superponer - Trazar datos simples en R

superponer graficas en r

Question

Tengo un archivo separado por comas llamado foo.csv contiene los siguientes datos:

scale, serial, spawn, for, worker
5, 0.000178, 0.000288, 0.000292, 0.000300
10, 0.156986, 0.297926, 0.064509, 0.066297
12, 2.658998, 6.059502, 0.912733, 0.923606
15, 188.023411, 719.463264, 164.111459, 161.687982

Esencialmente tengo dos preguntas:

1) ¿Cómo trazo la primera columna (eje x) versus la segunda columna (eje y)? Estoy intentando esto (leyendo este sitio ):

data <- read.table("foo.csv", header=T,sep=",")
attach(data)
scale <- data[1]
serial <- data[2]
plot(scale,serial)

Pero recupero este error:

Error in stripchart.default(x1, ...) : invalid plotting method

¿Alguna idea de lo que estoy haciendo mal? Una búsqueda rápida en Google revela a otra persona con el mismo problema pero sin respuesta relevante. ACTUALIZACIÓN: resulta que funciona bien si omito las dos instrucciones de asignación en el medio. ¿Alguna idea de por qué es esto?

La segunda pregunta es bastante fácil después de la primera:

2) ¿Cómo grafico la primera columna (eje x) versus todas las otras columnas en el eje y? Supongo que es bastante fácil una vez que soluciono el primer problema con el que me estoy encontrando, pero soy un poco nuevo para R, así que todavía me estoy volviendo loco.

Answer 1

Estoy lejos de ser un experto en R, pero creo que necesitas un data.frame:

plot(data.frame(data[1],data[2]))

¡Al menos trama algo en mi configuración R!

Siguiendo los consejos de la respuesta de luapyad, se me ocurrió esto. Cambié el nombre del encabezado "escala":

scaling, serial, spawn, for, worker
5, 0.000178, 0.000288, 0.000292, 0.000300
10, 0.156986, 0.297926, 0.064509, 0.066297
12, 2.658998, 6.059502, 0.912733, 0.923606
15, 188.023411, 719.463264, 164.111459, 161.687982

entonces:

foo <- read.table("foo.csv", header=T,sep=",")
attach(foo)
plot( scaling, serial );

Answer 2

No necesitas las dos líneas:

scale <- data[1]
serial <- data[2]

como escala y serie ya están configurados desde los encabezados en la read.table .

También scale <- data[1] crea un elemento a partir de un data.frame

  data[1]
1     5
2    10
3    12
4    15

mientras que la scale de read.table es un vector

5 10 12 15

y la función de plot(scale, serial) espera un vector en lugar de un marco de datos, por lo que solo tiene que hacer

plot(scale, serial)

Un enfoque para trazar las otras columnas de datos en el eje y:

plot(scale,serial, ylab="")
par(new=TRUE) 
plot(scale,spawn,axes=F, ylab="", type="b")
par(new=TRUE) 
plot(scale,for., axes=F, ylab="", type="b")
par(new=TRUE) 
plot(scale,worker,axes=F, ylab="", type="b")

Probablemente haya mejores formas de hacerlo, pero eso está más allá de mi conocimiento actual de R ...

Answer 3

Prueba esto:

data <- read.csv(''foo.csv'')
plot(serial ~ scale, data)
dev.new()
plot(spawn ~ scale, data)
dev.new()
plot(for. ~ scale, data)
dev.new()
plot(worker ~ scale, data)

Answer 4

Soy nuevo en R, pero si desea dibujar una escala frente a todas las otras columnas en una parcela, fácil y con un poco de elegancia :) para imprimir o presentar, puede utilizar los paquetes del profesor Hadley Wickham ggplot2 y remodelar.

Instalación:

install.packages(“ggplot2”,dep=T)
install.packages(“reshape”,dep=T)

Dibujando tu ejemplo:

library(ggplot2)
library(reshape)

#read data
data = read.table("foo.csv", header=T,sep=",")

#melt data “scale vs. all”
data2=melt(data,id=c("scale"))
data2

   scale variable      value
1      5   serial   0.000178
2     10   serial   0.156986
3     12   serial   2.658998
4     15   serial 188.023411
5      5    spawn   0.000288
6     10    spawn   0.297926
7     12    spawn   6.059502
8     15    spawn 719.463264
9      5     for.   0.000292
10    10     for.   0.064509
11    12     for.   0.912733
12    15     for. 164.111459
13     5   worker   0.000300
14    10   worker   0.066297
15    12   worker   0.923606
16    15   worker 161.687982

#draw all variables at once as line with different linetypes
qplot(scale,value,data=data2,geom="line",linetype=variable)

También podría usar puntos ( geom=”points” ), elegir diferentes colores o formas para diferentes variables puntos ( colours=variable or shape=variable ), ajustar el eje, establecer opciones individuales para cada línea, etc.

Enlace a la documentación en línea .

Answer 5

En tu ejemplo,

plot(scale, serial) 

no funcionará porque la scale y la serial son ambos marcos de datos, por ejemplo

class(scale)
[1] "data.frame"

Puede intentar lo siguiente y usar points() , una vez que se ha generado la trama, para trazar las columnas restantes. Tenga en cuenta que utilicé el parámetro ylim en el plot para acomodar el rango en la tercera columna.

data <- read.csv(''foo.csv'', header=T)
plot(data$scale, data$serial, ylim=c(0,750))
points(data$scale, data$spawn, col=''red'')
points(data$scale, data$for., col=''green'')
points(data$scale, data$worker, col=''blue'')

Answer 6

Hay una forma simple-r de trazarlo:

https://code.google.com/p/simple-r/

Usando ese script, solo tienes que escribir:

r -cdps, -k1:2 foo.csv

Para obtener la trama que quieres. Ponlo en el modo detallado (-v) para ver el script R correspondiente.

Answer 7

data <- read.table(...)
plot(data$scale,data$serial)