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Siguiente punto HTML-RMarkdown incluyendo bloque de espacio en blanco

Question

Trabajé para registrar en diario la visualización de algunos datos espaciales utilizando Raster y RMarkdown, pero tengo un problema porque hay un montón de espacio negativo sobre cada figura. Aquí está el código de RMarkdown (algo simplificado):

```{r global_options, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(fig.width=12, fig.height=8, echo=FALSE,
                      warning=FALSE, message=FALSE)
```

```{r r-packages}
library(maptools)
library(raster)
library(rgdal)
```
###Description of data
Data are taken from the National Land Cover Database - 2011 and represent land cover at a 30m X 30m resolution.
location of data: [National Land Cover Database - 2011](''http://gisdata.usgs.gov/TDDS/DownloadFile.php?TYPE=nlcd2006&FNAME=nlcd_2006_landcover_2011_edition_2014_10_10.zip'')

###Import raster file for US landcover and shapefile for state borders and counties

```{r Import raster file for us landcover}
rfile <- ''~/Documents/Data/nlcd_2006_landcover_2011_edition_2014_10_10/nlcd_2006_landcover_2011_edition_2014_10_10.img'' #location of raster data
r1 <- raster(rfile)

##Import shapefile for state borders
statepath <- ''~/Documents/Data/''
setwd(statepath)
shp1 <- readOGR(".", "states")
##Transform shapefile to fit raster projection
shp1 <- spTransform(shp1, r1@crs)
##Remove hawaii and alasks which are not in raster image
shp1.sub <- c("Hawaii","Alaska")
states.sub <- shp1[!as.character(shp1$STATE_NAME) %in% shp1.sub, ]

##Import county data
#data source: ftp://ftp2.census.gov/geo/tiger/TIGER2011/COUNTY/tl_2011_us_county.zip
countypath <- ''~/Documents/Data/tl_2011_us_county''
setwd(countypath)
shp2 <- readOGR(".", "tl_2011_us_county")
##Transform shapefile to fit raster projection
counties <- spTransform(shp2, r1@crs)
counties.sub <- counties[as.character(counties$STATEFP) %in% states.sub$STATE_FIPS, ]
```
Raster plot of US with state and county border overlays
```{r plot landcover with state borders}
#Plot state borders over raster
plot(r1)
plot(counties.sub, border = "darkgrey",lwd=.65,add=T)
plot(states.sub,border = "darkblue",add=T)
```
Raster cropped and masked to extent of California
```{r crop raster to a single state (California)}
shp.sub <- c("California")
shp.ca <- states.sub[as.character(states.sub$STATE_NAME) %in% shp.sub, ]

r1.crop   <- crop(r1, extent(shp.ca))

plot(r1)
```

Todo funciona bien, pero cuando el markdown se envía a HTML, también se incluye un montón de espacio en blanco. [Aquí está el RPub publicado] (ahora resuelto) . ( http://rpubs.com/pbwilliams/80167 ). Creo que este es un problema Raster, ya que no he tenido este problema con cifras, por ejemplo, en ggplot.

He podido solucionar esto temporalmente reduciendo la imagen, pero cada vez que amplío la imagen a un valor razonable, se agrega espacio adicional. Si alguien sabe cómo solucionar este problema, sería muy apreciado.

Answer 1

Como se sugiere en los comentarios, usar la opción de fragmento fig.keep = ''last'' debería solucionar este problema en particular, ya que cada fragmento de código parece tener dos gráficos, y el primero es uno en blanco (solo desea mantener el último ).