ggpairs color

¿hay una manera de cambiar la paleta de colores para GGally:: ggpairs usando ggplot?

Question

Me gustaría cambiar la paleta de colores para la función ggpairs . Cuando intento agregar comandos ggplot al ggplot devuelto usando getPlot , los colores no cambian.

my_pair_plot = ggpairs(dataset, color="var1")
getPlot(my_pair_plot,2,1) + scale_fill_brewer(palette = "Set2")

Intentar poner comandos ggplot directamente en la función ggpairs da como resultado un error.

ggpairs(dataset, color="var1") + scale_fill_brewer(palette = "Set2")

Answer 1

actualizar:

GGAlly se actualizó nuevamente y el hackeo en esta respuesta ya no funciona, pero finalmente hay una solución que no es hack: dada

scales <- scale_colour_brewer(type = ''qual'') %+% scale_fill_brewer(type = ''qual'')

Usted puede hacer (con suerte, a prueba de futuro)

for (row in seq_len(ps$nrow))
for (col in seq_len(ps$ncol))
ps[row, col] <- ps[row, col] + scales

vieja forma

El truco en la otra respuesta ya no funciona, ¡así que vamos a piratear uno nuevo!

La estructura interna de un objeto ggpairs es el conjunto de datos y una lista de cadenas:

> dta <- data.frame(a=1:6, b=7:12, c=c(''f'', ''g''))
> ps <- ggpairs(dta, 1:2, colour = ''c'')
> str(ps)
List of 10
$ data :''data.frame'': 2 obs. of 3 variables:
..$ a: int [1:2] 1 2
..$ b: int [1:2] 3 4
..$ c: int [1:2] 5 6
$ columns : int [1:3] 1 2 3
$ plots :List of 9
..$ : chr "ggally_densityDiag(ggally_data, ggplot2::aes(x = a, colour = c))"
..$ : chr "ggally_cor(ggally_data, ggplot2::aes(x = b, y = a, colour = c))"
[...]
$ gg : NULL
- attr(*, "class")= chr [1:2] "gg" "ggpairs"
> ps

Para modificar la trama, las cadenas respectivas en el objeto de la parcela deben modificarse para incluir el comando adicional. Para esto, usamos deparse(substitute(argument)) para obtener una cadena que contiene el código que el usuario pasó, y lo agregamos a cada llamada de la trama:

add_to_plots <- function(pairs, modification) {
str <- deparse(substitute(modification))
pairs$plots <- lapply(pairs$plots, function(s) paste(s, ''+'', str))
pairs
}
> add_to_plots(ps, scale_colour_brewer(type = ''qual''))

Answer 2

Resulta que, esto es posible! Requiere buscar el código fuente, pero la solución surge con bastante facilidad. Estamos interesados ​​en la función ggpairs , por lo que el primer paso es simplemente

ggpairs

Vamos a ver si podemos encontrar algún mapeo aes para rellenar o colorear. En efecto,

combo_aes <- addAndOverwriteAes(aes_string(x = xColName,
y = yColName, ...), section_aes)

Esperemos que haga lo que dice. Dos notas importantes:

• el color y el relleno deben estar contenidos en los puntos suspensivos para la llamada ggpairs

• se utiliza aes_string()

Probemos esto:

ggpairs(diamonds[, 1:2], colour=''cut'')

¡Excelente, ya casi llegamos! Solo tenemos que anular la paleta de colores. Ten en cuenta que algo como lo propones

ggpairs(diamonds[, 1:2], colour=''cut'') + scale_fill_brewer(palette = "Set2")

no funcionará porque el objeto ggpairs no es un ggplot, por lo que la notación + no es directamente aplicable de ninguna manera. Sin embargo, la solución simple se proporciona here . Cruza los dedos, y ...

ggplot <- function(...) ggplot2::ggplot(...) + scale_fill_brewer(palette="Set2")
ggpairs(diamonds[, 1:2], colour=''cut'')