observaciones - Filtrar filas data.frame por una condición lógica

eliminar observaciones de un data frame en r

Question

Quiero filtrar las filas de un data.frame basado en una condición lógica. Supongamos que tengo un marco de datos como

 expr_value cell_type
1 5.345618 bj fibroblast
2 5.195871 bj fibroblast
3 5.247274 bj fibroblast
4 5.929771 hesc
5 5.873096 hesc
6 5.665857 hesc
7 6.791656 hips
8 7.133673 hips
9 7.574058 hips
10 7.208041 hips
11 7.402100 hips
12 7.167792 hips
13 7.156971 hips
14 7.197543 hips
15 7.035404 hips
16 7.269474 hips
17 6.715059 hips
18 7.434339 hips
19 6.997586 hips
20 7.619770 hips
21 7.490749 hips

Lo que quiero es obtener un nuevo marco de datos que se vea igual pero solo tenga los datos para un tipo_celda. Por ejemplo, subset / select rows que contiene el tipo de celda "hesc":

 expr_value cell_type
1 5.929771 hesc
2 5.873096 hesc
3 5.665857 hesc

O bien tipo de célula "bj fibroblast" o "hesc":

 expr_value cell_type
1 5.345618 bj fibroblast
2 5.195871 bj fibroblast
3 5.247274 bj fibroblast
4 5.929771 hesc
5 5.873096 hesc
6 5.665857 hesc

¿Hay alguna manera fácil de hacer esto?

He intentado:

expr[expr[2] == ''hesc'']
# [1] "5.929771" "5.873096" "5.665857" "hesc" "hesc" "hesc"

si el marco de datos original se llama "expr", pero da los resultados en formato incorrecto como puede ver.

Answer 1

A veces, la columna que desea filtrar puede aparecer en una posición diferente a la columna índice 2 o tener un nombre de variable.

En este caso, puede simplemente referir el nombre de la columna que desea filtrar como:

columnNameToFilter = "cell_type"
expr[expr[[columnNameToFilter]] == "hesc", ]

Answer 2

El motivo expr[expr[2] == ''hesc''] no funciona es que para un marco de datos, x[y] selecciona columnas, no filas. Si desea seleccionar filas, cambie a la sintaxis x[y,] lugar:

> expr[expr[2] == ''hesc'',]
expr_value cell_type
4 5.929771 hesc
5 5.873096 hesc
6 5.665857 hesc

Answer 3

Puede usar el paquete dplyr :

library(dplyr)
filter(expr, cell_type == "hesc")
filter(expr, cell_type == "hesc" | cell_type == "bj fibroblast")

Answer 4

Usar subset (para uso interactivo)

subset(expr, cell_type == "hesc")
subset(expr, cell_type %in% c("bj fibroblast", "hesc"))

o mejor dplyr::filter()

filter(expr, cell_type %in% c("bj fibroblast", "hesc"))

Answer 5

expr[expr$cell_type == "hesc", ]
expr[expr$cell_type %in% c("hesc", "bj fibroblast"), ]