Subíndice fuera de límites-definición general y solución?

matrix sna

Question

Cuando se trabaja con RI, con frecuencia aparece el mensaje de error "subíndice fuera de límites". Por ejemplo :

# Load necessary libraries and data
library(igraph)
library(NetData)
data(kracknets, package = "NetData")

# Reduce dataset to nonzero edges
krack_full_nonzero_edges <- subset(krack_full_data_frame, (advice_tie > 0 | friendship_tie > 0 | reports_to_tie > 0))

# convert to graph data farme 
krack_full <- graph.data.frame(krack_full_nonzero_edges) 

# Set vertex attributes
for (i in V(krack_full)) {
    for (j in names(attributes)) {
        krack_full <- set.vertex.attribute(krack_full, j, index=i, attributes[i+1,j])
    }
}

# Calculate reachability for each vertix
reachability <- function(g, m) {
    reach_mat = matrix(nrow = vcount(g), 
                       ncol = vcount(g))
    for (i in 1:vcount(g)) {
        reach_mat[i,] = 0
        this_node_reach <- subcomponent(g, (i - 1), mode = m)

        for (j in 1:(length(this_node_reach))) {
            alter = this_node_reach[j] + 1
            reach_mat[i, alter] = 1
        }
    }
    return(reach_mat)
}

reach_full_in <- reachability(krack_full, ''in'')
reach_full_in

Esto genera el siguiente error Error in reach_mat[i, alter] = 1 : subscript out of bounds .

Sin embargo, mi pregunta no es sobre este fragmento de código en particular (aunque sería útil resolverlo también), pero mi pregunta es más general:

• ¿Cuál es la definición de un error de subíndice fuera de límites? ¿Qué lo causa?
• ¿Hay alguna forma genérica de abordar este tipo de error?

Answer 1

A veces me encuentro con el mismo problema. Solo puedo responder tu segundo punto, porque no soy tan experto en R como lo soy con otros idiomas. He descubierto que el ciclo estándar for tiene algunos resultados inesperados. Digamos x = 0

for (i in 1:x) {
  print(i)
}

El resultado es

[1] 1
[1] 0

Mientras que con Python, por ejemplo

for i in range(x):
  print i

no hace nada. El ciclo no está ingresado.

Esperaba que si x = 0 eso en R, el bucle no sería ingresado. Sin embargo, 1:0 es un rango válido de números. Todavía no he encontrado una buena solución además de tener una declaración if que envuelve el bucle for

Answer 2

Esto se debe a que intenta acceder a una matriz fuera de su límite.

Le mostraré cómo puede depurar tales errores.

1. Establecí options(error=recover)

2. reach_full_in <- reachability(krack_full, ''in'') obtengo:

   reach_full_in <- reachability(krack_full, ''in'')
   Error in reach_mat[i, alter] = 1 : subscript out of bounds
   Enter a frame number, or 0 to exit   
   1: reachability(krack_full, "in")

3. Entro 1 y obtengo

    Called from: top level 

4. ls() para ver mis variables actuales

     1] "*tmp*"           "alter"           "g"               
        "i"               "j"                     "m"              
       "reach_mat"       "this_node_reach"

Ahora, veré las dimensiones de mis variables:

Browse[1]> i
[1] 1
Browse[1]> j
[1] 21
Browse[1]> alter
[1] 22
Browse[1]> dim(reach_mat)
[1] 21 21

Ves que el alter está fuera de límites. 22> 21. En la linea :

  reach_mat[i, alter] = 1

Para evitar ese error, personalmente hago esto:

• Intenta usar la función applyxx . Son más seguros que for
• Yo uso seq_along y no 1:n (1: 0)
• Intenta pensar en una solución vectorizada si puedes evitar el acceso al índice mat[i,j] .

EDIT vectorizar la solución

Por ejemplo, aquí veo que no usas el hecho de que set.vertex.attribute está vectorizado.

Puedes reemplazar:

# Set vertex attributes
for (i in V(krack_full)) {
    for (j in names(attributes)) {
        krack_full <- set.vertex.attribute(krack_full, j, index=i, attributes[i+1,j])
    }
}

por esto:

##  set.vertex.attribute is vectorized!
##  no need to loop over vertex!
for (attr in names(attributes))
      krack_full <<- set.vertex.attribute(krack_full, 
                                             attr, value = attributes[,attr])

Answer 3

Esto vino del tutorial gratuito de standford y afirma que ...

# Reachability can only be computed on one vertex at a time. To # Reachability can only be computed on one vertex at a time. To # get graph-wide statistics, change the value of "vertex" # manually or write a for loop. (Remember that, unlike R objects, # get graph-wide statistics, change the value of "vertex" # manually or write a for loop. (Remember that, unlike R objects, # manually or write a for loop. (Remember that, unlike R objects, # igraph objects are numbered from 0.)

bien, entonces cuando se usa igraph, el primer rollo / columna es 0 distinto de 1, pero la matriz comienza en 1, por lo tanto, para cualquier cálculo bajo igraph, necesitaría x-1, que se muestra en

this_node_reach <- subcomponent(g, (i - 1), mode = m)

pero para el cálculo alternativo, hay un error tipográfico aquí

alter = this_node_reach[j] + 1

eliminar +1 y funcionará bien

Answer 4

Simplemente significa que alter > ncol( reach_mat ) o i > nrow( reach_mat ) , en otras palabras, sus índices exceden el límite de la matriz (i es mayor que el número de filas, o alter es mayor que el número de columnas).

Simplemente ejecute las pruebas anteriores para ver qué y cuándo está sucediendo.

Answer 5

Solo una adición a las respuestas anteriores: una posibilidad en tales casos es que llame a un objeto que, por alguna razón, no está disponible para su consulta. Por ejemplo, puede subconjuntar por nombres de filas o columnas, y recibirá este mensaje de error cuando la fila o columna solicitada ya no forma parte de la matriz de datos o el marco de datos. Solución: como una versión corta de las respuestas anteriores: debe encontrar el último nombre o nombre de la columna de trabajo, y el siguiente objeto llamado debería ser el que no se pudo encontrar. Si ejecuta códigos paralelos como "foreach", entonces necesita convertir su código a un bucle for para poder solucionarlo.