superponer - separar todos los paquetes mientras trabaja en R

superponer graficas en r

Question

Mientras trabajaba para resolver otro problema, tuve este problema:

Puedo eliminar todos los objetos R por:

rm(list = ls(all = TRUE))

¿Hay un comando equivalente que pueda separar los paquetes instalados durante la sesión de trabajo?

> sessionInfo()
R version 2.12.2 (2011-02-25)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base 

require (ggplot2)

Loading required package: ggplot2
Loading required package: reshape
Loading required package: plyr

Attaching package: ''reshape''

The following object(s) are masked from ''package:plyr'':

    round_any

Loading required package: grid
Loading required package: proto

sessionInfo ()

R version 2.12.2 (2011-02-25)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[8] base     

other attached packages:
[1] ggplot2_0.8.9 proto_0.3-9.1 reshape_0.8.4 plyr_1.4 

Intenté de esta manera, aunque incluso funcionó no en una solución global:

pkg <- c("package:ggplot2_0.8.9", "package:proto_0.3-9.1", "package:reshape_0.8.4",  "package:plyr_1.4")

 detach(pkg, character.only = TRUE)

Error in detach(pkg, character.only = TRUE) : invalid ''name'' argument
In addition: Warning message:
In if (is.na(pos)) stop("invalid ''name'' argument") :
  the condition has length > 1 and only the first element will be used

Lo que estoy buscando es algo global como:

  rm(list = ls(all = TRUE))

para objetos, espera que no elimine los paquetes base adjuntos

Gracias;

Answer 1

nothing

Puede valer la pena agregar la solución puesta a disposición por Romain François . Cuando cargue el paquete, nothing , que actualmente está disponible en nothing , descargará todos los paquetes cargados; como en el ejemplo que Romain proporciona:

loadedNamespaces()
[1] "base"      "datasets"  "grDevices" "graphics"  "methods"   "stats"
[7] "utils"

require(nothing, quietly = TRUE)

loadedNamespaces()
[1] "base"

Instalación

Con el uso del paquete devtools :

devtools::install_github("romainfrancois/nothing")

pacman

Un enfoque alternativo utiliza el paquete pacman disponible a través de CRAN:

pacman::p_unload(pacman::p_loaded(), character.only = TRUE)

Answer 2

Basándose en la respuesta de Gavin pero no del todo en una función completa, sería esta secuencia:

sess.pkgs <- function (package = NULL) 
{   z <- list()
       if (is.null(package)) {
        package <- grep("^package:", search(), value = TRUE)
        keep <- sapply(package, function(x) x == "package:base" || 
            !is.null(attr(as.environment(x), "path")))
        package <- sub("^package:", "", package[keep])
    }
    pkgDesc <- lapply(package, packageDescription)
    if (length(package) == 0) 
        stop("no valid packages were specified")
    basePkgs <- sapply(pkgDesc, function(x) !is.null(x$Priority) && 
        x$Priority == "base")
    z$basePkgs <- package[basePkgs]
    if (any(!basePkgs)) {
        z$otherPkgs <-  package[!basePkgs]
    }
    z
}

lapply(paste("package:",sess.pkgs()$otherPkgs, sep=""), detach, 
                             character.only = TRUE, unload = TRUE)

Answer 3

Entonces, alguien debería simplemente haber respondido lo siguiente.

lapply(paste(''package:'',names(sessionInfo()$otherPkgs),sep=""),detach,character.only=TRUE,unload=TRUE)

Answer 4

Estabas cerca. Tenga en cuenta qué ?detach tiene que decir sobre el name del primer argumento de detach() :

Argumentos:

name: The object to detach.  Defaults to ‘search()[pos]’.  This can
      be an unquoted name or a character string but _not_ a
      character vector.  If a number is supplied this is taken as
      ‘pos’.

Por lo tanto, necesitamos llamar repetidamente a detach() una vez por elemento de pkg . Hay otros argumentos que debemos especificar para que esto funcione. El primero es character.only = TRUE , que permite a la función asumir que el name es una cadena de caracteres; no funcionará sin ella. En segundo lugar, también es probable que deseamos descargar cualquier espacio de nombre asociado. Esto se puede lograr estableciendo la unload = TRUE . Entonces la solución es, por ejemplo:

pkg <- c("package:vegan","package:permute")
lapply(pkg, detach, character.only = TRUE, unload = TRUE)

Aquí hay un ejemplo completo:

> require(vegan)
Loading required package: vegan
Loading required package: permute
This is vegan 2.0-0
> sessionInfo()
R version 2.13.1 Patched (2011-09-13 r57007)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_GB.utf8       LC_NUMERIC=C             
 [3] LC_TIME=en_GB.utf8        LC_COLLATE=en_GB.utf8    
 [5] LC_MONETARY=C             LC_MESSAGES=en_GB.utf8   
 [7] LC_PAPER=en_GB.utf8       LC_NAME=C                
 [9] LC_ADDRESS=C              LC_TELEPHONE=C           
[11] LC_MEASUREMENT=en_GB.utf8 LC_IDENTIFICATION=C      

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[7] base     

other attached packages:
[1] vegan_2.0-0   permute_0.7-0

loaded via a namespace (and not attached):
[1] grid_2.13.1     lattice_0.19-33 tools_2.13.1   
> pkg <- c("package:vegan","package:permute")
> lapply(pkg, detach, character.only = TRUE, unload = TRUE)
[[1]]
NULL

[[2]]
NULL

> sessionInfo()
R version 2.13.1 Patched (2011-09-13 r57007)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_GB.utf8       LC_NUMERIC=C             
 [3] LC_TIME=en_GB.utf8        LC_COLLATE=en_GB.utf8    
 [5] LC_MONETARY=C             LC_MESSAGES=en_GB.utf8   
 [7] LC_PAPER=en_GB.utf8       LC_NAME=C                
 [9] LC_ADDRESS=C              LC_TELEPHONE=C           
[11] LC_MEASUREMENT=en_GB.utf8 LC_IDENTIFICATION=C      

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[7] base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] grid_2.13.1     lattice_0.19-33 tools_2.13.1

Si desea convertir esto en una función, estudie el código en sessionInfo() para ver cómo identifica lo que etiqueta como "otros paquetes adjuntos:". Combina ese fragmento de código con la idea anterior en una sola función y estarás en casa y en seco. Sin embargo, te dejo eso.

Answer 5

La mayoría de las veces es el problema plyr vs dplyr . Use esto al comienzo del código:

detach("package:plyr", unload=TRUE)

Entonces, cada vez que se ejecuta el script, se borra el paquete plyr

Answer 6

Por favor intente esto:

detachAllPackages <- function() {

  basic.packages <- c("package:stats","package:graphics","package:grDevices","package:utils","package:datasets","package:methods","package:base")

  package.list <- search()[ifelse(unlist(gregexpr("package:",search()))==1,TRUE,FALSE)]

  package.list <- setdiff(package.list,basic.packages)

  if (length(package.list)>0)  for (package in package.list) detach(package, character.only=TRUE)

}

detachAllPackages()

Answer 7

o si tiene RStudio, simplemente desmarque todas las casillas marcadas en la pestaña Paquetes para separar