superponer - La condición tiene una longitud> 1 y solo se usará el primer elemento

superponer graficas en r

Question

Tengo un marco de datos, viaje:

> head(trip.mutations)
  Ref.y Variant.y
1 T     C 
2 G     C 
3 A     C  
4 T     C 
5 C     A 
6 G     A 

Deseo agregar una tercera columna, mutType, que siga estas reglas:

for (i in 1:nrow(trip)) {
   if(trip$Ref.y==''G'' & trip$Variant.y==''T''|trip$Ref.y==''C'' & trip$Variant.y==''A'') {
      trip[i, ''mutType''] <- "G:C to T:A"
   }
   else if(trip$Ref.y==''G'' & trip$Variant.y==''C''|trip$Ref.y==''C'' & trip$Variant.y==''G'') {
      trip[i, ''mutType''] <- "G:C to C:G"
   }
   else if(trip$Ref.y==''G'' & trip$Variant.y==''A''|trip$Ref.y==''C'' & trip$Variant.y==''T'') {
      trip[i, ''mutType''] <- "G:C to A:T"
   }
   else if(trip$Ref.y==''A'' & trip$Variant.y==''T''|trip$Ref.y==''T'' & trip$Variant.y==''A'') {
      trip[i, ''mutType''] <- "A:T to T:A"
   }
   else if(trip$Ref.y==''A'' & trip$Variant.y==''G''|trip$Ref.y==''T'' & trip$Variant.y==''C'') {
      trip[i, ''mutType''] <- "A:T to G:C"
   }
   else if(trip$Ref.y==''A'' & trip$Variant.y==''C''|trip$Ref.y==''T'' & trip$Variant.y==''G'') {
      trip[i, ''mutType''] <- "A:T to C:G"
   }
}

pero obtengo el error:

Warning messages:
1: In if (trip$Ref.y == "G" & trip$Variant.y == "T" | trip$Ref.y ==  ... :
  the condition has length > 1 and only the first element will be used

No creo que mis declaraciones lógicas deban producir vectores, pero tal vez me falta algo. trip $ mutType debería terminar luciendo así:

mutType
A:T to G:C
G:C to C:G
A:T to C:G
A:T to G:C
G:C to T:A
G:C to A:T

¿Alguien puede ver lo que está mal aquí? Necesito || en lugar de | ¿quizás?

Answer 1

Como sgibb dijo que era un problema si no tenía nada que ver con | o ||.

Aquí hay otra forma de resolver su problema:

for (i in 1:nrow(trip)) {
  if(trip$Ref.y[i]==''G'' & trip$Variant.y[i]==''T''|trip$Ref.y[i]==''C'' & trip$Variant.y[i]==''A'') {
    trip[i, ''mutType''] <- "G:C to T:A"
  }
  else if(trip$Ref.y[i]==''G'' & trip$Variant.y[i]==''C''|trip$Ref.y[i]==''C'' & trip$Variant.y[i]==''G'') {
    trip[i, ''mutType''] <- "G:C to C:G"
  }
  else if(trip$Ref.y[i]==''G'' & trip$Variant.y[i]==''A''|trip$Ref.y[i]==''C'' & trip$Variant.y[i]==''T'') {
    trip[i, ''mutType''] <- "G:C to A:T"
  }
  else if(trip$Ref.y[i]==''A'' & trip$Variant.y[i]==''T''|trip$Ref.y[i]==''T'' & trip$Variant.y[i]==''A'') {
    trip[i, ''mutType''] <- "A:T to T:A"
  }
  else if(trip$Ref.y[i]==''A'' & trip$Variant.y[i]==''G''|trip$Ref.y[i]==''T'' & trip$Variant.y[i]==''C'') {
    trip[i, ''mutType''] <- "A:T to G:C"
  }
  else if(trip$Ref.y[i]==''A'' & trip$Variant.y[i]==''C''|trip$Ref.y[i]==''T'' & trip$Variant.y[i]==''G'') {
    trip[i, ''mutType''] <- "A:T to C:G"
  }
}

Answer 2

Obtiene el error porque if solo puede evaluar un vector logical de longitud 1.

Tal vez te pierdas la diferencia entre & ( | ) y && ( || ). La versión más corta funciona a nivel de elemento y la versión más larga usa solo el primer elemento de cada vector, por ejemplo:

c(TRUE, TRUE) & c(TRUE, FALSE)
# [1] TRUE FALSE

# c(TRUE, TRUE) && c(TRUE, FALSE)
[1] TRUE

No necesita la declaración if en absoluto:

mut1 <- trip$Ref.y==''G'' & trip$Variant.y==''T''|trip$Ref.y==''C'' & trip$Variant.y==''A''
trip[mut1, "mutType"] <- "G:C to T:A"