python - ejemplos - django

IOError al intentar abrir archivos existentes

Question

Tengo un pequeño problema con un programa de Python que escribí para extraer información de un archivo de texto especial. Lo que intento hacer es fusionar ~ 500 listas y luego usar la lista fusionada resultante. El ciclo (código a continuación) necesita ejecutar mi función extract_zcoords () sobre 500 archivos (1 archivo da una lista) para que pueda construir un conjunto de datos.

-----EL CÓDIGO

#!/usr/local/bin
import os,string
from sys import version
# ********
def extract_zcoord(filename):
'''''' collect z-coordinates of atoms from charged amino acids ''''''
f = open(filename, ''r'')
pdbfile = f.readlines()
### Code that processes file and builds z_coords1 list
### ....
for i in range(len(charged_groups)):
z_coords1.append(float(charged_groups[i][48:54]))
print z_coords1 #diagnostic
return z_coords1
# ********
### LOOP OVER DIRECTORY
location = ''/Users/spyros/Desktop/3NY8MODELSHUMAN/HomologyModels''
zdata = []
for filename in os.listdir(location):
try:
zdata.extend(extract_zcoord(filename))
except NameError:
print "No such file!"
except SyntaxError:
print "Check Your Syntax!"
except IOError:
print "PDB file NOT FOUND!"
print ''Z-VALUES FOR ALL CHARGED RESIDUES''
print zdata #diagnostic
import pickle
f1 = open("z_coords1.dat", "wb")
pickle.dump(zdata, f1)
f1.close()
f2 = open("z_coords1.dat", "rb")
zdata1 = pickle.load(f2)
f2.close()
assert zdata == zdata1, "error in pickle/unpickle round trip!"

EL ERROR: IOException es el que ocurre, por lo que, por alguna razón, python no está accediendo a los archivos. He comprobado el nombre de ruta del directorio (ubicación) y los permisos de archivos, y son correctos (lectura + escritura). ¿Alguna idea de por qué un IOError se informaría cuando los archivos existen y el nombre de ruta es correcto?

Intenté os.pathisfile (ubicación) y me devuelve FALSE. No estoy seguro de qué hacer con eso, ya que cuando lo intento

 for filename in os.listdir(location):
print filename 

¡Obtengo todos los nombres de los archivos impresos en la pantalla! ¿Alguna idea de lo que podría estar mal?

Answer 1

Necesita unir el nombre de directorio y el nombre de archivo en una ruta completa:

location = ''/Users/spyros/Desktop/3NY8MODELSHUMAN/HomologyModels''
for filename in os.listdir(location):
filename = os.path.join(location, filename)

Answer 2

Probablemente, debe usar os.path.join cuando llame

zdata.extend(extract_zcoord(filename))

Me gusta esto:

zdata.extend(extract_zcoord(os.path.join(location, filename)))