sirven - Descarga e instalación manual de paquetes en R

r paquetes instalados

Question

Actualmente estoy intentando ejecutar algún código R en un clúster informático, pero no puedo ejecutar la función install.packages debido a algunas configuraciones extrañas de firewall en mi clúster. Como solo uso unos pocos paquetes en mi código R, esperaba evitar utilizar la función install.packages descargando e instalando los paquetes manualmente.

Nota: soy consciente de que hay una manera de evitar este problema utilizando un proxy HTTP como se describe en la sección R Preguntas frecuentes. Desafortunadamente, las personas a cargo de mi grupo no están ayudando a configurar esto, así que me veo obligado a considerar este enfoque alternativo.

Idealmente, me gustaría descargar los archivos de los paquetes de CRAN a mi computadora, luego cargarlos en el clúster e instalarlos usando los comandos apropiados en R. Además, también me gustaría asegurarme de que los paquetes se instalen en una ubicación de mi elección, ya que no tengo permiso para "escribir" en el directorio R predeterminado (creo que puedo hacerlo dentro de R mediante la función .libPaths )

Por último, las computadoras con las que estoy trabajando en el clúster son Unix x86_64.

Answer 1

Esta es la mejor manera, si queremos descargar e instalar localmente:

download.packages(''lib_name'',destdir=''dest_path'')

por ejemplo :

download.packages(''RJDBC'',destdir=''d:/rlibs'')

Answer 2

Puede instalar el paquete manualmente usando el siguiente comando

install.packages(''package.zip'', lib=''destination_directory'',repos = NULL)

Consulte la ayuda de ?install.packages , para una descripción más detallada

Answer 3

También pasé por el mismo problema al instalar el paquete caret, hay muchas dependencias del paquete caret. Así que hice lo siguiente.

install.packages (''caret'') Esto le da a todos los paquetes en formato zip la ubicación de la descarga que se muestra en el mensaje de error. Descomprima todos los paquetes desde la fuente de descarga a una ubicación, por ejemplo, en ''C: / PublicData / RawRPackages'', luego ejecute el siguiente comando.

foldername<-''C:/PublicData/RawRPackages''
install.packages(paste(foldername , ''caret'',sep=''/''), repos = NULL, type="source")
library(caret, lib.loc=foldername)

Answer 4

install.packages ("libname", lib = "file: // F: / test")