python - tipo - Columna de listas de pandas, cree una fila para cada elemento de la lista
seleccionar filas y columnas en python (9)
Tengo un marco de datos donde algunas celdas contienen listas de múltiples valores. En lugar de almacenar múltiples valores en una celda, me gustaría expandir el marco de datos para que cada elemento de la lista obtenga su propia fila (con los mismos valores en todas las demás columnas). Entonces si tengo:
import pandas as pd
import numpy as np
df = pd.DataFrame(
{''trial_num'': [1, 2, 3, 1, 2, 3],
''subject'': [1, 1, 1, 2, 2, 2],
''samples'': [list(np.random.randn(3).round(2)) for i in range(6)]
}
)
df
Out[10]:
samples subject trial_num
0 [0.57, -0.83, 1.44] 1 1
1 [-0.01, 1.13, 0.36] 1 2
2 [1.18, -1.46, -0.94] 1 3
3 [-0.08, -4.22, -2.05] 2 1
4 [0.72, 0.79, 0.53] 2 2
5 [0.4, -0.32, -0.13] 2 3
¿Cómo puedo convertir a formato largo, por ejemplo:
subject trial_num sample sample_num
0 1 1 0.57 0
1 1 1 -0.83 1
2 1 1 1.44 2
3 1 2 -0.01 0
4 1 2 1.13 1
5 1 2 0.36 2
6 1 3 1.18 0
# etc.
El índice no es importante, está bien establecer columnas existentes como índice y el orden final no es importante.
Pandas> = 0.25
Los métodos Series y DataFrame definen un método df.explode(''samples'') que explota las listas en filas separadas. Consulte la sección de documentos sobre Desglosar una columna tipo lista .
>>> objs = [df, pd.DataFrame(df[''samples''].tolist())]
>>> pd.concat(objs, axis=1).drop(''samples'', axis=1)
subject trial_num 0 1 2
0 1 1 -0.49 -1.00 0.44
1 1 2 -0.28 1.48 2.01
2 1 3 -0.52 -1.84 0.02
3 2 1 1.23 -1.36 -1.06
4 2 2 0.54 0.18 0.51
5 2 3 -2.18 -0.13 -1.35
>>> pd.melt(_, var_name=''sample_num'', value_name=''sample'',
... value_vars=[0, 1, 2], id_vars=[''subject'', ''trial_num''])
subject trial_num sample_num sample
0 1 1 0 -0.49
1 1 2 0 -0.28
2 1 3 0 -0.52
3 2 1 0 1.23
4 2 2 0 0.54
5 2 3 0 -2.18
6 1 1 1 -1.00
7 1 2 1 1.48
8 1 3 1 -1.84
9 2 1 1 -1.36
10 2 2 1 0.18
11 2 3 1 -0.13
12 1 1 2 0.44
13 1 2 2 2.01
14 1 3 2 0.02
15 2 1 2 -1.06
16 2 2 2 0.51
17 2 3 2 -1.35
Tenga en cuenta que esto también maneja columnas mixtas de listas y escalares, así como listas vacías y NaN de manera adecuada (esto es un inconveniente de las soluciones basadas en
repeat
).
Sin embargo, debe tener en cuenta que
explode
solo funciona en una sola columna
(por ahora).
PD: si está buscando explotar una columna de
cadenas
, primero debe dividir en un separador, luego usar
explode
.
Vea esta (muy)
respuesta relacionada por mí.
Encontré que la forma más fácil era:
-
Convierta la columna de
samplesen un DataFrame - Unirse con el df original
- Derritiendo
Mostrado aquí:
df.samples.apply(lambda x: pd.Series(x)).join(df)./
melt([''subject'',''trial_num''],[0,1,2],var_name=''sample'')
subject trial_num sample value
0 1 1 0 -0.24
1 1 2 0 0.14
2 1 3 0 -0.67
3 2 1 0 -1.52
4 2 2 0 -0.00
5 2 3 0 -1.73
6 1 1 1 -0.70
7 1 2 1 -0.70
8 1 3 1 -0.29
9 2 1 1 -0.70
10 2 2 1 -0.72
11 2 3 1 1.30
12 1 1 2 -0.55
13 1 2 2 0.10
14 1 3 2 -0.44
15 2 1 2 0.13
16 2 2 2 -1.44
17 2 3 2 0.73
Vale la pena señalar que esto puede haber funcionado solo porque cada ensayo tiene el mismo número de muestras (3). Puede ser necesario algo más inteligente para los ensayos de diferentes tamaños de muestra.
Para aquellos que buscan una versión de la respuesta de Roman Pekar que evite el nombramiento manual de columnas:
column_to_explode = ''samples''
res = (df
.set_index([x for x in df.columns if x != column_to_explode])[column_to_explode]
.apply(pd.Series)
.stack()
.reset_index())
res = res.rename(columns={
res.columns[-2]:''exploded_{}_index''.format(column_to_explode),
res.columns[-1]: ''{}_exploded''.format(column_to_explode)})
Respuesta muy tardía pero quiero agregar esto:
Una solución rápida que utiliza Python vainilla que también se encarga de la columna
sample_num
en el ejemplo de OP.
En mi propio gran conjunto de datos con más de 10 millones de filas y un resultado con 28 millones de filas, esto solo lleva unos 38 segundos.
La solución aceptada se descompone por completo con esa cantidad de datos y conduce a un
memory error
en mi sistema que tiene 128 GB de RAM.
df = df.reset_index(drop=True)
lstcol = df.lstcol.values
lstcollist = []
indexlist = []
countlist = []
for ii in range(len(lstcol)):
lstcollist.extend(lstcol[ii])
indexlist.extend([ii]*len(lstcol[ii]))
countlist.extend([jj for jj in range(len(lstcol[ii]))])
df = pd.merge(df.drop("lstcol",axis=1),pd.DataFrame({"lstcol":lstcollist,"lstcol_num":countlist},
index=indexlist),left_index=True,right_index=True).reset_index(drop=True)
También puede usar
pd.concat
y
pd.melt
para esto:
df = pd.DataFrame({
''var1'': [[''a'', ''b'', ''c''], [''d'', ''e'',], [], np.nan],
''var2'': [1, 2, 3, 4]
})
df
var1 var2
0 [a, b, c] 1
1 [d, e] 2
2 [] 3
3 NaN 4
df.explode(''var1'')
var1 var2
0 a 1
0 b 1
0 c 1
1 d 2
1 e 2
2 NaN 3 # empty list converted to NaN
3 NaN 4 # NaN entry preserved as-is
# to reset the index to be monotonically increasing...
df.explode(''var1'').reset_index(drop=True)
var1 var2
0 a 1
1 b 1
2 c 1
3 d 2
4 e 2
5 NaN 3
6 NaN 4
Por último, si lo necesita, puede ordenar la base de las primeras tres primeras columnas.
Tratando de trabajar paso a paso a través de la solución de Roman Pekar para comprenderla mejor, se me ocurrió mi propia solución, que utiliza la
melt
para evitar algunos de los confusos apilamientos y restablecimientos de índices.
Sin embargo, no puedo decir que obviamente sea una solución más clara:
items_as_cols = df.apply(lambda x: pd.Series(x[''samples'']), axis=1)
# Keep original df index as a column so it''s retained after melt
items_as_cols[''orig_index''] = items_as_cols.index
melted_items = pd.melt(items_as_cols, id_vars=''orig_index'',
var_name=''sample_num'', value_name=''sample'')
melted_items.set_index(''orig_index'', inplace=True)
df.merge(melted_items, left_index=True, right_index=True)
Salida (obviamente, podemos soltar la columna de muestras originales ahora):
samples subject trial_num sample_num sample
0 [1.84, 1.05, -0.66] 1 1 0 1.84
0 [1.84, 1.05, -0.66] 1 1 1 1.05
0 [1.84, 1.05, -0.66] 1 1 2 -0.66
1 [-0.24, -0.9, 0.65] 1 2 0 -0.24
1 [-0.24, -0.9, 0.65] 1 2 1 -0.90
1 [-0.24, -0.9, 0.65] 1 2 2 0.65
2 [1.15, -0.87, -1.1] 1 3 0 1.15
2 [1.15, -0.87, -1.1] 1 3 1 -0.87
2 [1.15, -0.87, -1.1] 1 3 2 -1.10
3 [-0.8, -0.62, -0.68] 2 1 0 -0.80
3 [-0.8, -0.62, -0.68] 2 1 1 -0.62
3 [-0.8, -0.62, -0.68] 2 1 2 -0.68
4 [0.91, -0.47, 1.43] 2 2 0 0.91
4 [0.91, -0.47, 1.43] 2 2 1 -0.47
4 [0.91, -0.47, 1.43] 2 2 2 1.43
5 [-1.14, -0.24, -0.91] 2 3 0 -1.14
5 [-1.14, -0.24, -0.91] 2 3 1 -0.24
5 [-1.14, -0.24, -0.91] 2 3 2 -0.91
Un poco más de lo que esperaba:
>>> df
samples subject trial_num
0 [-0.07, -2.9, -2.44] 1 1
1 [-1.52, -0.35, 0.1] 1 2
2 [-0.17, 0.57, -0.65] 1 3
3 [-0.82, -1.06, 0.47] 2 1
4 [0.79, 1.35, -0.09] 2 2
5 [1.17, 1.14, -1.79] 2 3
>>>
>>> s = df.apply(lambda x: pd.Series(x[''samples'']),axis=1).stack().reset_index(level=1, drop=True)
>>> s.name = ''sample''
>>>
>>> df.drop(''samples'', axis=1).join(s)
subject trial_num sample
0 1 1 -0.07
0 1 1 -2.90
0 1 1 -2.44
1 1 2 -1.52
1 1 2 -0.35
1 1 2 0.10
2 1 3 -0.17
2 1 3 0.57
2 1 3 -0.65
3 2 1 -0.82
3 2 1 -1.06
3 2 1 0.47
4 2 2 0.79
4 2 2 1.35
4 2 2 -0.09
5 2 3 1.17
5 2 3 1.14
5 2 3 -1.79
Si desea un índice secuencial, puede aplicar
reset_index(drop=True)
al resultado.
actualización :
>>> res = df.set_index([''subject'', ''trial_num''])[''samples''].apply(pd.Series).stack()
>>> res = res.reset_index()
>>> res.columns = [''subject'',''trial_num'',''sample_num'',''sample'']
>>> res
subject trial_num sample_num sample
0 1 1 0 1.89
1 1 1 1 -2.92
2 1 1 2 0.34
3 1 2 0 0.85
4 1 2 1 0.24
5 1 2 2 0.72
6 1 3 0 -0.96
7 1 3 1 -2.72
8 1 3 2 -0.11
9 2 1 0 -1.33
10 2 1 1 3.13
11 2 1 2 -0.65
12 2 2 0 0.10
13 2 2 1 0.65
14 2 2 2 0.15
15 2 3 0 0.64
16 2 3 1 -0.10
17 2 3 2 -0.76
import pandas as pd
df = pd.DataFrame([{''Product'': ''Coke'', ''Prices'': [100,123,101,105,99,94,98]},{''Product'': ''Pepsi'', ''Prices'': [101,104,104,101,99,99,99]}])
print(df)
df = df.assign(Prices=df.Prices.str.split('','')).explode(''Prices'')
print(df)
Prueba esto en pandas> = versión 0.25
lst_col = ''samples''
r = pd.DataFrame({
col:np.repeat(df[col].values, df[lst_col].str.len())
for col in df.columns.drop(lst_col)}
).assign(**{lst_col:np.concatenate(df[lst_col].values)})[df.columns]
Resultado:
In [103]: r
Out[103]:
samples subject trial_num
0 0.10 1 1
1 -0.20 1 1
2 0.05 1 1
3 0.25 1 2
4 1.32 1 2
5 -0.17 1 2
6 0.64 1 3
7 -0.22 1 3
8 -0.71 1 3
9 -0.03 2 1
10 -0.65 2 1
11 0.76 2 1
12 1.77 2 2
13 0.89 2 2
14 0.65 2 2
15 -0.98 2 3
16 0.65 2 3
17 -0.30 2 3
PD: aquí puede encontrar una solución un poco más genérica
ACTUALIZACIÓN: algunas explicaciones: en mi opinión, la forma más fácil de entender este código es intentar ejecutarlo paso a paso:
en la siguiente línea estamos repitiendo valores en una columna
N
veces donde
N
- es la longitud de la lista correspondiente:
In [10]: np.repeat(df[''trial_num''].values, df[lst_col].str.len())
Out[10]: array([1, 1, 1, 2, 2, 2, 3, 3, 3, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 3, 3, 3], dtype=int64)
Esto se puede generalizar para todas las columnas, que contienen valores escalares:
In [11]: pd.DataFrame({
...: col:np.repeat(df[col].values, df[lst_col].str.len())
...: for col in df.columns.drop(lst_col)}
...: )
Out[11]:
trial_num subject
0 1 1
1 1 1
2 1 1
3 2 1
4 2 1
5 2 1
6 3 1
.. ... ...
11 1 2
12 2 2
13 2 2
14 2 2
15 3 2
16 3 2
17 3 2
[18 rows x 2 columns]
usando
np.concatenate()
podemos aplanar todos los valores en la columna de la
list
(
samples
) y obtener un vector 1D:
In [12]: np.concatenate(df[lst_col].values)
Out[12]: array([-1.04, -0.58, -1.32, 0.82, -0.59, -0.34, 0.25, 2.09, 0.12, 0.83, -0.88, 0.68, 0.55, -0.56, 0.65, -0.04, 0.36, -0.31])
poniendo todo esto junto:
In [13]: pd.DataFrame({
...: col:np.repeat(df[col].values, df[lst_col].str.len())
...: for col in df.columns.drop(lst_col)}
...: ).assign(**{lst_col:np.concatenate(df[lst_col].values)})
Out[13]:
trial_num subject samples
0 1 1 -1.04
1 1 1 -0.58
2 1 1 -1.32
3 2 1 0.82
4 2 1 -0.59
5 2 1 -0.34
6 3 1 0.25
.. ... ... ...
11 1 2 0.68
12 2 2 0.55
13 2 2 -0.56
14 2 2 0.65
15 3 2 -0.04
16 3 2 0.36
17 3 2 -0.31
[18 rows x 3 columns]
El uso de
pd.DataFrame()[df.columns]
garantizará que estamos seleccionando columnas en el orden original ...