instalar - numpy python linux

¿Cómo verificar el enlace blas/lapack en numpy/scipy?

Question

Estoy construyendo mi entorno numpy / scipy basado en blas y lapack más o menos en función de this paseo.

Cuando termine, ¿cómo puedo comprobar que mis funciones numpy / scipy realmente usan las funcionalidades blas / lapack previamente creadas?

Answer 1

Como usa las versiones cargadas dinámicamente, puedes hacer esto:

$ ldd anyoftheCmodules.so

donde anyoftheCmodules.so podría ser, por ejemplo, numpy/core/_dotblas.so , que enlaza con libblas.so .

Answer 2

El método numpy.__config__.show() genera información sobre enlaces recopilados en tiempo de compilación. Mi salida se ve así. Creo que significa que estoy usando BLAS / LAPACK que viene con Mac OS.

>>>import numpy as np
>>>np.__config__.show()

lapack_opt_info:
    extra_link_args = [''-Wl,-framework'', ''-Wl,Accelerate'']
    extra_compile_args = [''-msse3'']
    define_macros = [(''NO_ATLAS_INFO'', 3)]
blas_opt_info:
    extra_link_args = [''-Wl,-framework'', ''-Wl,Accelerate'']
    extra_compile_args = [''-msse3'', ''-I/System/Library/Frameworks/vecLib.framework/Headers'']
    define_macros = [(''NO_ATLAS_INFO'', 3)]

Answer 3

Lo que estás buscando es esto: información del sistema

Compilé numpy / scipy con atlas y puedo verificar esto con:

import numpy.distutils.system_info as sysinfo
sysinfo.get_info(''atlas'')

Verifique la documentación para más comandos.

Answer 4

Puede usar la herramienta de dependencia del cargador de enlaces para observar los componentes de enlace de nivel C de su compilación y ver si tienen dependencias externas en su blas y lapack de su elección. No estoy cerca de una caja de linux en este momento, pero en una máquina OS X puedes hacer esto dentro del directorio site-packages que contiene las instalaciones:

$ otool -L numpy/core/_dotblas.so 
numpy/core/_dotblas.so:
    /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Accelerate (compatibility version 1.0.0, current version 4.0.0)
    /usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 125.2.0)
    /System/Library/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/vecLib (compatibility version 1.0.0, current version 268.0.1)

$ otool -L scipy/linalg/flapack.so 
scipy/linalg/flapack.so (architecture i386):
    /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Accelerate (compatibility version 1.0.0, current version 4.0.0)
    /usr/local/lib/libgcc_s.1.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1.0.0)
    /usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 111.1.4)
    /System/Library/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/vecLib (compatibility version 1.0.0, current version 242.0.0)
scipy/linalg/flapack.so (architecture ppc):
    /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Accelerate (compatibility version 1.0.0, current version 4.0.0)
    /usr/local/lib/libgcc_s.1.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1.0.0)
    /usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 111.1.4)

$ otool -L scipy/linalg/fblas.so 
scipy/linalg/fblas.so (architecture i386):
    /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Accelerate (compatibility version 1.0.0, current version 4.0.0)
    /usr/local/lib/libgcc_s.1.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1.0.0)
    /usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 111.1.4)
    /System/Library/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/vecLib (compatibility version 1.0.0, current version 242.0.0)
scipy/linalg/fblas.so (architecture ppc):
    /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Accelerate (compatibility version 1.0.0, current version 4.0.0)
    /usr/local/lib/libgcc_s.1.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1.0.0)
    /usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 111.1.4)

sustituya ldd en lugar de otool en un sistema gnu / Linux y debe obtener las respuestas que necesita.