mutate - Piping stdin a R

in r

Question

Estoy teniendo problemas para canalizar stdin a un script R

Aquí está mi test.R script de test.R :

#!/usr/bin/env Rscript
while(length(line <- readLines(''stdin'', n=1, warn=FALSE)) > 0) {
  write(line, stderr())
  # process line
}

Me gustaría pasar por cada línea y hacer un poco de procesamiento. Aquí está mi archivo de input llamado input :

aaaaaa
bbbbbb
cccccc
dddddd
eeeeee
ffffff

Si lo hago

cat input | test.R

Solo me sale

aaaaaa

¿Hay algo que me perdí?

Answer 1

Esto es lo más fácil que he found (asumiendo una entrada numérica):

x <- scan(file="stdin", quiet=TRUE)

Puedes probarlo con:

$ echo -e "1/n2/n3" | R --slave -e ''x <- scan(file="stdin", quiet=TRUE); summary(x)''
   Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
    1.0     1.5     2.0     2.0     2.5     3.0 

Answer 2

Esto no sucede si abres explícitamente la conexión estándar.

#!/usr/bin/env Rscript
f <- file("stdin")
open(f)
while(length(line <- readLines(f,n=1)) > 0) {
  write(line, stderr())
  # process line
}

Answer 3

Jeff y yo escribimos littler para hacer solo esto (y algunas otras cosas). Debido a littler , nunca miré de cerca a Rscript, pero en principio esto debería funcionar bien.

Aquí está uno de nuestros primeros ejemplos, utilizando la salida de /bin/ls (y un filtro rápido por awk ) para resumir el tamaño del archivo:

edd@max:~/svn/littler/examples$ ls -l /boot/ | /
                                    awk ''!/^total/ {print $5}'' | ./fsizes.r 
    Min.  1st Qu.   Median     Mean  3rd Qu.     Max. 
      24   130300   730700  3336000  4527000 14670000 

  The decimal point is 6 digit(s) to the right of the |

   0 | 0000000000000011111111122777777777
   2 | 777777777
   4 | 555577777
   6 | 
   8 | 
  10 | 
  12 | 5
  14 | 24466677

edd@max:~/svn/littler/examples$ 

Aquí el script fsizes.r es solo tres líneas:

edd@max:~/svn/littler/examples$ cat fsizes.r 
#!/usr/bin/r -i

fsizes <- as.integer(readLines())
print(summary(fsizes))
stem(fsizes)
edd@max:~/svn/littler/examples$