R en MacOS Error: memoria de vector agotada(¿límite alcanzado?)

bioconductor

Question

Estoy intentando ejecutar un script R (en particular, estoy usando la función "getLineages" del paquete Bioconductor, Slingshot .

Me pregunto por qué aparece el error "memoria de vector agotada (¿límite alcanzado?)" Cuando uso esta función, ya que no parece ser la función que más memoria consume en comparación con las otras funciones de este paquete (con los datos que estoy analizando).

Entiendo que hay otras preguntas como esta en Stackoverflow, pero todos sugieren cambiar a la versión de 64 bits de R. Sin embargo, ya estoy usando esta versión. Parece que no hay otras respuestas a este problema hasta ahora, me preguntaba si alguien podría saberlo.

Los datos solo tienen un tamaño de ~ 120 mb, que es mucho menor que los 8 GB de RAM de mi computadora.

Answer 1

Para aquellos que usan Rstudio, he encontrado que la configuración de Sys.setenv(''R_MAX_VSIZE''=32000000000) , como se sugirió en varias publicaciones de StackOverflow, solo funciona en la línea de comandos, y que la configuración de ese parámetro mientras se usa Rstudio no lo impide error:

Error: vector memory exhausted (limit reached?)

Después de leer un poco más, encontré r.789695.n4.nabble.com/… hilo, que aclara el problema con Rstudio e identifica una solución, que se muestra a continuación:

Paso 1: Terminal abierta,

Paso 2:

cd ~
touch .Renviron
open .Renviron

Paso 3: Guarde lo siguiente como la primera línea de .Renviron :

R_MAX_VSIZE=100Gb 

Nota: este límite incluye memoria física y virtual; por lo tanto, la configuración de _MAX_VSIZE = 16Gb en una máquina con 16Gb de memoria física puede no evitar este error. Es posible que tenga que jugar con este parámetro, dependiendo de las especificaciones de su máquina