una todas tipos sirve que programacion para librerias libreria las informatica entre diferencia clases bibliotecas biblioteca functional-programming bioinformatics

functional-programming - todas - tipos de bibliotecas informatica



¿Qué lenguajes de programación funcionales tienen bibliotecas de bioinformática? (6)

Y junto a BioRuby , tiene biogem para paquetes que no están en el núcleo de bioruby , por lo que tiene muchos más paquetes.

¿Qué lenguajes de programación funcionales tienen bibliotecas de bioinformática fácilmente disponibles?

(No incluya lenguajes multi-paradigma como Ruby )

Actualización : También es bienvenido el listado de los principales lenguajes de programación funcionales que actualmente no tienen fácil acceso a las bibliotecas de bioinformática.

¿Considera que R es un lenguaje funcional y no multi-paradigmático?

Si es así, R tiene el mayor conjunto de bibliotecas para bioinformática. Hay muchos módulos en CRAN, pero BioConductor es lo que estás buscando. Es una comunidad activa y la mayoría de las bibliotecas se han publicado en revistas de revisión por pares.

Nota: Creo que aparte de Perl, Python y algunos pequeños esfuerzos en C / C ++ y Java, ningún otro lenguaje de programación tiene buenas bibliotecas de bioinformática.

Las bibliotecas bioinformáticas mejor mantenidas, multiuso y específicas de un idioma cuentan con el respaldo de la Open Bioinformatics Foundation : BioPerl, Biopython, BioJava, BioRuby y BioLib (C ++). Estas bibliotecas son tan prácticas que a menudo es más fácil escribir una secuencia de comandos en uno de esos idiomas, incluso si prefieres un idioma diferente.

Como señaló Andrew, puedes usar BioJava con un lenguaje funcional basado en JVM como Scala o Clojure.

BioLib es más nuevo que los otros, pero está destinado a funcionar bien con SWIG para que cualquier otro idioma pueda vincularlo. Haskell tiene un buen FFI, por lo que podría intentar usarlo con Biolib, la biblioteca del kit de herramientas del NCBI; probablemente se mantengan mejor que BioHaskell.

Por el contrario, escribir programas en Haskell es tan conveniente que a menudo es más fácil proporcionar cualquier funcionalidad faltante que tratar de comprender el código imperativo oscuro de otra persona.

Aunque Eric tiene problemas con mis habilidades de mantenimiento (hey, los parches aceptados, ya sabes), creo que Haskell es una buena plataforma para la bioinformática, lo que permite al usuario escribir un código conciso y de rendimiento. ¡Funciona para mi!

Comencé el primer proyecto serio de BioScala , que incluye un tutorial y una filosofía de diseño en ./doc. Además, estoy explicando el uso de Scala para bioinformática en blog.thebird.nl. BioScala es un trabajo en progreso. Como puedes usar tanto BioJava como BioRuby de Scala, y pronto BioLib, puedes comenzar a ejecutar.