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En RStudio/RMarkdown, ¿cómo setwd?

Question

setwd en un archivo Rmd en RStudio no parece cambiar el directorio en fragmentos posteriores. ¿Hay una manera de establecer el directorio de trabajo para siempre?

Ejemplo:

```{r}
setwd("/tmp")
getwd()
```

```{r}
getwd()
```

Salida:

setwd("/tmp")
getwd()
## [1] "/private/tmp"

getwd()
## [1] "/Users/me/src"

Esto está en Mac OS 10.8.5 usando RStudio 0.97.551, R versión 3.0.2 y knitr versión 1.5.

Deseo configurar el directorio una vez para todos los trozos posteriores.

Answer 1

Vea el github.com/yihui/knitr/issues/277#issuecomment-6528846 y para más información, los comentarios del autor del paquete aquí

Lo que estás buscando es la opción del fragmento root.dir .

Lo siguiente establecerá el directorio raíz para este (y los siguientes) fragmentos de código

```{r setup}
opts_chunk$set(root.dir = ''/tmp'')
```

EDITAR: RStudio 1.0.44

a partir de la última versión de RStudio (octubre / noviembre de 2016), se necesita el siguiente fragmento de código para el valor predeterminado de Knitr:

```{r setup}
knitr::opts_knit$set(root.dir = ''/tmp'')
```

Vea el comentario de Etienne sobre las versiones a continuación.