funcion - xtable in r markdown

R package xtable, cómo crear un latextable con varias filas y columnas de R

Question

Mi objetivo es crear latextable con características de varias filas / varias columnas de R. El latextable que quiero debería tener este aspecto

               colLabel  |  colLabel2
                         |
                 a1  a2  |   a3    a4  
 -------------------------------------
             b1  1    2  |   5     6
 rowLabel1               |
             b2  3    4  |   7     8
 --------------------------------------
             b3  9   10  |   13    14
 rowLabel2               |
             b4  11  12  |   15    16
 --------------------------------------

Actualmente estoy usando xtable pero no puedo entender cómo crear múltiples filas con este paquete. ¿Alguien podría decirme cómo crear tal tabla?

Gracias de antemano

Answer 1

Aquí hay una manera de hacer esto con el paquete huxtable (soy el autor):

library(huxtable)
mydf <- data.frame(rowFactor1 = sample(letters[1:2], 100, replace = TRUE), 
  colFactor1 = sample(LETTERS[1:2], 100, replace = TRUE), 
  x = rnorm(100), 
  rowFactor2 = sample(1:2, 100, replace = TRUE), 
  colFactor2 = sample(1:2, 100, replace = TRUE))

tbl <- ftable(colFactor1 + colFactor2  ~ rowFactor1 + rowFactor2, data = mydf)
ht <- as_hux(tbl)

rowspan(ht)[c(4, 6), "V1"] <- 2 # these cells span 2 rows
colspan(ht)[1, c(4, 6)] <- 2    # these cells span 2 columns

ht[3, 1:2] <- '''' # clean up some extraneous colum names
ht[1:2, 3] <- ''''

right_border(ht)[,3] <- 1
bottom_border(ht)[c(2, 5, 7), ] <- 1
bottom_border(ht)[c(4,6), 1] <- 1
ht

Cuando se imprime en LaTeX, esto parece:

Answer 2

Considere el paquete kableExtra .

/documentclass{article}
/usepackage{booktabs}
/usepackage{multirow}
/usepackage[table]{xcolor}
/begin{document}

<<setup, include=FALSE>>=
library(knitr)
opts_chunk$set(echo=FALSE)
library(kableExtra)
options(knitr.table.format = "latex")
dat <- data.frame(
  group = c("rowLabel1", "rowLabel1", "rowLabel2", "rowLabel2"),
  a1 = c(1, 3, 9, 11),
  a2 = c(2, 4, 10, 12), 
  a3 = c(5, 7, 13, 15),
  a4 = c(6, 8, 14, 16)
)
@

<<results=''asis''>>=
kable(dat, booktabs = TRUE, caption = "My  table", escape = FALSE) %>% 
  add_header_above(c(" ", "colLabel1"=2, "colLabel2"=2)) %>% 
  kable_styling(latex_options = "hold_position") %>%
  column_spec(1, bold=TRUE) %>%
  collapse_rows(columns = 1)
@

/end{document}

Answer 3

No puedo ayudar con los encabezados de columna, pero para los valores de varias filas en el pasado he hecho trampa. La siguiente función establecerá el segundo y subsiguientes conjuntos del mismo valor en NA, y xtable luego no los mostrará, por lo que obtendrá algo que se parece vagamente a un valor de varias filas (con la máxima justificación)

cleanf <- function(x){     
    oldx <- c(FALSE, x[-1]==x[-length(x)])  
    # is the value equal to the previous?    
    res <- x
    res[oldx] <- NA
    return(res)} 

Answer 4

Solo me gustaría señalar una combinación de la entrada de bloqueo de Christoph (here) y la respuesta de Gabor en la lista de correo R (here) trabaja con el paquete xtable . Además, esta solución es capaz de fusionar celdas de la forma /multirow .

Aquí viene un MWE :

require(xtable)

# set up data frame
df <- data.frame(c(replicate(2, c("L1")), replicate(2, c("L2"))),
                 replicate(4, "b"),
                 replicate(4, runif(4, 1, 10)) )

# only needed if first column consists of numbers
df[[1]] <- as.character(df[[1]])

rle.lengths <- rle(df[[1]])$lengths
first <- !duplicated(df[[1]])
df[[1]][!first] <- ""

# define appearance of /multirow
df[[1]][first] <-
   paste0("//midrule//multirow{", rle.lengths, "}{*}{//textbf{", df[[1]][first], "}}")

strCaption <- paste0("//textbf{Table Whatever} This table is just produced with some ",
                     "random data and does not mean anything. Just to show you how ",
                     "things work.")

# set up xtable output
print(xtable(df, digits = c(0, 0, 0, 3, 1, 0, 6), # first zero "represents" row numbers which we skip later
             align = "lllrr|rr",  # align and put a vertical line (first "l" again represents column of row numbers)
             caption = strCaption, label = "testTable"),
      size = "footnotesize", #Change size; useful for bigger tables "normalsize" "footnotesize"
      include.rownames = FALSE, #Don''t print rownames
      include.colnames = FALSE, #We create them ourselves
      caption.placement = "top", #"top", NULL
      hline.after=NULL, #We don''t need hline; we use booktabs
      floating=TRUE, # whether /begin{Table} should be created (TRUE) or not (FALSE)
      sanitize.text.function = force, # Important to treat content of first column as latex function
      add.to.row = list(pos = list(-1,
                                   2,
                                   nrow(df)),
                        command = c(paste("//toprule /n",  # NEW row
                                          "//multicolumn{2}{c}{} & //multicolumn{2}{c}{//textbf{colLabel1}} & //multicolumn{2}{c}{colLabel2} /////n",
                                          "//cmidrule(l){3-4} //cmidrule(l){5-6}/n",
                                          " & & a1 & a2 & a3 & a4 /////n", # NEW row 
                                          "//midrule /n"
                                          ),
                                    paste("//cmidrule(l){3-4} //cmidrule(l){5-6}/n" # we may also use ''pos'' and ''command'' to add a midrule
                                          ),
                                    paste("//bottomrule /n"  # paste is used as it is more flexible regarding adding lines
                                          )
                                    )
                        )
      )

Lo que teje la siguiente tabla en LaTeX:

Answer 5

Tendrá que ser más específico acerca de qué es exactamente lo que está tratando de tabular, pero creo que la función tabular del paquete de tables podría ser útil.

Este es un ejemplo de la tabulación de las medias de una variable de acuerdo con 4 variables de factores binarios:

mydf <- data.frame(rowFactor1 = sample(letters[1:2], 100, replace = TRUE), 
                colFactor1 = sample(LETTERS[1:2], 100, replace = TRUE), 
                x = rnorm(100), 
                rowFactor2 = sample(1:2, 100, replace = TRUE), 
                colFactor2 = sample(1:2, 100, replace = TRUE))

tab1 <- tabular(Heading()*RowFactor(rowFactor2, spacing = 1, 
                        levelnames = c("rowLabel1", "rowLabel2"))*
                Heading()*RowFactor(rowFactor1, 
                        levelnames = c("b1", "b2")) ~ 
                Heading()*Factor(colFactor2, 
                        levelnames = c("colLabel1", "colLabel2") )*
                Heading()*Factor(colFactor1, 
                        levelnames = c("a1", "a2"))*
                Heading()*(x)*Heading()*(mean), 
        data = mydf)

lo que le da algo como esto, pero bien formado cuando se utiliza la salida de látex

                                                                colLabel1         colLabel2        
                                                                a1        a2      a1        a2     
 //nopagebreak rowLabel1                       //nopagebreak b1 -0.1450    0.2633  0.91454   0.1222
                                               //nopagebreak b2 -0.1499   -0.4290 -0.09706  -0.6977
 //rule{0pt}{1.7//normalbaselineskip}rowLabel2 //nopagebreak b1  0.6976   -0.4888 -0.68492   1.6764
                                               //nopagebreak b2 -0.2369   -0.1428 -0.66405   0.9469

Finalmente el latex(tab1) te da el código de látex:

/begin{tabular}{llcccc}
/hline
& & /multicolumn{2}{c}{colLabel1} & /multicolumn{2}{c}{colLabel2} // 
 &  & a1 & a2 & a1 & /multicolumn{1}{c}{a2} // 
/hline
/nopagebreak rowLabel1 & /nopagebreak b1  & $-0.1450$ & $/phantom{-}0.2633$ & $/phantom{-}0.91454$ & $/phantom{-}0.1222$ //
 & /nopagebreak b2  & $-0.1499$ & $-0.4290$ & $-0.09706$ & $-0.6977$ //
/rule{0pt}{1.7/normalbaselineskip}rowLabel2 & /nopagebreak b1  & $/phantom{-}0.6976$ & $-0.4888$ & $-0.68492$ & $/phantom{-}1.6764$ //
 & /nopagebreak b2  & $-0.2369$ & $-0.1428$ & $-0.66405$ & $/phantom{-}0.9469$ //
/hline 
/end{tabular}