from - run r file linux

Ejecutar el script R desde la línea de comando

Question

Tengo un archivo, llamado ar , tiene un chmod de 755,

sayHello <- function(){
   print(''hello'')
}

sayHello()

¿Cómo puedo ejecutar esto a través de la línea de comandos?

Answer 1

Cómo ejecutar Rmd en comando con knitr y rmarkdown por varios comandos y luego cargar un archivo HTML a RPubs

Aquí hay un ejemplo: cargar dos bibliotecas y ejecutar un comando R

R -e ''library("rmarkdown");library("knitr");rmarkdown::render("NormalDevconJuly.Rmd")''

R -e ''library("markdown");rpubsUpload("normalDev","NormalDevconJuly.html")''

Answer 2

Esto no responde la pregunta directamente. Pero alguien puede terminar aquí porque quiere ejecutar un oneliner de R desde la terminal. Por ejemplo, si solo desea instalar algunos paquetes faltantes y salir, este oneliner puede ser muy conveniente. Lo uso mucho cuando de repente descubro que extraño algunos paquetes, y quiero instalarlos donde quiero.

R -e ''install.packages(c("package1", "package2"))'' # install to default location. 
sudo R -e ''install.packages(c("package1", "package2"), lib="/usr/local/lib/R/site-library")'' # install to location that requires root. 

Answer 3

Necesita el comando ?Rscript para ejecutar un script R desde el terminal.

Echa un vistazo a http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/html/Rscript.html

Ejemplo

## example #! script for a Unix-alike

#! /path/to/Rscript --vanilla --default-packages=utils
args <- commandArgs(TRUE)
res <- try(install.packages(args))
if(inherits(res, "try-error")) q(status=1) else q()

Answer 4

Otra forma más de usar Rscript para los sistemas * Unix es mediante la sustitución de procesos .

Rscript <(zcat a.r)
# [1] "hello"

Lo que obviamente hace lo mismo que la respuesta aceptada, pero esto le permite manipular y ejecutar su archivo sin guardar el poder de la línea de comando, por ejemplo:

Rscript <(sed s/hello/bye/ a.r)
# [1] "bye"

Similar a Rscript -e "Rcode" también permite ejecutarse sin guardar en un archivo. Por lo tanto, podría utilizarse junto con los scripts que generan código R, por ejemplo:

Rscript <(echo "head(iris,2)")
# Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
# 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
# 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa

Answer 5

Sólo para la documentación. A veces necesitas ejecutar el script como sudo :

sudo Rscript path/to/your/file.R

Answer 6

Si desea que la salida se imprima en el terminal, es mejor usar Rscript

Rscript a.R

Tenga en cuenta que al utilizar R CMD BATCH aR lugar de redirigir la salida a la salida estándar y mostrar en el terminal, se creará un nuevo archivo llamado a.Rout.

R CMD BATCH a.R
# Check the output
cat a.Rout

Si realmente desea utilizar la forma ./aR de llamar al script, ¡podría agregar un #! apropiado #! a la parte superior del guión

#!/usr/bin/env Rscript
sayHello <- function(){
   print(''hello'')
}

sayHello()

También señalaré que si está ejecutando en un sistema * unix, existe el útil paquete littler que proporciona una línea de comandos fácil para R.

Answer 7

Una forma más de ejecutar un script R desde la línea de comandos sería:

R < scriptName.R --no-save  

o con --save .

Consulte también ¿Cuál es la mejor manera de usar scripts R en la línea de comandos (terminal)? .