example - Fortran extensión a Python a través de f2py: ¿Cómo perfil?

python 3 cprofile

Question

Estoy usando una extensión para Python (2.7.2) escrita en Fortran (gfortran 4.4.7) compilada a través de f2py (Ver. 2).

Puedo perfilar la parte de Python con cProfile , pero el resultado no proporciona ninguna información sobre las funciones de Fortran. En cambio, el tiempo se atribuye a la función de Python que llama a la función Fortran.

He habilitado los indicadores "-pg -O" para todos los objetos Fortran que construyo, así como en la llamada f2py creando el objeto compartido a través de: f2py --opt="-pg -O" ...

Cualquier sugerencia sobre cómo obtener la información Fortran también es muy apreciada.

Si alguien utiliza una configuración similar, con un perfilador diferente, también me interesaría.

Answer 1

Eche un vistazo al perfil de extensión de python sí .

Answer 2

Una llamada a la función Fortran aparece como:

<ipython-input-51-f4bf36c6a947>:84(<module>). 

Lo sé, no puedes identificar qué módulo se está llamando, pero al menos esto te da una idea.

Otra forma es envolviéndolo en una función de Python y luego ver el tiempo para la función de Python.

Answer 3

Este flujo de trabajo parece funcionar bastante bien:

• 1. Usa callgrind para perfilar tu código (esto genera un archivo como callgrind.out.27237):

valgrind --tool = callgrind python my_python_script_calling_f2py_functions.py arg1 arg2

• 2. Convierta a un archivo .dot (si es necesario, puede instalar gprof2dot con: "pip install git + https://github.com/jrfonseca/gprof2dot ")

gprof2dot -f callgrind callgrind.out.27237> callgrind.dot

• 3. Crea un gráfico con graphviz (mira esta pregunta de Interpretando datos callgrind ):

dot -Tjpg callgrind.dot -o callgrind.jpg