python - Error de configuración Numpy: argumento formal extra

python-2.7 fortran

Question

Tengo algunos archivos de Fortran que me gustaría usar en los archivos de Python. He utilizado el comando C: / Python27 / python.exe setup.py build_ext --inplace --fcompiler = g95. Mi archivo setup.py contiene el siguiente código:

import sys, os
extra_link_args = []
extra_link_args = [''-framework'', ''accelerate'']
from numpy.distutils.core import setup, Extension
opt_flags = [''-g'', ''-fbounds-check'', ''-I/usr/include/'']
files1 = [''particle_solvers/fbsl_sim_fmod.f90'',
          ''particle_solvers/fbsl_parts_fmod.f90'',
          ''particle_solvers/fbsl_poisson_fmod.f90'',
          ''particle_solvers/fbsl_convol_fmod.f90'',
          ''particle_solvers/fbsl_lbfr_parts_fmod.f90'',
          ''particle_solvers/fbsl_ltp_parts_fmod.f90'',
          ''particle_solvers/fbsl_pusher_fmod.f90'',
          ]
ext1 = Extension(name=''_fbsl_f90'',
                 sources=files1,
                 extra_compile_args=opt_flags,
                 extra_link_args=extra_link_args)
setup(name="_fbsl_f90",
      version=''0.1'',
      description="Hidden",
      author="Hidden",
      author_email=''Hidden'',
      url='''',
      ext_modules=[ext1])

Pero tengo los siguientes errores:

g95.exe:f90: build/src.win32-2.7/_fbsl_f90-f2pywrappers2.f90
In file build/src.win32-2.7/_fbsl_f90-f2pywrappers2.f90:211
     &ef2pywrap, smooth_heaviside, r)
                                   1
Error: Extra formal argument for ''f2pywrap_fbsl_sim_f90_smooth_heaviside'' at (1)
In file build/src.win32-2.7/_fbsl_f90-f2pywrappers2.f90:13
     &nf2pywrap, t)
                 1
In file build/src.win32-2.7/_fbsl_f90-f2pywrappers2.f90:217
     &nf2pywrap, f_exact_is_known, t)
                 2
Error: Differing types REAL(8) and LOGICAL(4) in formal arguments at (1) and (2)
In file build/src.win32-2.7/_fbsl_f90-f2pywrappers2.f90:223
     &inal_is_knownf2pywrap, f_exact_final_is_known)
                             1
Error: Extra formal argument for ''f2pywrap_fbsl_sim_f90_f_exact_final_is_known''
at (1)
In file build/src.win32-2.7/_fbsl_f90-f2pywrappers2.f90:228
     &2pywrap, f_exact_initial, eta_0, eta_1)
                                       1
Error: Extra formal argument for ''f2pywrap_fbsl_sim_f90_f_exact_initial'' at (1)
In file build/src.win32-2.7/_fbsl_f90-f2pywrappers2.f90:235
     &, t, eta_0, eta_1)
                  1
Error: Extra formal argument for ''f2pywrap_fbsl_sim_f90_f_exact'' at (1)
In file build/src.win32-2.7/_fbsl_f90-f2pywrappers2.f90:243
     &rap, f_exact_final, eta_0, eta_1)
                                 1
Error: Extra formal argument for ''f2pywrap_fbsl_sim_f90_f_exact_final'' at (1)
In file build/src.win32-2.7/_fbsl_f90-f2pywrappers2.f90:250
     &_field_is_givenf2pywrap, velocity_field_is_given)
                               1
Error: Extra formal argument for ''f2pywrap_fbsl_sim_f90_velocity_field_is_given''
 at (1)
In file build/src.win32-2.7/_fbsl_f90-f2pywrappers2.f90:255
     &ine_u0, x0, x1)
                  1
Error: Extra formal argument for ''f2pywrap_fbsl_sim_f90_affine_u0'' at (1)
In file build/src.win32-2.7/_fbsl_f90-f2pywrappers2.f90:262
     &ine_u1, x0, x1)
                  1
Error: Extra formal argument for ''f2pywrap_fbsl_sim_f90_affine_u1'' at (1)
In file build/src.win32-2.7/_fbsl_f90-f2pywrappers2.f90:269
     &p, quadratic_u0, t, x0, x1)
                              1
Error: Extra formal argument for ''f2pywrap_fbsl_sim_f90_quadratic_u0'' at (1)
In file build/src.win32-2.7/_fbsl_f90-f2pywrappers2.f90:277
     &p, quadratic_u1, t, x0, x1)
                              1
Error: Extra formal argument for ''f2pywrap_fbsl_sim_f90_quadratic_u1'' at (1)
In file build/src.win32-2.7/_fbsl_f90-f2pywrappers2.f90:285
     &w_0f2pywrap, bwd_affine_flow_0, t, x0, x1)
                                             1
Error: Extra formal argument for ''f2pywrap_fbsl_sim_f90_bwd_affine_flow_0'' at (1
)
In file build/src.win32-2.7/_fbsl_f90-f2pywrappers2.f90:293
     &w_1f2pywrap, bwd_affine_flow_1, t, x0, x1)
                                             1
Error: Extra formal argument for ''f2pywrap_fbsl_sim_f90_bwd_affine_flow_1'' at (1
)
In file build/src.win32-2.7/_fbsl_f90-f2pywrappers2.f90:301
     &ic_flow_0f2pywrap, bwd_quadratic_flow_0, t, x0, x1)
                                                      1
Error: Extra formal argument for ''f2pywrap_fbsl_sim_f90_bwd_quadratic_flow_0'' at
 (1)
In file build/src.win32-2.7/_fbsl_f90-f2pywrappers2.f90:309
     &ic_flow_1f2pywrap, bwd_quadratic_flow_1, t, x0, x1)
                                                      1
Error: Extra formal argument for ''f2pywrap_fbsl_sim_f90_bwd_quadratic_flow_1'' at
 (1)
In file build/src.win32-2.7/_fbsl_f90-f2pywrappers2.f90:317
     &0, x1)
         1
Error: Extra formal argument for ''f2pywrap_fbsl_sim_f90_bggk_a'' at (1)
error: Command "C:/Users/QUENTIN/bin/g95.exe -fno-second-underscore -O -Ibuild/s
rc.win32-2.7 -IC:/Python27/lib/site-packages/numpy/core/include -IC:/Python27/in
clude -IC:/Python27/PC -c -c build/src.win32-2.7/_fbsl_f90-f2pywrappers2.f90 -o
build/temp.win32-2.7/Release/build/src.win32-2.7/_fbsl_f90-f2pywrappers2.o -fmod
=build/temp.win32-2.7/Release/ -Ibuild/temp.win32-2.7/Release/" failed with exit
 status 1

No entiendo por qué tengo esos errores argumentales extra. ¿Cómo puedo arreglarlos? Estoy trabajando en Windows 7 con compilador Python 2.7 y g95.

EDIT: Bueno, para simplificar, aquí hay una muestra de mi código Fortran:

module test_f90

implicit none

real *8 :: delta

contains

real*8 function test_f(r)
    real*8, intent(in) :: r
    test_f = 0.5*( 1 + erf(r/delta) )
end function

end module test_f90

Cuando uso el comando C: / Python27 / python.exe setup.py build_ext --inplace --fcompiler = g95 con este archivo setup.py:

import sys

extra_link_args = []

from numpy.distutils.core import setup, Extension

opt_flags = [''-g'', ''-fbounds-check'', ''-I/usr/include/'']


files1 = [''test_fmod.f90'',
          ]


ext1 = Extension(name=''_test_f90'',
                 sources=files1,
                 extra_compile_args=opt_flags,
                 extra_link_args=extra_link_args)


setup(name="_test_f90",
      version=''0.1'',
      description="test module",
      author="Hidden",
      author_email=''Hidden'',
      url='''',
      ext_modules=[ext1])

Tengo este archivo Fortran generado por f2py:

!     -*- f90 -*-
!     This file is autogenerated with f2py (version:2)
!     It contains Fortran 90 wrappers to fortran functions.

      subroutine f2pywrap_test_f90_test_f (test_ff2pywrap, r)
      use test_f90, only : test_f
      real(kind=8) r
      real(kind=8) test_ff2pywrap
      test_ff2pywrap = test_f(r)
      end subroutine f2pywrap_test_f90_test_f

      subroutine f2pyinittest_f90(f2pysetupfunc)
      use test_f90, only : delta
      interface 
      subroutine f2pywrap_test_f90_test_f (test_ff2pywrap, test_f, r)
      real(kind=8) test_f
      real(kind=8) r
      real(kind=8) test_ff2pywrap
      end subroutine f2pywrap_test_f90_test_f
      end interface
      external f2pysetupfunc
      call f2pysetupfunc(delta,f2pywrap_test_f90_test_f)
      end subroutine f2pyinittest_f90

pero todavía tengo este error:

g95.exe:f90: build/src.win32-2.7/_test_f90-f2pywrappers2.f90
In file build/src.win32-2.7/_test_f90-f2pywrappers2.f90:15

      subroutine f2pywrap_test_f90_test_f (test_ff2pywrap, test_f, r)
                                                                   1
Error: Extra formal argument for ''f2pywrap_test_f90_test_f'' at (1)
error: Command "C:/Users/QUENTIN/bin/g95.exe -fno-second-underscore -O -Ibuild/s
rc.win32-2.7 -IC:/Python27/lib/site-packages/numpy/core/include -IC:/Python27/in
clude -IC:/Python27/PC -c -c build/src.win32-2.7/_test_f90-f2pywrappers2.f90 -o
build/temp.win32-2.7/Release/build/src.win32-2.7/_test_f90-f2pywrappers2.o -fmod
=build/temp.win32-2.7/Release/ -Ibuild/temp.win32-2.7/Release/" failed with exit
 status 1

Answer 1

Lo sentimos, parece que el soporte del envoltorio f2py está roto, ya que declara una función dos veces con firmas en conflicto: primero 2 luego 3 argumentos formales. No está claro si esta versión funcionará para usted como lo desea, aunque le puede resultar útil trabajar con los ejemplos de las primeras entradas F2py ToC .

Answer 2

muestra que numpy no está instalado correctamente. Puedes descargar el numpy desde el siguiente enlace.

https://pypi.org/project/numpy/

o puedes usar el archivo wheel para instalar numpy.

Vaya a la siguiente línea para descargar la rueda adecuada.
https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/

en el enlace de arriba, busque el número y lo instala

Answer 3

https://sourceforge.net/projects/numpy/?source=typ_redirect Por encima de la mención, el enlace tiene el archivo fuente de la descarga numpy.

Luego dispara un comando en la terminal.

cd /home/Downloads/numpy-1.11.2

ls

sudo python setup.py install