tutorial - ¿Cómo combinar dos archivos RMarkdown(.Rmd) en una sola salida?

r markdown tutorial pdf

Question

Tengo dos archivos en la misma carpeta: chapter1.Rmd y chapter2.Rmd, con el siguiente contenido:

capítulo1. rmd

---
title: "Chapter 1"
output: pdf_document
---

## This is chapter 1. {#Chapter1}

Next up: [chapter 2](#Chapter2)

capítulo2.rmd

---
title: "Chapter 2"
output: pdf_document
---

## This is chapter 2. {#Chapter2}

Previously: [chapter 1](#Chapter1)

¿Cómo puedo tejer estos para que se combinen en una sola salida pdf?

Por supuesto, render(input = "chapter1.Rmd", output_format = "pdf_document") funciona perfectamente pero render(input = "chapter1.Rmd", input = "chapter2.Rmd", output_format = "pdf_document") no lo hace.

¿Por qué quiero hacer esto? Para dividir un documento gigante en archivos lógicos.

He usado el paquete bookdown para construir látex a partir de .Rmd, pero esto parece una exageración para esta tarea en particular. ¿Hay una solución simple utilizando la línea de comandos knitr / pandoc / linux? ¿Me estoy perdiendo? Gracias.

Answer 1

Actualización de agosto de 2018: esta respuesta se escribió antes del advenimiento de bookdown , que es un enfoque más poderoso para escribir libros basados ​​en Rmarkdown. ¡Echa un vistazo al ejemplo de bookdown mínimo en la answer @Mikey-Harper!

Cuando quiero dividir un informe grande en Rmd separado, normalmente creo un Rmd principal e incluyo los capítulos como secundarios. Este enfoque es fácil de entender para los nuevos usuarios y, si incluye una tabla de contenido (toc), es fácil navegar entre los capítulos.

informe.Rmd

---  
title: My Report  
output: 
  pdf_document:
    toc: yes 
---

```{r child = ''chapter1.Rmd''}
```

```{r child = ''chapter2.Rmd''}
```

capítulo1. rmd

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

capítulo2.rmd

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

Construir

rmarkdown::render(''report.Rmd'')

Lo que produce:

Y si desea una forma rápida de crear los fragmentos para sus documentos secundarios:

rmd <- list.files(pattern = ''*.Rmd'', recursive = T)
chunks <- paste0("```{r child = ''", rmd, "''}/n```/n")
cat(chunks, sep = ''/n'')
# ```{r child = ''chapter1.Rmd''}
# ```
#
# ```{r child = ''chapter2.Rmd''}
# ```

Answer 2

Esto funcionó para mí:

Rmd_bind <- 
    function(dir = ".",
    book_header = readLines(textConnection("---/ntitle: ''Title''/n---")))
{
    old <- setwd(dir)
    if(length(grep("book.Rmd", list.files())) > 0){
    warning("book.Rmd already exists")
    }
    write(book_header, file = "book.Rmd", )
    cfiles <- list.files(pattern = "*.Rmd", )
    ttext <- NULL
    for(i in 1:length(cfiles)){
    text <- readLines(cfiles[i])
    hspan <- grep("---", text)
    text <- text[-c(hspan[1]:hspan[2])]
    write(text, sep = "/n", file = "book.Rmd", append = T)
    }
    render("book.Rmd", output_format = "pdf_document")
    setwd(old)
    }

Imagina que hay una solución mejor y sería bueno tener algo como esto en los paquetes rmarkdown o knitr.

Answer 3

Recomiendo que la gente use el paquete de bookdown para crear informes a partir de varios archivos R Markdown. Agrega muchas características útiles, como referencias cruzadas, que son muy útiles para documentos más largos.

Adaptando el ejemplo de @Eric , aquí hay un ejemplo mínimo de la configuración de bookdown . El detalle principal es que el archivo principal debe llamarse index.Rmd y debe incluir el site: bookdown::bookdown_site línea YAML adicional site: bookdown::bookdown_site :

index.Rmd

---
title: "A Minimal bookdown document"
site: bookdown::bookdown_site
output:
  bookdown::pdf_document2:
    toc: yes
---

01-intro.Rmd :

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

02-intro.Rmd :

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

Si index.Rmd el index.Rmd bookdown fusionará todos los archivos en el mismo directorio en orden alfabético (este comportamiento puede cambiarse utilizando un archivo adicional _bookdown.yml ).

Una vez que se sienta cómodo con esta configuración básica, es fácil personalizar el documento de reserva y los formatos de salida utilizando archivos de configuración adicionales, es decir, _bookdown.yml y _output.yml

Otras lecturas

• R Markdown: la guía definitiva : el Capítulo 11 proporciona una gran descripción de bookdown
• La creación de libros con bookdown proporciona una guía completa sobre bookdown y se recomienda para detalles más avanzados.