superponer - ¿Cómo trazar dendrogramas con grandes conjuntos de datos?

superponer graficas en r

Question

Estoy usando el paquete ape (Analysis of Phylogenetics and Evolution) en R que tiene funcionalidad de dibujo de dendrogramas. Utilizo los siguientes comandos para leer los datos en formato Newick y dibujar un dendrograma utilizando la función de trazado:

library("ape")

gcPhylo <-read.tree(file = "gc.tree")

plot(gcPhylo, show.node.label = TRUE)

Como el conjunto de datos es bastante grande, es imposible ver ningún detalle en los niveles más bajos del árbol. Puedo ver solo áreas negras pero sin detalles. Solo puedo ver algunos niveles desde la parte superior, y luego no hay detalles.

Me preguntaba si hay alguna capacidad de zoom de la función de trazado. Intenté limitar el área utilizando xLim y yLim, sin embargo, solo limitan el área y no hacen zoom para hacer visibles los detalles. Ya sea el zoom, o hacer visibles los detalles sin hacer zoom, resolverá mi problema.

También me agradece saber cualquier otro paquete, función o herramienta que me ayude a superar el problema.

Gracias.

Answer 1

Es posible cut un dendrograma a una altura específica y trazar los elementos:

Primero cree una agrupación usando el conjunto de datos USArrests . Luego convierta a un dendrogram :

hc <- hclust(dist(USArrests))
hcd <- as.dendrogram(hc)

A continuación, utilice cut.dendrogram para cortar a una altura específica, en este caso h=75 . Esto produce una lista de un dendrograma para el bit upper del corte y una lista de dendogramas, uno para cada branch debajo del corte:

par(mfrow=c(3,1))

plot(hcd, main="Main")
plot(cut(hcd, h=75)$upper, 
     main="Upper tree of cut at h=75")
plot(cut(hcd, h=75)$lower[[2]], 
     main="Second branch of lower tree with cut at h=75")

Answer 2

La función de cut descrita en la otra respuesta es una muy buena solución; Si desea mantener todo el árbol en una página para una investigación interactiva, también puede trazar una página grande en un PDF.

El PDF resultante se vectoriza para que pueda acercarse con su visor de PDF favorito sin pérdida de resolución.

Aquí hay un ejemplo de cómo dirigir la salida del gráfico a PDF:

# Open a PDF for plotting; units are inches by default
pdf("/path/to/a/pdf/file.pdf", width=40, height=15)

# Do some plotting
plot(gcPhylo)

# Close the PDF file''s associated graphics device (necessary to finalize the output)
dev.off()