mutate - Piping stdin a R

in r

Question

Estoy teniendo problemas para canalizar stdin a un script R

Aquí está mi test.R script de test.R :

#!/usr/bin/env Rscript
while(length(line <- readLines(''stdin'', n=1, warn=FALSE)) > 0) {
write(line, stderr())
# process line
}

Me gustaría pasar por cada línea y hacer un poco de procesamiento. Aquí está mi archivo de input llamado input :

aaaaaa
bbbbbb
cccccc
dddddd
eeeeee
ffffff

Si lo hago

cat input | test.R

Solo me sale

aaaaaa

¿Hay algo que me perdí?

Answer 1

Esto es lo más fácil que he found (asumiendo una entrada numérica):

x <- scan(file="stdin", quiet=TRUE)

Puedes probarlo con:

$ echo -e "1/n2/n3" | R --slave -e ''x <- scan(file="stdin", quiet=TRUE); summary(x)''
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
1.0 1.5 2.0 2.0 2.5 3.0

Answer 2

Esto no sucede si abres explícitamente la conexión estándar.

#!/usr/bin/env Rscript
f <- file("stdin")
open(f)
while(length(line <- readLines(f,n=1)) > 0) {
write(line, stderr())
# process line
}

Answer 3

Jeff y yo escribimos littler para hacer solo esto (y algunas otras cosas). Debido a littler , nunca miré de cerca a Rscript, pero en principio esto debería funcionar bien.

Aquí está uno de nuestros primeros ejemplos, utilizando la salida de /bin/ls (y un filtro rápido por awk ) para resumir el tamaño del archivo:

edd@max:~/svn/littler/examples$ ls -l /boot/ | /
awk ''!/^total/ {print $5}'' | ./fsizes.r
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
24 130300 730700 3336000 4527000 14670000
The decimal point is 6 digit(s) to the right of the |
0 | 0000000000000011111111122777777777
2 | 777777777
4 | 555577777
6 |
8 |
10 |
12 | 5
14 | 24466677
edd@max:~/svn/littler/examples$

Aquí el script fsizes.r es solo tres líneas:

edd@max:~/svn/littler/examples$ cat fsizes.r
#!/usr/bin/r -i
fsizes <- as.integer(readLines())
print(summary(fsizes))
stem(fsizes)
edd@max:~/svn/littler/examples$