx

matriz de adyacencia python

Question

Estoy empezando a usar esta interfaz ahora, tengo algo de experiencia con Python pero nada extensa. Estoy calculando la transitividad y la estructura de la comunidad de un pequeño gráfico:

import networkx as nx
G = nx.read_edgelist(data, delimiter=''-'', nodetype=str)
nx.transitivity(G)
#find modularity
part = best_partition(G)
modularity(part, G)

Obtuve la transitividad sin problemas, sin embargo, existe el siguiente error al calcular la modularidad.

NameError: name ''best_partition'' is not defined

Acabo de seguir la documentación proporcionada por el sitio de networkx, ¿hay algo que estoy haciendo mal?

Answer 1

Acabo de encontrar el mismo error NameError: name ''best_partition'' is not defined cuando se utiliza este código de ejemplo.

Este error ocurre porque networkx.py mi archivo python como networkx.py , luego cuando ejecutamos este programa

import networkx as nx

Este programa puede importar el networkx que definimos en lugar de la biblioteca. En el programa, best_partition no está definido. Entonces este error ocurre

Tener el mismo nombre con la biblioteca no es apropiado. ¡Tal vez deberías verificar esto!

Answer 2

Por lo que puedo decir, best_partition no es parte de networkx. Parece que desea utilizar https://sites.google.com/site/findcommunities/, que puede instalar desde https://bitbucket.org/taynaud/python-louvain/src

Una vez que haya instalado la community intente este código:

import networkx as nx
import community
import matplotlib.pyplot as plt
G = nx.random_graphs.powerlaw_cluster_graph(300, 1, .4)
nx.transitivity(G)
#find modularity
part = community.best_partition(G)
mod = community.modularity(part,G)
#plot, color nodes using community structure
values = [part.get(node) for node in G.nodes()]
nx.draw_spring(G, cmap = plt.get_cmap(''jet''), node_color = values, node_size=30, with_labels=False)
plt.show()

editar: Cómo instalé la biblioteca de detección de la comunidad

ryan@palms ~/D/taynaud-python-louvain-147f09737714> pwd
/home/ryan/Downloads/taynaud-python-louvain-147f09737714
ryan@palms ~/D/taynaud-python-louvain-147f09737714> sudo python3 setup.py install