siguientes - Cómo ejecutar R en un servidor sin X11 y evitar dependencias rotas

resolver dependencias incumplidas en debian

Question

Estoy ejecutando R 2.9 en una gran instancia Ubuntu de EC2, cargada con RAM, pero sin terminal. Cuando cargo una biblioteca que tiene dependencias de visualización, como el paquete sqldf, recibo el siguiente error:

library(sqldf)
...
Loading required package: tcltk
Loading Tcl/Tk interface ... Error in fun(...) : couldn''t connect to display "localhost:11.0"
Error : .onLoad failed in ''loadNamespace'' for ''tcltk''
Error: package ''tcltk'' could not be loaded

Esto parece ser un problema general, y me pregunto cómo lo han resuelto otros. Instalar un servidor X11 no es una solución deseable.

Answer 1

La sugerencia de Dirk de hecho funciona bien, si tienes control sobre el servidor y puedes ejecutar xvfb. Si no, sigue leyendo ...

en versiones más nuevas de R (> = 2.10 y quizás antes), esto ya no es un error, es una advertencia:

> library(tcltk)
Loading Tcl/Tk interface ... done
Warning message:
In fun(libname, pkgname) : no DISPLAY variable so Tk is not available

Ahora puede suprimir esta advertencia y el siguiente mensaje de carga del paquete a través de:

> suppressPackageStartupMessages(suppressWarnings(library(tcltk)))

A menudo verá este mensaje debido a la carga de un paquete como qvalue que depende de tcltk ; si está buscando una operación silenciosa, primero debe cargar silenciosamente tcltk, luego el paquete de interés:

> suppressPackageStartupMessages(suppressWarnings(library(tcltk)))
> library(qvalue)

marca

resucitó debido a: http://dev.list.galaxyproject.org/wrapping-qvalue-in-Galaxy-td4655164.html

Answer 2

Utilice el servidor de framebuffer X11 virtual: hacemos lo mismo para crear paquetes que requieren X11 para compilaciones R en chroots decapitados. Tomando, por ejemplo, pares del Build-Depends de rggobi :

xvfb xauth xfonts-base

Después de instalarlos, puede usar el xvfb-run . Si inicia R por ejemplo

xvfb-run R --no-save

ahora debería poder usar rutinas y comandos que requieren X11 como, por ejemplo, algunos de los dispositivos de trazado, o la inicialización de tcl / tk, que también insiste en tener X11.

El mismo truco es útil para servidores web.