rpubs - labels hclust

Etiquetado de hojas de ggdendro en varios colores

Question

Tengo una situación en la que estoy trazando un dendrograma con puntos de datos que vienen con etiquetas de clase. Deseo ver que los grupos aglomerativos de aglomeración agrupan a aquellos con la misma etiqueta. El código de color de las etiquetas facilita la lectura de un dendrograma. ¿Hay alguna manera de que podamos lograr esto con ggdendro en R?

Answer 1

Robando la mayor parte de la configuración de esta publicación ...

library(ggplot2)
library(ggdendro)
data(mtcars)
x <- as.matrix(scale(mtcars))
dd.row <- as.dendrogram(hclust(dist(t(x))))
ddata_x <- dendro_data(dd.row)

p2 <- ggplot(segment(ddata_x)) +
  geom_segment(aes(x=x, y=y, xend=xend, yend=yend))

... y agregando un factor de agrupamiento ...

labs <- label(ddata_x)
labs$group <- c(rep("Clust1", 5), rep("Clust2", 2), rep("Clust3", 4))
labs
#     x y text  group
# 1   1 0 carb Clust1
# 2   2 0   wt Clust1
# 3   3 0   hp Clust1
# 4   4 0  cyl Clust1
# 5   5 0 disp Clust1
# 6   6 0 qsec Clust2
# 7   7 0   vs Clust2
# 8   8 0  mpg Clust3
# 9   9 0 drat Clust3
# 10 10 0   am Clust3
# 11 11 0 gear Clust3

... puedes usar el argumento aes(colour=) para geom_text() para colorear tus etiquetas:

p2 + geom_text(data=label(ddata_x),
               aes(label=label, x=x, y=0, colour=labs$group))

(Si desea suministrar sus propios colores, puede usar scale_colour_manual() , haciendo algo como esto:

p2 + geom_text(data=label(ddata_x),
               aes(label=label, x=x, y=0, colour=labs$group)) +
     scale_colour_manual(values=c("blue", "orange", "darkgreen"))