remove - No se puede ejecutar la función Rcpp en foreach: "El valor NULL pasado como dirección de símbolo"

rcpp gallery

Question

Permítanme decir primero que he leído Writing R Extensions, la viñeta del paquete Rcpp, y que he creado un paquete desde Rcpp.package.skeleton() .

Desde que multiGenerateCSVrow() mi paquete, agregué una función, multiGenerateCSVrow() , y luego ejecuté compileAttributes() en el directorio del paquete antes de instalar R CMD build / R CMD. Después de cargar mi paquete, puedo ejecutar mi función directamente oa través de foreach() con el método %do% .

Cuando intento ejecutar en paralelo, sin embargo, me sale un error:

cl <- makePSOCKcluster(8)                                                                                     
registerDoParallel(cl)                                                                                        
rows <- foreach(i=1:8,.combine=rbind,.packages="myPackage") %dopar% multiGenerateCSVrow(scoreMatrix=NIsample,   
                                                                   validMatrix = matrix(1,nrow=10,ncol=10),   
                                                                   cutoffVector = rep(0,10),                  
                                                                   factorVector = randomsCutPlus1[i,],        
                                                                   actualVector = rep(1,10),                  
                                                                   scaleSample = 1)                           
stopCluster(cl)                                                                                               
~                                                                                                             

Error in multiGenerateCSVrow(scoreMatrix = NIsample, validMatrix = matrix(1,  : 
  task 1 failed - "NULL value passed as symbol address"

Aquí está el paquete NAMESPACE:

# Generated by roxygen2 (4.0.1): do not edit by hand 
useDynLib(myPackage)                                   
exportPattern("^[[:alpha:]]+")                       
importFrom(Rcpp, evalCpp) 

Aquí está la parte relevante de RcppExports.cpp:

// multiGenerateCSVrow
SEXP multiGenerateCSVrow(SEXP scoreMatrix, SEXP validMatrix, SEXP cutoffVector, SEXP factorVector, SEXP actualVector, SEXP scaleSample);
RcppExport SEXP myPackage_multiGenerateCSVrow(SEXP scoreMatrixSEXP, SEXP validMatrixSEXP, SEXP cutoffVectorSEXP, SEXP factorVectorSEXP, SEXP actualVectorSEXP, SEXP scaleSampleSEXP) {
BEGIN_RCPP
    SEXP __sexp_result;
    {
        Rcpp::RNGScope __rngScope;
        Rcpp::traits::input_parameter< SEXP >::type scoreMatrix(scoreMatrixSEXP );
        Rcpp::traits::input_parameter< SEXP >::type validMatrix(validMatrixSEXP );
        Rcpp::traits::input_parameter< SEXP >::type cutoffVector(cutoffVectorSEXP );
        Rcpp::traits::input_parameter< SEXP >::type factorVector(factorVectorSEXP );
        Rcpp::traits::input_parameter< SEXP >::type actualVector(actualVectorSEXP );
        Rcpp::traits::input_parameter< SEXP >::type scaleSample(scaleSampleSEXP );
        SEXP __result = multiGenerateCSVrow(scoreMatrix, validMatrix, cutoffVector, factorVector, actualVector, scaleSample);
        PROTECT(__sexp_result = Rcpp::wrap(__result));
    }
    UNPROTECT(1);
    return __sexp_result;
END_RCPP
}

Y RcppExports.R:

multiGenerateCSVrow <- function(scoreMatrix, validMatrix, cutoffVector, factorVector, actualVector, scaleSample) {
    .Call(''myPackage_multiGenerateCSVrow'', PACKAGE = ''myPackage'', scoreMatrix, validMatrix, cutoffVector, factorVector, actualVector, scaleSample)
}   

¿Qué podría estar buscando?

Answer 1

También tuve el problema de que las funciones que utilizan Rcpp no funcionaban dentro de foreach . Según lo sugerido por Patrick McCarthy, puse la función en un paquete, instalé y cargué el paquete y lo pasé en búsqueda con .packages = ("...").

Todavía tengo algunos errores, pero eso se resolvió después de actualizar todos los paquetes involucrados.

(Hubiera comentado, pero no tengo suficiente reputación y pensé que esto podría ser útil para algunas personas)

Answer 2

Tuve un problema similar y lo resolví agregando .noexport = c(<Functions that were implemented in C++>) al foreach .

Supongo que estas funciones se importan del entorno global a los contextos paralelos, pero como no son funciones normales, en realidad no funcionan. Esto significa que las funciones deben cargarse por separado en cada nodo; en mi caso, fue una clusterCall() SNOW clusterCall() que generó varios archivos, incluido el código C ++.