plotting - social networks in r

¿Cómo dividir un igraph en subgraphs conectados?

Question

Tengo un igraph con varios componentes desconectados. Por ejemplo:

library(igraph)
g <- simplify(
  graph.compose(
    graph.ring(10), 
    graph.star(5, mode = "undirected")
  )
) + edge("7", "8")

En este ejemplo, el nodo 9 es su propio gráfico, al igual que los nodos 7 y 8, y el resto forma un tercer gráfico.

Me gustaría tratar esto por separado, así que quiero convertir el igraph único en una lista de 3 igraphs (divididos por conectividad).

Hacké un código para lograrlo, pero es ineficiente y bastante horrible.

split_graph_into_connected_subgraphs <- function(g)
{
  adjacency_list <- get.adjlist(g)

  connected_nodes <- lapply(
    adjacency_list,
    function(adjacent_nodes)
    {
      new_nodes <- out <- adjacent_nodes
      # Keep finding nodes that are adjacent to ones we already know about,
      # until we find no more
      repeat
      {
        doubly_adjacent_nodes <- Reduce(union, adjacency_list[new_nodes])
        new_nodes <- setdiff(doubly_adjacent_nodes, out)
        if(length(new_nodes) == 0)
        {
          break
        }
        out <- union(out, new_nodes)      
      }
      sort(out)
    }
  )

  # Single value nodes should contain themselves, not be empty
  connected_nodes <- ifelse(
    vapply(adjacency_list, length, integer(1)) == 0,
    seq_along(connected_nodes),
    connected_nodes
  )

  # We don''t care about repeats, just the unique graphs
  connected_nodes <- unique(connected_nodes)

  # Get the subgraph from each 
  lapply(
    connected_nodes,
    function(nodes) induced.subgraph(g, nodes)
  )
}

list_of_subgraphs <- split_graph_into_connected_subgraphs(g)
lapply(list_of_subgraphs, plot)

¿Hay una forma más limpia de dividir el gráfico?

Answer 1

Puedes calcular los componentes conectados de tu gráfico usando:

clusters(g)
# $membership
# [1] 1 1 1 1 1 1 2 2 3 1
# 
# $csize
# [1] 7 2 1
# 
# $no
# [1] 3

O puede crear un gráfico separado para cada componente de su gráfico usando:

dg <- decompose.graph(g) # returns a list of three graphs
plot(dg[[1]]) # plot e.g. the 1st one