texto - r markdown subindex

¿Cómo crear automáticamente citas de BibTex para paquetes R en archivos knitr?

Question

No estoy seguro de si esto es un problema de R, LaTeX o BibTex.

Estoy intentando generar automáticamente un archivo .bib que contiene citas para los paquetes R y luego los enumero al final. Puedo generar el archivo BibTex y no veo nada malo en el archivo BibTex, pero las entradas no aparecen cuando compilo el PDF.

No estoy seguro si R no está produciendo un archivo BibTex correctamente, si alguna sintaxis de LaTeX es incorrecta, o si el archivo BibTex necesita ser precompilado o lo que sea. Noté que /bibliography{NOT A REAL FILENAME} producirá una sección de Referencias sin quejarme, pero no creo que ese sea el problema.

Ejemplo de trabajo mínimo:

/documentclass[10pt]{amsart}
/usepackage[margin=1in, headheight=20pt, footskip=20pt]{geometry}

/begin{document}

<<label=''Create References''>>=
require(knitr) # Needed for write_bib()

# Load some packages to the session:
require(xtable)
require(ggplot2)

# Select packages to cite:
citPkgs <- names(sessionInfo()$otherPkgs)
# Write the bibtex file:
write_bib(citPkgs, file="R-Pckgs.bib")
@

/nocite{*}
/bibliographystyle{plain}
/bibliography{R-Pckgs.bib}

/end{document}

Cualquier ayuda o sugerencias serán apreciadas.

Answer 1

Agregue un /nocite{dummycite} a su documento - para crear una cita para que se imprima la bibliografía.

Tenga en cuenta que esto es obsoleto si ya tiene otra cita en su documento.

Answer 2

Simplemente reemplace /bibliography{R-Pckgs.bib} con /bibliography{R-Pckgs} , y debería funcionar bien.

En Windows 7, con una instalación MikTeX actualizada y paquetes R y R actuales, funcionó lo siguiente:

1. Coloque su ejemplo reproducible en un archivo llamado "eg.Rnw" y "eg.Rnw" para eliminar el ".bib"
2. Ejecute R y navegue al directorio en el que se encuentra "eg.Rnw" .
3. Hacer library(knitr); knit2pdf("eg.Rnw") library(knitr); knit2pdf("eg.Rnw")

Nota: obviamente hay muchos flujos de trabajo para pasar de *.Rnw a *.pdf , pero si desea usar knit2pdf() (al menos), asegúrese de ejecutarlo desde el directorio que contiene el *.Rnw para procesarlo.