No se puede instalar el paquete R-forge usando install.packages

cran r project org rtools

Question

This question , question , is over , and over en la lista de correo de R-sig-finance , pero no creo que se haya preguntado en stackoverflow.

Dice así:

¿Dónde puedo obtener la última versión del paquete XYZ alojado en R-fragua? Intenté instalarlo con install.packages , pero esto es lo que sucedió:

> install.packages("XYZ",repos="http://r-forge.r-project.org")
Warning message: package ‘XYZ’ is not available (for R version 2.15.0)

Al buscar en el sitio web de R-forge para XYZ, veo que el paquete no pudo compilarse. Por lo tanto, no hay un enlace para descargar la fuente. ¿Hay alguna otra forma de obtener el código fuente? Una vez que obtenga el código fuente, ¿cómo puedo convertirlo en un paquete que pueda cargar con la library("XYZ") ?

Answer 1

Alternativamente, puede instalar el paquete particular desde GitHub, si tiene un repositorio en GitHub.

install.packages(''ggfortify'') , y obtuve

Mensaje de advertencia: "paquete ''ggfortify'' no está disponible (para R versión 3.3.2)"

ggfortify fue el repositorio de GitHub para el mismo paquete.

La biblioteca devtools permite instalar un paquete desde GitHub directamente con install_github(''username/repo'') .

library(devtools)
install_github(''sinhrks/ggfortify'')

Answer 2

R-Forge puede no crear un paquete por varias razones diferentes. Es posible que la documentación no se haya actualizado para reflejar los cambios recientes en el código. O bien, podría ser que algunas de las dependencias no estuvieran disponibles en tiempo de compilación.

Puede verificar el código fuente usando svn. Primero, busque el proyecto en el sitio web de R-Forge y vaya a la página de inicio del proyecto, por ejemplo, http://r-forge.r-project.org/projects/returnanalytics/ Haga clic en el enlace de SCM para acceder a una página. como este http://r-forge.r-project.org/scm/?group_id=579

Esta página le indicará el comando que debe usar para finalizar el proyecto. En este caso, obtienes

El repositorio SVN de este proyecto se puede verificar mediante el acceso anónimo con los siguientes comandos.

svn checkout svn: //svn.r-forge.r-project.org/svnroot/returnanalytics/

Si está en Windows, probablemente quiera descargar e instalar TortoiseSVN

Una vez que haya instalado TortoiseSVN, puede hacer clic con el botón derecho en una ventana del Explorador de Windows y seleccionar "Salir de SVN". En el campo "URL del repositorio:", ingrese todo excepto la parte "svn checkout" del comando que encontró en R-Forge. En este caso, debe ingresar "svn: //svn.r-forge.r-project.org/svnroot/returnanalytics/".

Cuando hace clic en Aceptar, el proyecto se descargará en el directorio actual.

Si está en un sistema similar a UNIX (o si instaló las herramientas del cliente de línea de comando cuando instaló TortoiseSVN para Windows, que no es el predeterminado), puede escribir el comando que R-forge le dio en su terminal (Terminal del sistema , no el terminal R)

svn checkout svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/returnanalytics/

Eso creará un nuevo directorio en el directorio de trabajo actual que contiene todos los archivos en el paquete. En el nivel superior de ese directorio habrá un subdirectorio llamado "pkg". Este proyecto en particular (returnanalytics) contiene más de un paquete.

ls returnanalytics/pkg
#FactorAnalytics  MPO  PApages  PerformanceAnalytics  PortfolioAnalytics

Pero algunos proyectos R-forge solo tienen un solo paquete. p.ej

svn checkout svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/random/
#Checked out revision 14.
ls random/pkg
#DESCRIPTION  inst  man  NAMESPACE  R

Ahora que tiene una copia local de todo el código, si desea poder instalar el paquete, primero debe compilarlo.

UNA PALABRA DE PRECAUCIÓN: Debido a que R-Forge no pudo construir el paquete, hay una buena probabilidad de que haya problemas con el paquete. Por lo tanto, si lo compila, puede descubrir que algunas cosas no funcionan como se esperaba. En particular, es probable que falte documentación incompleta.

Si se encuentra en un sistema similar a UNIX, el paquete se puede construir e instalar con relativa facilidad. Para un proyecto de varios paquetes como returnanalytics, si desea instalar, por ejemplo, el paquete PortfolioAnalytics, puede hacerlo de esta manera

R --vanilla CMD INSTALL --build returnanalytics/pkg/PortfolioAnalytics 

"PortfolioAnalytics" es el nombre del directorio que contiene el paquete que desea compilar / instalar. Para un proyecto de paquete único, puede compilar e instalar así

R --vanilla CMD INSTALL --build random/pkg

Si desea construir / instalar un paquete en Windows, consulte esta pregunta y siga los two links que proporcionó @JoshuaUlrich

Se puede encontrar más información en la Instalación y Administración de R , el Manual del Usuario de R-Forge y el manual de SVN .

Answer 3

Si (y solo si) tiene la cadena de herramientas adecuada para su SO, entonces esto puede tener éxito:

# First download source file to your working directory
# As an example use browser to download pkg:partykit from: 
#  http://download.r-forge.r-project.org/src/contrib/partykit_1.1-2.tar.gz
# Move to working directory
# Or in the case of returnanalytics (which is a bundle of packages):
# http://r-forge.r-project.org/R/?group_id=579 and download the tar.gz (source)
# Then in R:

install.packages( "partykit_1.1-2.tar.gz", repo=NULL, type="source")
# for the first of the ReturnAnalytics packages:
install.packages( "Dowd_0.11.tar.gz", repo=NULL, type="source")

Esta dirección debe ser "multiplataforma". No estoy seguro de que las instrucciones en la respuesta aceptada sean aplicables a Macs (OSX) . (Más tarde confirmé que "funcionan" en una Mac pero encontré el proceso más involucrado que lo que sugerí anteriormente. Resultan en un directorio que contiene los paquetes en una forma que debería tener éxito con R --vanilla CMD INSTALL --build pathToEachPackageSeparately )

Answer 4

También es posible que la versión actual del paquete que está tratando de instalar requiera una versión más nueva de R, por ejemplo, puede ver un error como:

"ERROR: esta R es la versión 2.15.0, el paquete ''PerformanceAnalytics'' requiere R> = 3.0.0"

entonces puedes intentar actualizar tu R

o, si enfrenta la misma situación conmigo, que está tratando de usar pqR (actualmente usando R versión 2.15), puede encontrar el paquete desactualizado aquí:

http://cran.at.r-project.org/src/contrib/Archive/PerformanceAnalytics/

Puede obtener aquí desde la página de paquetes de R-Forge -> "Publicación estable: Get PerformanceAnalytics 1.4.3541 desde CRAN" -> Fuentes antiguas: archivo de PerformanceAnalytics

por ejemplo, encontrará que el paquete PerformanceAnalytics versión 1.1.0 solo requiere R> = 2.14

Buena suerte