plotting - social networks in r

¿Cómo dividir un igraph en subgraphs conectados?

Question

Tengo un igraph con varios componentes desconectados. Por ejemplo:

library(igraph)
g <- simplify(
graph.compose(
graph.ring(10),
graph.star(5, mode = "undirected")
)
) + edge("7", "8")

En este ejemplo, el nodo 9 es su propio gráfico, al igual que los nodos 7 y 8, y el resto forma un tercer gráfico.

Me gustaría tratar esto por separado, así que quiero convertir el igraph único en una lista de 3 igraphs (divididos por conectividad).

Hacké un código para lograrlo, pero es ineficiente y bastante horrible.

split_graph_into_connected_subgraphs <- function(g)
{
adjacency_list <- get.adjlist(g)
connected_nodes <- lapply(
adjacency_list,
function(adjacent_nodes)
{
new_nodes <- out <- adjacent_nodes
# Keep finding nodes that are adjacent to ones we already know about,
# until we find no more
repeat
{
doubly_adjacent_nodes <- Reduce(union, adjacency_list[new_nodes])
new_nodes <- setdiff(doubly_adjacent_nodes, out)
if(length(new_nodes) == 0)
{
break
}
out <- union(out, new_nodes)
}
sort(out)
}
)
# Single value nodes should contain themselves, not be empty
connected_nodes <- ifelse(
vapply(adjacency_list, length, integer(1)) == 0,
seq_along(connected_nodes),
connected_nodes
)
# We don''t care about repeats, just the unique graphs
connected_nodes <- unique(connected_nodes)
# Get the subgraph from each
lapply(
connected_nodes,
function(nodes) induced.subgraph(g, nodes)
)
}
list_of_subgraphs <- split_graph_into_connected_subgraphs(g)
lapply(list_of_subgraphs, plot)

¿Hay una forma más limpia de dividir el gráfico?

Answer 1

Puedes calcular los componentes conectados de tu gráfico usando:

clusters(g)
# $membership
# [1] 1 1 1 1 1 1 2 2 3 1
#
# $csize
# [1] 7 2 1
#
# $no
# [1] 3

O puede crear un gráfico separado para cada componente de su gráfico usando:

dg <- decompose.graph(g) # returns a list of three graphs
plot(dg[[1]]) # plot e.g. the 1st one